В ноябре 1925 года Тухачевский стал начальником Штаба РККА. Хотя это назначение последовало уже после смерти Фрунзе во время операции по поводу язвы желудка (современники подозревали, что он был умышленно умерщвлен по тайному приказу Сталина), но принципиально вопрос об этом назначении был решен еще при его жизни. Кстати сказать, в качестве преемника Михаила Васильевича Тухачевский, по свидетельству И. А. Телятникова, предлагал своего друга Серго Орджоникидзе, но Сталин без труда добился, чтобы во главе военного ведомства встал полностью преданный ему и, в отличие от Орджоникидзе, не игравший никакой самостоятельной роли в партии Ворошилов. Последний, очевидно, знал об оппозиции Тухачевского его назначению, и отношения между ними с самого начала складывались очень тяжело.
Тухачевский получил большие возможности для реализации своих планов, однако неприязнь со стороны нового наркома по военным и морским делам затрудняла его деятельность как начальника Штаба РККА. В вышедшей в 1926 году работе „Вопросы современной стратегии“ Михаил Николаевич важнейшей задачей назвал задачу „военизации“ страны, полагая, что централизованное планирование позволяет в СССР „выжать больший процент военной продукции“, чем в капиталистических странах, и добиться того, чтобы экономика не была разрушена необходимостью перехода на военные рельсы. Тухачевский заметил: „Маневрировать всеми ресурсами страны никто еще не умеет, а этот маневр наши работники должны знать так же хорошо, как они знают полевое вождение войск“. Фактически, в полном соответствии с линией Сталина и большинства Политбюро, он выступал за милитаризацию страны в мирное время и подчинение всей экономики нуждам обороны страны, практической мобилизации промышленности еще до начала боевых действий. Именно в те годы зародился монстр советского ВПК, который и сегодня давит на экономику России громадной скрытой безработицей и омертвевшими капиталовложениями. Начиналось же это во второй половине 20-х, с принятием XIV партсъездом курса на ускоренную индустриализацию (разумеется, в съездовских резолюциях прямо не говорилось о ее преимущественно военных целях). Тухачевский особо подчеркивал, что курс XIV съезда направлен на подъем военного потенциала страны, но предупреждал, что не стоит „принимать будущие достижения нашего социалистического строительства за реальные достижения сегодняшнего дня“. И одновременно призывал „предугадывать будущее“, что сам сплошь и рядом пытался делать в своих статьях и выступлениях.
И в тех же „Вопросах современной стратегии“ Тухачевский, по-прежнему веря, что Красной Армии в будущей войне придется главным образом наступать, а не обороняться, высказывал весьма здравые мысли. „Надо иметь в виду, — предупреждал он, — что в современных условиях ведения войны очень часто одной операцией достигнуть уничтожения врага не удается. Противник зачастую ускользает из-под удара. Поэтому приходится вести операции одну за другой с тем, чтобы доконать противника хотя бы у последней черты его сопротивления. А эта черта находится там, где начинаются районы, питающие войну“. Отсюда следовал вывод: „Мы должны считаться с тем, что нам предстоят тяжелые, длительные войны…“ Данный прогноз полностью подтвердился в ходе второй мировой войны, когда сопротивление вермахта прекратилось лишь после оккупации войсками союзников почти всей территории Германии, включая столицу. И еще один вывод Тухачевского вполне актуален и сегодня: „Искусство уничтожения вооруженных сил врага является основным условием экономного и успешного ведения войны, и в этом искусстве, как и во всем искусстве стратегии, мы должны постоянно совершенствоваться“. А в статье 1927 года „Задачи общевойсковой подготовки“ начальник Штаба РККА сформулировал: „Основной тактический принцип — это действовать сообразно обстановке“. Он был сторонником того, чтобы командирам была предоставлена необходимая самостоятельность как на учениях, так и в реальных боевых условиях. Хотя и здесь проявился свойственный Тухачевскому волюнтаризм. Не случайно ведь Михаил Николаевич подчеркивал: „Чрезвычайно вредно и опасно допустить у командира легкомысленного реагирования на изменения обстановки. Наоборот, упорство и настойчивость в достижении всей поставленной задачи зачастую в состоянии перебороть любые невыгодные обстоятельства в слагающейся в связи с изменением обстановке“. Подобные настроения были широко распространены в Красной Армии в 20-е годы, да и позже. Например, бывший генерал-лейтенант белой армии Я. А. Слащов, признавший Советскую власть и преподававший тактику на командных курсах „Выстрел“, в своих лекциях отстаивал ту же мысль, что и Тухачевский: „В бою держитесь твердо своего принятого решения — пусть оно будет хуже другого, но, настойчиво проведенное в жизнь, оно даст победу, колебания же приведут к поражению“. Вот так под Варшавой командующий Западным фронтом с настойчивостью, достойной лучшего применения, продолжал осуществлять свой план глубокого охвата польской столицы с севера тогда, когда уже обозначилась вся рискованность положения его открытого южного фланга. Чем это кончилось — хорошо известно.
На должности начальника Штаба РККА Тухачевский пробыл до мая 1928 года. Причиной его ухода с этого поста послужили постоянные конфликты с Ворошиловым. Например, 5 апреля 1928 года Тухачевский писал наркому: „Считаю необходимым доложить два основных момента, делающих работу Штаба РККА совершенно ненормальной… Прежде всего, и в текущей, и в плановой работе создается такое положение, что зачастую может казаться, будто Вы, как нарком, работаете сами по себе, а Штаб РККА сам по себе, что совершенно противоестественно, так как, по существу, штаб должен быть рабочим аппаратом в Ваших руках по объединению всех сторон и работ по подготовке войны. Если он таким аппаратом не является, то значит, дело не в порядке“. Через несколько дней, 16 апреля, Ворошилову поступило другое письмо, а точнее говоря, донос на Тухачевского за подписями Буденного, Егорова и Дыбенко, где начальник штаба Красной Армии обвинялся в том, что якобы самоустранился от руководства работой штаба и не соответствует занимаемой должности. В конце концов Михаил Николаевич осознал, что все его инициативы по перевооружению войск и реорганизации органов военного управления блокируются наркомом, и подал рапорт об освобождении от должности.
Его назначили командующим Ленинградским военным округом, где начальником штаба состоял его друг Б. М. Фельдман, муж свояченицы Михаила Николаевича. К тому времени Тухачевский был женат уже в третий раз. Еще в Смоленске он вступил в брак с Ниной Евгеньевной Гриневич, происходившей из дворянской семьи. До этого она была замужем за политработником Лазарем Наумовичем Аронштамом, дослужившимся впоследствии до высокого звания армейского комиссара 2-го ранга и разделившим печальную участь своего удачливого соперника в 1938 году. Там же у них родилась дочь Светлана. Жена любила Тухачевского, который, однако, далеко не всегда хранил супружескую верность. Кратковременные романы время от времени случались. Более длительный установился с Юлией Кузьминой, у которой от Тухачевского родилась дочь. Юлия Ивановна и Михаил Николаевич сошлись во время вторичного переезда Михаила Николаевича в Москву в 1924 году. Юлия развелась с мужем. Несмотря на это, Кузьмин и Тухачевский сохранили дружеские отношения, и Михаил Николаевич — содействовал служебной карьере Николая Николаевича. Тухачевский смог устроить любовнице с дочкой квартиру в Москве, а потом взял с собой в Ленинград, где тоже выхлопотал квартиру.
