В 1980–1984 гг. — начальник штаба, командующий 7-й гвардейской армией. В 1984–1986 гг. — начальник штаба — первый заместитель командующего войсками Московского военного округа. С этой должности опытный боевой генерал переводится в МВД СССР, где возглавляет внутренние войска, сменив на этом посту генерала армии И. К. Яковлева, так же когда-то из МВО направленного командовать войсками МВД.
Армейскому военачальнику нелегко было на первых порах овладевать всем комплексом разносторонней службы и своеобразием специфических задач этих формирований. Однако он сравнительно быстро сумел освоить новую для него сферу деятельности. К тому же вскоре она оказалась близка к той обстановке, к которой привык новый командующий. «Мы действуем во фронтовых условиях», — отмечал он, имея в виду участие внутренних войск в урегулировании межнациональных конфликтов, их служебно-боевую деятельность в «горячих точках». Ю. В. Шаталин, как правило, находился на переднем крае этих событий, вел переговоры с конфликтующими сторонами, несмотря на неоднократно раздававшиеся в его адрес угрозы, смело шел на встречи, чтобы избежать кровопролития. Он был в Армении, Азербайджане, Фергане, Абхазии. Юрию Васильевичу пришлось командовать внутренними войсками в то время, когда они из охранных формирований, стабильно несущих привычную службу, постепенно становились боевой силой, оказавшейся в результате сложившихся обстоятельств на острие межнациональных конфликтов, порой перераставших в вооруженные столкновения. «Мы защитники людей, а не варвары и оккупанты, какими нас иногда пытаются изобразить, — говорил он в одном из выступлений. — Мы против кровопролития и насилия.
Инспектирование одной из частей внутренних войск
Мы за порядок и законность. Но если они попираются? Если гремят выстрелы и льется кровь? Кто встанет на пути варварства? Внутренние войска. Кто, принимая удары в грудь и спину, гасит пожары межнациональных конфликтов? Внутренние войска. Кто патрулирует улицы городов и обеспечивает порядок при проведении массовых мероприятий? Внутренние войска. Наша служба, по сути своей, гуманная, миротворческая. Мы всегда там, где люди попадают в беду и нуждаются в незамедлительной помощи.
Обсуждение оперативного плана
Ну а теперь сами судите: кто мы?
Я прекрасно понимаю: наши стойкость и активность приходятся экстремистам, националистам не по нутру. Но не мы же создатели всевозможных „заварушек“. На выпады нас вынуждают реагировать, изменять характер деятельности оперативных подразделений. И существенно изменять. Вместо охранных функций, начиная с 1988 года, без передышки, мы всецело переключились на пресечение массовых беспорядков, межнациональных конфликтов. Мы действуем во фронтовых условиях. И действуем не напрасно: нами спасены тысячи жизней. Посмотрите, сколько благодарностей нашим воинам прислали армяне, азербайджанцы, грузины, осетины, молдаване, узбеки, турки-месхетинцы…
Пойдем дальше. Только в 1990 году при нашем участии задержано свыше 140 тысяч нарушителей, изъято более семи тысяч единиц огнестрельного оружия, полтора миллиона боеприпасов, почти тысяча взрывных устройств… Вот вам и „битье“! Утверждения о наших „расправах“ высосаны из пальца. Повторюсь: они выгодны сепаратистам и преступникам, а их мы не боимся, действуем в соответствии с Присягой и законами».
У него были сложные отношения с тогдашним министром внутренних дел В. В. Бакатиным, который не всегда прислушивался к мнению командующего внутренними войсками, но все же предложил ему пост замминистра. Шаталин, поблагодарив, отказался, считая, что он, как профессиональный военный, должен следовать принципу: не в свои сани не садись…
Исходя из опыта борьбы с экстремизмом и сепаратизмом, проанализировав состояние и потребности внутренних войск, Ю. В. Шаталин пришел к выводу о необходимости изменить организационную структуру и внести коррективы в их функциональные обязанности. Он считал, что войска должны состоять «из частей быстрого реагирования, укомплектованных профессионалами на конкурсной основе». Охрану исправительно-трудовых учреждений, службу конвоирования лиц, содержащихся под стражей, с войск надо снять.
Выступление перед личным составом части внутренних войск. Ереван, 1988 г.
Однако в то время приступить к реформированию войск на основе высказанных идей не удалось. Когда Ю. В. Шаталин был назначен командующим внутренними войсками, это был 17-й его перевод по службе. Никогда он не был кабинетным начальником. Только в 1989 г. он находился в служебных командировках 212 суток.
Непосредственное нахождение в гуще событий позволило острее почувствовать недостатки и несовершенство организационной структуры и действий внутренних войск. Рождались новые идеи о коренной перестройке этой силы. Жизнь шла вперед, и она требовала принятия соответствующих решений. Одним из очень важных и перспективных было создание в войсках разведподразделений. Шаталин первый обратил внимание на необходимость такой службы и заложил ее основу в войсках.
В 1990 г. он был выдвинут кандидатом в народные депутаты РСФСР. В числе его программных положений были предложения о переводе некоторых родов внутренних войск на профессиональное комплектование (особенно части, занимающиеся охраной исправительно-трудовых учреждений, а также специальные моторизованные части милиции).
Командующий подчеркнул необходимость изменить отношение общества к внутренним войскам, быстрее решать проблемы, связанные с обеспечением семей офицеров жильем, поднятием денежного довольствия военнослужащих и т. п. Главная мысль, пронизывавшая выступления генерала Шаталина в то время: «…мы — не сила для устрашения и не дубинка, которой можно размахивать направо и налево. Наша задача — обеспечить порядок. А в сложных ситуациях нужен диалог. Только тогда не будет инцидентов, в которых гибнут и мирные жители, и наши ребята».
Юрию Васильевичу тогда не удалось собрать необходимое число голосов, чтобы стать депутатом Верховного Совета РСФСР. А через полтора года Указом Президента СССР от 21 сентября 1991 г. 56-летний генерал-полковник Ю. В. Шаталин был освобожден от должности командующего внутренними войсками, которыми он руководил в течение пяти лет. Фактически это было отстранение от должности без объяснения причин ни самому Шаталину, ни общественности. Этому предшествовали события, связанные с образованием и действиями ГКЧП.