Все симпатии италиков были на стороне Луция, и тому удалось собрать семнадцать легионов, в то время как Цезарь поначалу имел всего четыре. Он оставил Рим и пошел навстречу своему полководцу Сальвидиену, который вел ему из Галлии шесть легионов. Луций беспрепятственно вошел в столицу и к великой радости народа объявил власть триумвиров низложенной; он обещал, что Антоний сложит с себя власть добровольно, а Цезаря и Лепида принудят к этому силой.
Но когда в Италию вошел Сальвидиен, а в войске Луция произошло замешательство (прошел слух, что Антоний не доволен братом, так как вовсе не собирался ссориться с Цезарем), положение резко изменилось. Луций отступил от Рима и укрепился в Перузии, а Цезарь со своими полководцами начал осаду. Продовольствия в городе было немного, и когда Цезарь пресек его подвоз со стороны, в Перузии начался сильнейший голод. Все же Луций упорно защищался всю зиму. Несколько раз осажденные пытались вырваться из кольца осады, но неизменно терпели поражение, так как Цезарь велел обнести город рвом и частоколом, а затем построить стену и на ней воздвигнуть полторы тысячи деревянных башен; стена была снабжена частыми зубцами и другими приспособлениями, рассчитанными на два фронта — против осажденных и против тех, кто подошел бы извне. Весной 40 г. до Р.Х. Луций вынужден был просить пощады. Цезарь обошелся милостиво с солдатами и самим Луцием, но перузианцев подверг примерному наказанию. Всех сенаторов он велел казнить, а город хотел отдать на разграбление. Ночью, однако, здесь вспыхнул пожар, и Перузия выгорела дотла.
Хотя внешне Цезарь продолжал делить власть со своими соправителями, поражение Луция превратило его в единодержавного правителя Италии и всех западных провинций: многие сторонники Антония, а также его полководцы со своими легионами бежали из страны. Галлию и Испанию Цезарь присоединил к себе. Одиннадцать легионов Антония, расположенных здесь, перешли на его сторону.
Обеспокоенный всем этим Антоний отправился из Египта в Италию. Когда ему не позволили высадиться в Брундизии, он заключил союз с Помпеем и начал против Цезаря неприятельские действия. Сам Антоний осадил Брундизий и занял на Италийском берегу Сипунт и Авзонии, а Помпей захватил Сардинию, причем два стоящих здесь легиона сдались ему без боя. Цезарь имел к этому времени в своем распоряжении 40 легионов, но далеко не был уверен в том, что все они сохранят ему верность, если дело дойдет до решительного сражения с Антонием. К тому же он не располагал ни одним кораблем, не располагал и возможностью построить флот, так что опасался, как бы его противники, владевшие 500 кораблей, не блокировали разоренной войной Италии и не вызвали там голода.
Все эти причины, а также то обстоятельство, что и войско и сами полководцы были утомлены бесконечными войнами, заставили обе стороны искать мира. При содействии друзей Антоний и Цезарь встретились в Брундизии и заключили между собой новый договор. Все римское государство они поделили на три части, так что Цезарю достались все провинции, западнее иллирийского города Скодра, а Антонию — все, находящиеся на востоке от него. Африка осталась за Лепидом. Цезарю предназначена была война с Помпеем, а Антонию — с парфянами. Поскольку Фульвия, жена Антония, недавно умерла, договорились, что Антоний женится на Октавии, сестре Цезаря. После этого оба триумвира отправились в Рим и отпраздновали там свадьбу.
Между тем Рим страдал от голода, так как купцов с востока удерживал страх перед Помпеем и Сицилией, а с запада — то обстоятельство, что Сардиния и Корсика были также в руках Помпея; из Африки хлеб не приходил, так как те же враги господствовали на обоих морских берегах. Цены на все продукты в Риме поднялись, и так как причину бедствия видели во вражде между вождями, то их бранили и требовали примирения с Помпеем. Но Цезарь на это не соглашался и готовился к войне. Чтобы собрать средства на нее, он издал закон всем владеющим рабами выплатить за каждого из них в казну по двенадцать с половиной драхм, а также обложил податью лиц, вступающих во владение наследством. Приказ этот был встречен взрывом негодования в народе. В Риме собралась огромная толпа возмущенных; когда же Цезарь вышел к ней, чтобы обратиться с речью, в него полетели камни. Антоний поспешил было ему на помощь, но тоже был встречен градом камней. Тогда он вызвал значительный отряд и солдаты разогнали толпу, многих при этом перебив и поранив. Трупы несчастных Цезарь велел бросить в Тибр. Так прекращена была эта смута, но голод продолжал нарастать и к зиме достиг наивысшей силы.
Цезарь принужден был уступить. Весной 39 г. до Р.Х. он согласился начать мирные переговоры с Помпеем. Помпей с флотом прибыл к Дикеархию. С рассветом вбили посреди моря на небольшом расстоянии колья, настлали на эти колья доски и устроили таким образом два настила. На один из них взошли Цезарь с Антонием, на другой — Помпей с Либоном (он был посредником при переговорах). Переговоры оказались нелегкими. На Сицилию к этому времени бежали многие из проскрибированных. Помпей требовал, чтобы к изгнанию были присуждены лишь убийцы Цезаря, а остальным была дарована амнистия и возвращено их имущество. Цезарь и Антоний согласились с трудом на возвращение им четвертой части имущества. После этого заключен был мир. Помпей обещал не препятствовать торговле, но сохранил под своей властью Сицилию, Сардинию, Корсику и Пелопоннес на тех же основаниях, на каких триумвиры владели своими провинциями. Его ветеранам обещаны были такие же награды, как и ветеранам триумвиров. Все бежавшие к нему из Италии рабы получили свободу, но тех, что бежали после заключения договора, он должен был вернуть их хозяевам. Свои чрезвычайные полномочия триумвиры продлевали еще на четыре года, а затем должны были возвратить управление народу.
Этот договор Цезарь заключил с большой неохотой под давлением обстоятельств. Продемонстрировав свое миролюбие, он вместе с тем продолжал тайно враждовать с Помпеем. Пелопоннес, который следовал тому по договору, он соглашался передать не иначе, как по выплате греками всех наложенных на них податей. Возмущенный этим Помпей вновь начал разбои на море, голод в Италии возобновился, но Цезарь всецело возлагал вину за это на коварного Помпея, а также на нерадивость римлян, которые вместо того, чтобы оружием завоевать себе моря, предпочли получать подачки из рук врагов. И действительно, ему удалось переломить в свою сторону общественное мнение: римляне громко говорили, что мир не принес с собой облегчения, а только посадил им на шею четвертого тирана. В это время Менодор, которому Помпей сначала доверил управление Корсикой и Сардинией, а потом стал подозревать без всякого основания в измене, поспешил перейти на сторону Цезаря вместе со своим флотом, обоими островами и тремя легионами пехоты. Цезарь принял его, и мир оказался окончательно разорван.