Хуарес восторженно приветствовал создание нового учебного заведения. Он без сожаления покинул семинарию, затхлая атмосфера которой давно уже была ему невмоготу, и в 1827 году поступил в Институт наук и искусств.
Для Хуареса это был смелый шаг, ибо институт, его преподаватели и студенты с момента своего создания стали объектом ненависти и травли со стороны церковников и их покровителей — местных реакционеров.
«Они, — пишет Хуарес, — обзывали институт публичным домом, его профессоров и студентов — еретиками и развратниками. Родители отказывались посылать своих детей в такое учреждение, а немногие студенты, посещавшие курсы, преследовались и бойкотировались невеждами и фанатиками, составлявшими, к несчастью, подавляющее большинство местного населения. Многие из моих товарищей покинули институт под натиском могущественного врага, преследовавшего нас. И лишь единицы продолжали поддерживать это учебное заведение, посещая ежедневно занятия».
Одобрял ли образ мыслей своего воспитанника францисканец Антонио Салануэва? Не казалось ли ему слишком радикальными партия «Уксуса» и ее пока что единственное детище — Институт науки и искусств? Скорее всего именно так и было. В 1829 году Хуарес покидает гостеприимный дом Салануэвы, чтобы никогда уже в него не возвращаться. В воспоминаниях Хуареса сразу же после этого теряется след францисканца…
Теперь Хуарес стал самостоятельным человеком, он зарабатывает себе на жизнь уроками, не гнушается и самой простой работы. И разумеется, учится. Но чему, каким дисциплинам? В институте преподают географию, математику, медицину, языки — английский, французский, право. Хуарес избирает право. Ведь молодая республика нуждается в новых законах и судебной системе, нуждается в конституции, нуждается в международных связях, а все это требует глубокого и всестороннего знания юриспруденции. В период испанского господства главным законодателем был король. Тогда законы устанавливались в интересах касты колонизаторов, церкви, помещиков. Законы республики должны вырабатываться народными представителями — парламентом — в интересах народа. Хуарес, как и большинство демократов своего времени, верил в магическую силу справедливых законов. Но у кого учиться этому великому и благородному искусству мудрого законодательства? Конечно, у французов, у народа, совершившего грандиозную революцию, без которой был бы немыслим наполеоновский кодекс — подлинный шедевр современного законодательства.
Хуарес со свойственным ему упорством принимается за изучение различных правовых дисциплин и попутно французского языка, на котором он будет со временем свободно говорить. Живется ему не легко. Ведь он, кроме учебы, должен еще трудиться, чтобы обеспечить себе кров и кусок хлеба. Много времени отнимает к тому же политика. Республику сотрясают внутренние конфликты, ей угрожают вторжением испанцы.
В 1829 году все студенты Института наук и искусств вступают добровольцами в народное ополчение, образованное для отражения ожидавшейся высадки испанцев в районе перешейка Теуантепек. В этом ополчении Хуарес получает чин лейтенанта. Но молодым ополченцам не пришлось сразиться с испанцами, которые высадились значительно севернее перешейка, где захватили город Тампико.
Генерал Санта-Анна, командовавший в то время войсками в Веракрусе, выступил по направлению к Тампико, но прибыл туда, когда испанцев уже разгромили. Это не помешало ему именовать себя «освободителем» Тампико.
В том же 1829 году Санта-Анна примкнул к Висенте Герреро, поднявшему восстание против правительства консерваторов. В ноябре войска Санта-Анны вступили в Оахаку, приветствуемые местными либералами. На банкете в его честь присутствовал и студент права Бенито Хуарес. Впоследствии, когда выявится подлинное реакционное лицо Санта-Анны и Хуарес объявит ему беспощадную борьбу, «освободитель» Тампико будет объяснять это тем, что во время банкета в Оахаке Бенито прислуживал ему «босиком и в полотняных портках» и якобы с тех пор не мог простить ему своего унижения…
В 1831 году Хуарес заканчивает Институт наук и искусств и в том же году избирается от партии либералов советником муниципалитета в Оахаке. Ему исполнилось 25 лет, и эта его первая общественная должность, У либералов много планов, но осуществить их не позволяет быстро меняющаяся политическая обстановка.
Восстание увенчалось успехом. Президентское кресло занял Висенте Герреро, но год спустя консерваторы, в свою очередь, подняли против него мятеж. В стране вновь началась гражданская война.
Герреро, покинув столицу, направился в Акапулько, где за 50 тысяч песо его выдал врагам один предатель. Консерваторы доставили его в Оахаку, где устроили над ним расправу: заставили на коленях выслушивать смертный приговор, а затем расстреляли. Его убили те же реакционеры, которые покончили с Идальго, Морелосом. Они не могли простить Висенте Герреро его участия в войне за независимость.
Вскоре либералам вновь удалось вернуть себе власть. В 1833 году президентом стал Санта-Анна, а вице-президентом лидер «чистых» — Гомес Фариас. Укрепились либералы и в Оахаке. В том же году Хуарес избирается депутатом провинциального конгресса. По его предложению предаются торжественному захоронению останки Висенте Герреро. Он один из лидеров местных «чистых», и, когда к Оахаке приближается во главе большого отряда мятежный генерал Каналисо, Хуарес в чине капитана принимает непосредственное участие в разгроме ворвавшихся в город мятежников. После этого его назначают членом окружного суда в Оахаке.
По настоянию Гомеса Фариаса правительство Мексики стало осуществлять некоторые реформы, ограничивающие власть церкви. Была отменена церковная десятина, введена светская регистрация актов гражданского состояния, изъято из-под контроля церковников образование, национализированы церковные ценности на сумму в 15 миллионов песо. Эти далеко не революционные преобразования вызвали отчаянное сопротивление церковников и других реакционеров. К ним присоединился Санта-Анна, отстранивший Гомеса Фариаса от власти и отменивший все антиклерикальные законы. Санта-Анна разогнал национальный и провинциальные конгрессы. Был распущен и провинциальный конгресс в Оахаке.
По всей стране начинаются преследования либералов. Хуареса лишили депутатского мандата, должности судьи и сослали в далекое селение Теуакан. Вернувшись некоторое время спустя в Оахаку, он решает заняться адвокатской практикой. Но первое же его дело закончилось тем, что он сам очутился в тюрьме. Жители городка Лохичи обратились в суд с жалобой на местного священника, взимавшего с них незаконные поборы. Хуарес взялся защищать их дело в суде. Местные власти, шедшие на поводу церковников, пытались заставить Хуареса отказаться от защиты интересов его клиентов, а когда этого им добиться не удалось, они упрятали его в тюрьму, обвинив в «подстрекательстве населения к бунту». Протесты жителей вернули ему свободу, но дело в суде он все же проиграл.