Новым Прокурором Союза ССР был назначен А. Я. Вышинский, сумевший выполнить роль главного инквизитора вождя.
На новой должности И. А. Акулов работал с присущей ему энергией, полностью отдаваясь делу, которому служил.
В мае 1937 года органами НКВД СССР была арестована группа советских военачальников: М. Н. Тухачевский, И. П. Уборевич, А. И. Корк и другие. В их числе оказался и приятель Акулова, И. Э. Якир. С ним он поддерживал связь еще со времен гражданской войны. В конце 1920-х годов они в течение двух лет жили по соседству в Киеве. 11 июня 1937 года Специальное присутствие Верховного суда СССР приговорило всех участников так называемого военного заговора к высшей мере наказания, которая была приведена в исполнение без промедления. После этого начались повальные аресты в армии.
Обстановка в высших эшелонах власти становилась все более гнетущей — никто не знал, кто окажется следующей жертвой, кто попадет в ежовские застенки. И. А. Акулов заметно нервничал, хотя даже после освобождение от должности секретаря ЦИК СССР не верил, что его могут арестовать. Его жена, Н. И. Шапиро, впоследствии писала: «В последние дни этот спокойный уравновешенный человек дошел до такой степени морального изнеможения, что не в состоянии был написать письмо в ЦК. Для него было все случившееся с ним непонятно и неоднократно срывались вопросы «кому это нужно» и «за что?» Также он говорил: «О чем просить, если я не знаю, в чем я виноват».
Ордер на арест Акулова и производство обыска у него был выдан заместителем наркома внутренних дел 23 июля 1937 года. В тот же день Иван Алексеевич был задержан на своей даче в селе Покровское Красногорского района. Обыск произвели и в его московской квартире (по Троицкой улице, дом № 10, особняк ЦИК СССР).
25 июля 1937 года И. А. Акулов собственноручно заполнил так называемую анкету арестованного, в которой сообщил свои основные биографические данные. В то время на его иждивении находилась жена, Надежда Исааковна Шапиро, трехмесячная дочь Елена, 9-летний сын Гавриил (Ганя, как звал его отец), ученик 2-го класса, и мать, Мария Ивановна, 74 лет. С ним проживали также его сестры Анна Алексеевна и Мария Алексеевна.
И. А. Акулов был помещен в Лефортовскую тюрьму. Его делом занимались сотрудники госбезопасности Краев и Альтман. Первоначально допрашивал Краев. Протокол не составлялся. 4 августа Иван Алексеевич написал собственноручное заявление на имя следователя Альтмана. В нем он писал:
«Вчера на допросе у следователя Краева я дал частичные показания (устно) о своем участии в троцкистской организации и подготовке антисоветского вооруженного переворота в стране.
Эти мои показания были еще далеко не полными, но по существу полностью правдивыми.
Сегодня я снова сдвурушничал и вместо того, чтобы продолжить показания о своей предательской деятельности, я заявил, что участником троцкистской организации не являлся…
Утверждаю, что правде соответствует следующее: я, Акулов, являлся участником антисоветской троцкистской организации и подготовки антисоветского вооруженного переворота…»
Судя по этому заявлению, И. А. Акулов более десяти дней держался стойко и не давал каких-либо признательных показаний. Однако затем все же был сломлен. Видимо, следователи искусно использовали то обстоятельство, что у Акулова оставалась жена с двумя малолетними детьми и престарелая мать. Без сомнения было и физическое воздействие. Даже на тюремной фотографии Акулова видно, что один глаз у него почему-то закрыт. Может, заплыл?
Не исключено, что и после признательного заявления, Акулов продолжал упорствовать, так как первое развернутое его показание датировано только 17 августа 1937 года. Оно отпечатано на машинке на 27 листах. В нем он признавался, что является «скрытым троцкистом», участвовал в заговорщической деятельности Якира, Пятакова, Бухарина и других лиц. В частности он сказал: «Я, Иван Алексеевич Акулов, по день моего ареста в 1937 году, т. е. в течение 10 лет, являлся участником подпольной троцкистской организации, в ее рядах вел активную работу против руководителей ВКП(б) и Советского правительства — против Советской власти. Мне было тяжело в этом сознаться сразу же после ареста. Кроме того, я не думал, что мои соучастники меня выдали. Ведь с момента ареста Голубенко, Логинова и других прошло уже больше года, а я все это время продолжал оставаться на ответственной партийной и государственной работе. Мои надежды на стойкость участников организации не оправдались. Значит изворачиваться бесполезно. Я готов искренне ответить на все интересующие следствие вопросы, касающиеся деятельности троцкистской организации и лично моей, как ее участника».
После этого И. А. Акулов допрашивался 21 сентября 1937 года — более чем через месяц. Характерно, что протокол допроса состоит только из анкетных данных. Показания его не записаны. Это дает основание полагать, что он вновь стал все отрицать. В анкете зафиксирована интересная деталь. В графе «Какие имеет награды при Советской власти», отмечено «Не имеет». Таким образом, заслуженный революционер, занимавший на протяжении 20 лет высокие посты в партии и государстве, ни разу не был отмечен ни одной правительственной наградой.
Закончив расследование, Краев 25 октября 1937 года составил стандартное по тем временам обвинительное заключение (на 3 листах), которое было утверждено заместителем Прокурора СССР Рогинским. Он же участвовал 28 октября и в распорядительном заседании военной коллегии Верховного суда СССР, которое вел Ульрих. Было принято решение заслушать дело в закрытом заседании без участия обвинения и защиты и без вызова свидетелей, то есть по упрощенной схеме.
Судебное заседание открылось 29 октября 1937 года в 11 часов 15 минут. Председательствовал на нем Ульрих. Иван Алексеевич сразу же заявил, что виновным себя не признает и показания, данные им на предварительном следствии, отрицает. Он сказал, что был лишь дружен с Якиром, но не считал его троцкистом. Тогда было оглашено его заявление на имя следователя Альтмана. Акулов на это сказал, что заявление не соответствует действительности. Отрицая все свои признательные показания, он заявил, что «дал их в состоянии потери воли». В своем последнем слове он сказал, что троцкистом никогда не был, всегда боролся с ними, а тем более не мог быть вредителем, террористом и изменником родины. О своей судьбе он выразился так: «Воля партии и суда».
После этого суд удалился на совещание, которое было кратковременным. Приговор — расстрел с конфискацией имущества — был вынесен за несколько минут. Все заседание продолжалось полчаса.
