Особенное внимание следует обратить на храм святых бессребреников. Согласно монастырскому преданию, он был построен святителем Саввой Сербским. В этом параклисе сохранилась древнейшая в мире фреска с изображением святителя Григория Паламы (около 1400).
Колокольня монастыря относится к 1427 году. Это самая высокая и древняя на Святой Горе колокольня. На Святой Горе монастырю принадлежат два скита, они посвящены святому Димитрию и апостолу Андрею Первозванному (или русский Андреевский скит в Карее) и двадцать семь келий, также имеются подворья за пределами Афона.
Ватопед первым из Афонских монастырей еще в 1914 году построил собственную электростанцию.
Главное сокровище Ватопеда – это сонм просиявших в нем святых. В Ватопеде подвизались: святитель Григорий Палама, святитель Геннадий Схоларий, преподобный Максим Грек и возродитель монашества на Крите иеромонах Лаврентий Дзангаролос. Также почитаются: первостроители обители, святой Симеон Сербский и мученики, от латин пострадавшие. В Ватопеде подвизались преподобные: Савва Виматарис, Геннадий Дохиар (Богородица наполнила ему пустой сосуд маслом), Геннадий, игумен Ватопедский, Савва, Христа ради юродивый, Неофит (Богородица открыла ему дату блаженной кончины), Никодим (старец святителя Григория Паламы), послушники Агапий и Никодим. Всего в монастыре жило шестьдесят шесть прославленных Церковью подвижников.
В Ватопеде хранится несколько чудотворных икон Божией Матери.
Икона Божией Матери «Отрада, или Утешение», иначе называемая «Парамифия» (Увещание). Некогда шайка разбойников вознамерилась разграбить богатый Ватопед. Высадившись на берег ночью, они укрылись в кустах, чтобы утром, когда откроются монастырские врата, неожиданно ворваться в обитель. Однако игумен монастыря услышал голос, исходивший от Богородичной иконы: «Не отверзайте врат обители, но, взойдя на стены, прогоните разбойников». Взглянув на образ, игумен стал свидетелем чуда: лики Богоматери и Богомладенца ожили. Христос, закрывая десницей уста Своей Матери, повернув к Ней голову, сказал: «Не говори им сего, пусть они понесут заслуженное наказание!» Но Пречистая Богородица, стараясь рукой удержать десницу Своего Божественного Сына, еще два раза повторила предупреждение. Конечно, врата не открыли, разбойников отогнали пушками, которые в те времена были во всех святогорских монастырях. Но самое замечательное, что лики Христа и Богородицы на образе навсегда изменили свое положение.
Икона Богородицы «Ктиторская», иначе называемая «Алтарница». Свое название икона получила после того, как была найдена в X веке во время восстановления монастыря. По преданию, во время очередного нашествия пиратов иеродиакон Савва, чтобы спасти икону, спрятал ее под престол вместе с крестом Константина, а рядом поставил теплящуюся лампадку. По прошествии 70 лет во время восстановительных работ икона и Крест были найдены в воде невредимыми, а лампада по-прежнему горела.
Икона Богородицы «Антифонитриа» (Предвозвестительница, Живоприятная); фреска находится в приделе святого Димитрия. Она получила свое названия в честь события, когда императрица Галла Плакида, дочь императора Феодосия Первого (379–395), по пути в Рим решила посетить Ватопедский монастырь. Икона громким голосом запретила императрице войти в собор, потому что, как женщина, она не имела права войти в «Удел Богородицы».
Икона Божией Матери «Елеоточивая», или «Дохиарисса». Название иконы связано с чудом, известным по монастырскому преданию. В XV веке, в бытность дохиаром (келарем) монастыря преподобного Геннадия, в обители оскудели запасы масла. Желая сохранить его остатки для церковных нужд, дохиар перестал давать масло братии. Но игумен, твердо уповая на помощь Пресвятой Богородицы, велел преподобному Геннадию дать масло в пищу братии из последнего сосуда. Дохиар исполнил волю игумена. В один из дней, вновь придя в кладовую за маслом, он ожидал увидеть сосуд опустошенным, но обнаружил, что масло переливалось через край и текло из дверей наружу. Богоматерь за чудесное утешение прославили перед Ее иконой, находившейся в дохиарной.
Икона Богородицы «Пировлифиса» (Простреленная). Фреска находится при входе в монастырь. В 1822 году турецкий солдат произвел выстрел в правую руку иконы. После этого кощунства он сошел с ума и повесился на оливковом дереве.
Икона Богородицы «Эсфагмени» (Закланная) – фреска XIV века, находится в приделе святого Димитрия – главного собора монастыря. Икона получила свое название, после того как диакон Экклисиарх в нервном приступе ударил ножом по лицу Богородицы, откуда тотчас потекла кровь. После этого Экклисиарх ослеп. На протяжении трех лет он провел в покаянии, прося Богородицу исцелить его. Он получил исцеление и спустя некоторое время скончался. Его правая рука, которой он совершил преступление, так и не разложилась, и в таком состоянии она хранится в соборе монастыря.
Икона Богородицы «Пантанасса» (Всецарица). Икона XVII века. Находится в левом киоте собора. Икона особенно помогает страдающим онкологическими заболеваниями.
Икона Богородицы «Милующая». Это икона XV века, находится в приделе святого Димитрия. Она происходит из скита святого Андрея, откуда была перенесена в монастырь. Икона найдена в стене Оттоманской мечети Константинополя (ранее эта мечеть была византийским храмом). При ремонте мечети строители-христиане нашли эту икону, после чего они продали ее эконому подворья скита, Софронию, который жил в районе Галата. Оттуда икона была перенесена русскими монахами в скит святого Андрея.
Бесценная святыня Ватопеда – пояс Богородицы, он хранится в специально построенной для него часовне. Пояс этот после Своего Успения Божия Матерь подарила святому апостолу Фоме. Он сделан из верблюжьего волоса и издает чудесное, неземное благоухание. Вначале он хранился во Влахернском монастыре в Константинополе, потом был перенесен в храм Святой Софии, а после вторжения турок его выкупил сербский царь Лазарь I, который и передал его в дар Ватопеду. Пояс разделили на три части, чтобы исключить возможность его потери.
Кроме него здесь находятся части Животворящего Креста Господня, хламиды Христа, другие предметы, связанные с земной жизнью Спасителя и Пресвятой Богородицы, в частности, трость от Страстей Господних.
В Ватопеде хранятся частицы мощей многих святых: святителей Иоанна Златоуста, Григория
Богослова, Модеста Иерусалимского, Иакова Персянина, ктиторов обители – преподобных Николая, Афанасия и Антония, великомученика Меркурия, апостола Андрея Первозванного, святого Иоанна Предтечи, апостола Варфоломея, первомученика архидиакона Стефана, великомучеников Пантелеимона, Прокопия, Димитрия Солунского и Феодора Стратилата, священномученика Харалампия, святого Андрея Критского, мучеников Трифона, Кирика, Сергия, Вакха, великомучениц Екатерины и Марины, мучениц Параскевы, Пелагии и Феодосии, праведного Иоанна Милостивого, преподобного Евдокима, Ватопедского чудотворца; преподобных Агапия, Никодима и Иоакима Папулакиса, мучеников Флора и Арефы, преподобной Макрины, священномученика Ермолая.
