Второй раз Никита Романович женился в 1555 г. на представительнице знатнейшего рода, княжне Евдокии Александровне Горбатой-Шуйской (ум. 1581). Дочь выдающегося полководца князя Александра Борисовича Горбатова-Шуйского родила ему семерых сыновей (старшим из которых был наш герой Фёдор, будущий патриарх Филарет) и четыре дочери. Две дочери умерли в младенчестве, а Марфа и Ирина были выданы замуж за представителей аристократии, князя Б.К. Черкасского и окольничего И.И. Годунова, родственника будущего царя Бориса Годунова. Из сыновей молодым умер только Лев (1595). Михаил, Александр, Никифор и Василий были уморены в 1601 и 1602 гг. по приказу своего свойственника, царя Бориса Годунова. Гонения посчастливилось пережить только старшему Фёдору и пятому сыну Никиты Романовича, Ивану Каше (ум. 1640).
Иван был сослан Годуновым на Урал, в Пелымский острог, где его держали прикованным к стене цепями. В отличие от братьев, он выжил, был переведён в Нижний Новгород (1602), а вскоре возвращён в Москву. Лжедмитрий I при своей коронации сделал его боярином (1605). При новом царе Василии Шуйском Иван успешно сражался с ратями Лжедмитрия II. В составе Семибоярщины он присягнул королевичу Владиславу и призвал интервентов в Москву. На Земском соборе 1613 г. отговаривал избирать на престол его племянника Михаила, говоря, что тот «ещё млад и не в полном разуме». При власти Михаила, а затем своего старшего брата Фёдора Никитича (патриарха Филарета) прожил жизнь в благоденствии, но все его сыновья умерли, не оставив потомства. Единственной ветвью Романовых стала царственная, идущая от нашего героя Фёдора Никитича.
Итак, Фёдор был старшим сыном от второго брака его отца, царского тестя Никиты Романовича. Он родился не ранее 1554 г. Благоразумный отец держал сыновей подальше от царского двора, где их легко могли убить или гнусным образом развратить. Двор Ивана Грозного был во всех смыслах страшным, отвратительным местом. Скорее всего, сыновья Никиты Романовича жили в его многочисленных поместьях, умноженных, несмотря на все опасности террора и Великого разорения страны. Недаром в народных песнях говорится, что высшей наградой от царя боярин считал несудимую (тарханную) грамоту на его владения, защищавшую его людей от преследований. Даже у богатейших бояр не хватало рабочих рук, когда страна обезлюдела настолько, что даже под Москвой обрабатывалось лишь 16 % пашни по сравнению с временем перед опричной резнёй. Но богатый и влиятельный боярин мог дать своим крестьянам лучшую защиту от царских псов и голода. Поэтому крестьяне, ещё имевшие в те времена право выхода от помещиков в Юрьев день, переходили от разорённых дворян именно к нему.
В поместьях первый Романов провёл около 30 лет. Он появился при дворе только после смерти тирана и воцарения Фёдора Иоанновича в 1584 г. Фёдор Никитич впервые зафиксирован в «разрядах» (документах, отмечавших службы чинов Государева двора) в 1585 г. как участник приема в царском дворце литовского посла Льва Сапеги.
Двор богобоязненного царя Фёдора Иоанновича, разумеется, сильно отличался нравами от двора Ивана Грозного. Никита Романович должен был позаботиться, чтобы старший после него в роду Фёдор занял достойное место в высшем свете. Для этого он и заключил предсмертный договор с Борисом Годуновым. После смерти отца Фёдор Никитич стал боярином и наместником нижегородским (1586).
Царь Фёдор Иоаннович. Антропологическая реконструкция ММ. Герасимова
Схоронив Никиту Романовича в родовой усыпальнице в Московском Новоспасском монастыре, его наследники Романовы во главе со старшим сыном оказались на 11-м месте в Думе. Выше Фёдора по значению наместничеств (согласно росписи, приведенной ещё Н.М. Карамзиным) были Ф.И. Мстиславский, И.П. Шуйский, Д.И. Годунов, Б.Ф. Годунов, А.И. Шуйский, С.В. Годунов, Г.В. Годунов, Д.И. Шуйский. И.В. Годунов и Н.Р Трубецкой. Годуновы, как видим, стремились прибрать к рукам побольше почётных титулов. «Молодого» при дворе (хотя солидного для тех времён по годам) Фёдора Никитича они постарались представить как «своего». Когда конюший боярин, наместник казанский и астраханский Борис Фёдорович Годунов поделился одним наместничеством с боярином-дворецким и наместником казанским и нижегородским Иваном Васильевичем Годуновым, то последний как бы «уступил» часть своего титула первому Романову.
Но помимо чиновности, при дворе существовали ещё степени знатности. По ним двоюродный брат («братанич») царя Фёдора Иоанновича был выше многих людей, старших его по службе, не говоря уже о юном для боярина возрасте, выделявшем Фёдора Никитича среди маститых старцев. «Знатность» в данном случае означала степень признания при царском дворе.
Так, на приеме имперского посла бургграфа Авраама Дунайского (Абрагама Донау) 22 мая 1597 г. выше всех у царского престола с державою в руке стоял Борис Фёдорович Годунов — реальный правитель при слабом государе-молитвеннике. Чтобы отодвинуть от тропа других бояр, Годунов использовал обычаи, введенный Иваном Грозным, считавшим представителей «царских» родов из самых захудалых ордишек несравнимо выше своих «холопов» из древних русских фамилии. На лавках сбоку от трона изумленные немцы узрели узкоглазеньких «царевичей» Араслан-Алея сына Кайбулы, Маметкула сибирского и Ураз-Магомета киргизского, среди коих затесался князь Фёдор Иванович Мстиславский. Недиво, что немцы долго принимали россиян за азиатов!
Зато далее, на большой лавке перед троном, Фёдор Никитич Романов сидел третьим после Василия и Дмитрия Ивановичей Шуйских. Не все бояре-наместники были в Москве и присутствовали на приеме, но все равно Романов был поставлен выше ряда лиц, превосходивших его честью наместничества: А.И. Шуйского, С.В. и И.В. Годуновых, Н.Р. Трубецкого, не говоря уже о других боярах.
Годунов сдержал обещание умирающему Никите Романову и покровительствовал его детям, особенно памятуя о близости юношей к царю Фёдору Иоанновичу, а также о симпатиях народа и знати к родичам доброй царицы Анастасии Романовны. Благорассудный же боярин Фёдор Никитич мудро не вступался в государственные дела, но заботился о своей популярности в народе.
Великое разорение страны Иваном Грозным ввергло русский народ (крестьян, холопов, ремесленников, попов, мелких купцов и дворян) в такую бездну нищеты, которой смог добиться позже разве что Петр I. В это же время молодой красавец Фёдор Романов сорил деньгами. Его выезд потрясал воображение, его кони, охотничьи собаки и ловчие птицы были едва ли не лучшими на Руси. Он не мог допустить, чтобы на Руси нашёлся лучший наездник или более удачливый охотник. Фёдор Никитич был, разумеется, первейшим щёголем, превосходя всех роскошью одеяний и умением носить их. Если московский портной, примеряя платье, хотел похвалить заказчика, то говорил ему: «Ты теперь совершенно Фёдор Никитич!»