Но, уступив нажиму со стороны своих сторонников, Помпей начал преследование.
Между тем Цезарь захватил фессалийский город Гомфы и смог, тем самым, накормить свою армию.
5 июня 48 года до н. э. оба войска расположились лагерем на Фарсальской равнине. Силы были не равными. Под началом Помпея находились семь тысяч всадников и сорок пять тысяч пехотинцев. Цезарь располагал всего одной тысячей всадников и двадцатью двумя тысячами пехотинцев. Единственным преимуществом Цезаря было то, что его войско состояло из опытных воинов, прошедших Галльскую войну.
Утром 6 июня Цезарь собирался двинуться дальше, но тут разведчики доложили, что войска Помпея строятся в боевом порядке. Цезарь, дабы его солдаты во время предстоящей битвы не надеялись на отступление в лагерь, приказал срыть укрепления.
Почти всех своих всадников Помпей сосредоточил на левом фланге, против прославленного десятого легиона, в рядах которого сражался сам Цезарь. Увидев это, Цезарь поставил позади десятого легиона три тысячи опытных воинов-пехотинцев. Конница Помпея представляла собой цвет аристократической римской молодежи. Зная об этом, Цезарь приказал пехотинцам метать копья не в ноги врагам, как поступали в таких случаях обычно, а в лицо. Расчет оказался верен. Когда конница Помпея пошла в атаку, по сигналу Цезаря его всадники неожиданно отступили, а пехотинцы двинулись на врага, бросая копья в лицо противнику. Молодые воины, особенно опасавшиеся за свою внешность, не выдержали и бросились бежать. Не обращая внимания на бегущих, десятый легион двинулся против пехоты Помпея и тоже обратил ее в бегство.
Догадавшись по облаку пыли о поражении своей конницы, Помпей полностью потерял контроль над собой. Забыв о том, что он — Помпей Магн, он перестал отдавать распоряжения своим войскам и медленно побрел в лагерь. Там он молча сидел в своей палатке и только, когда вслед за бегущим войском в лагерь ворвались преследователи, произнес: «Неужели уже дошло до лагеря?» Затем он снял одежду полководца, вскочил на коня и вместе с небольшой группой друзей пустился в бегство. Тут надо отметить чрезмерную самоуверенность сторонников Помпея. Вступив в лагерь помпеянцев, солдаты Цезаря обнаружили, что там все уже готово для празднования победы. В этой битве погибло около шести тысяч солдат Помпея. Потери Цезаря были незначительными и составляли, по некоторым данным, только 200 человекубитыми.
В сопровождении небольшого количества спутников Помпей достиг Темпейской долины, находящейся невдалеке от Эгейского моря. На рассвете, переночевав в рыбачьей хижине, беглецы поднялись на борт небольшого речного судна, вышли в море и поплыли вдоль берега. Вскоре им повстречался большой торговый корабль, принадлежавший римлянину Петицию. Он не был сторонником Помпея, но в лицо полководца знал. Накануне Петицию якобы приснился Помпей, который явился в жалком виде и заговорил с ним. Матрос доложил о приближении речного судна как раз в тот момент, когда Петиций рассказывал спутникам об этом сне. По виду Помпея Петиций догадался о случившемся и без лишних слов пригласил беглецов подняться на борт.
Забрав жену, Корнелию, и сына с острова Лесбос, Помпей продолжил плавание и вскоре прибыл в памфилийскийЩгород Атталию. Здесь к Помпею присоединилось несколько триер и небольшое количество воинов. Помпей узнал, что Катон во главе большого войска переправился в Африку, а флот до сих пор находится в его распоряжении. Стало понятно, что еще не все потеряно. Но прежде чем собирать силы для продолжения борьбы, Помпею нужно было найти надежное убежище, так как было понятно, что Цезарь будет его преследовать. По поводу того, где именно стоит укрыться и начать сбор войск, среди спутников Помпея возник спор. Было рассмотрено несколько возможностей: Парфянское царство, Африка и Египет. Сначала было выбрано Парфянское царство, но по прибытии на Кипр выяснилось, что парфяне отказываются принимать Помпея, боясь мести со стороны Цезаря. В Египте в это время шла гражданская война. Птолемей Дионис вел войну против Клеопатры, своей сестры. Их отцу, Птолемею Авлету, Помпей в свое время оказал серьезную услугу: в 58 году до н. э. в Египте вспыхнуло восстание и царь бежал в Рим. Помпей помог Птолемею Авлету вернуть трон. Рассчитывая на благодарность его сына, Помпей решил отправиться в Египет.
В это время Птолемей Дионис стоял с войском у Пелусия, города в дельте Нила. Помпей отправил к царю гонца с известием о своем прибытии и просьбой о помощи. Но от самого Птолемея, который был еще очень молод, ничего не зависело. Государством управляли его опекуны, и наибольшее влияние из них имели евнух Потин и военачальник Ахилла. Чтобы решить, как поступать с Помпеем, Потин собрал воспитателей и придворных царя на совет. Мнения разделились. Часть присутствующих считала, что надо отправить беглецов восвояси, часть — что их, наоборот, нужно принять и оказать содействие. Но тут слово взял некто Теодот, учитель риторики. Желая, по словам Плутарха, показать свою проницательность и красноречие, он высказался примерно таким образом: «Оба предложения представляют опасность: ведь приняв Помпея, мы сделаем Цезаря врагом, а Помпея своим владыкой; в случае отказа Помпей поставит нам в вину свое изгнание, а Цезарь — необходимость преследовать Помпея. Поэтому наилучшим выходом из положения было бы пригласить Помпея и затем убить его. В самом деле, этим мы окажем и Цезарю великую услугу, и Помпея нам уже не придется опасаться. Мертвец не кусается». Это решение было одобрено советниками. Выполнение замысла поручили Ахилле.
И вот наступил последний день Помпея. К Пелусию подошли корабли Помпея. Ахилла на небольшой лодке направился им навстречу. С ним плыли несколько слуг и двое римлян: Септимий, который служил когда-то военным трибуном у Помпея, и Сальвий, который был у него центурионом. Увидев, что прием не отличается пышностью и навстречу кораблю плывет только несколько человек в лодке, спутники стали советовать Помпею немедленно повернуть корабль и выйти в море. В это время на стоящие у берега египетские корабли начали подниматься воины. Стало ясно, что спастись бегством не удастся. Между тем лодка Ахиллы приблизилась и Септимий приветствовал Помпея, назвав его императором. Ахилла сказал, что в этом месте очень мелко и пройти на триере невозможно, и пригласил Помпея сойти в лодку. Простившись с женой и сыном, Помпей приказал двум центурионам, вольноотпущеннику Филиппу и рабу Скифу, спуститься в лодку. Последние слова, с которыми Помпей, спускаясь в лодку, обратился к Корнелии и сыну, были отрывком из стихов Софокла:
«Когда к тирану в дом войдет свободный муж,
