Возводимое на последовательно номиналистическом фундаменте здание логики у Оккама привлекало не только глубиной трактовки проблем, но и целостностью замысла, удачным подбором ясных примеров и иллюстраций. В Оксфордском университете «Свод всей логики» имел хождение до конца XVII в. Он состоял из трех частей («о терминах», «о предложениях» и «о силлогизмах»), причем пятый раздел третьей части указанного «Свода» назывался «О неразрешимых предложениях, или Об антиномии „лжец“».
В то время как в континентальных университетах преобладали доминиканцы, в Оксфорде было сильно влияние францисканского ордена, основанного в начале XIII в. У его колыбели стоял богослов полуеретического направления Франциск Ассизский (1181/2—1226). Этот нищенствующий орден, членов которого иногда именовали также миноритами, усилиями папы Григория IX был окончательно превращен в контролируемую церковью иерархически построенную организацию. С 1256 г. францисканцы получили право преподавания в университетах. К концу XIII в. достигла сильного развития внутренняя борьба между двумя течениями во францисканском ордене — спиритуалами и конвентуалами, стоящими на более близких к ортодоксальной церкви позициях.
В 1313—1314 гг. Оккам вступил в ряды ордена миноритов, примкнув к радикальному направлению спиритуалов, «ересь» которых он защищал, однако, не с платформы мистики, а с позиций преклонения перед рациональным познанием. К 1323 г. относится обострение конфликта Оккама с канцлером Оксфордского университета Иоанном Люттереллом, обвинившим его в теологическом скептицизме и в ереси и сообщившим об этом Иоанну XXII. В конце 1324 г. Оккама препровождают в Авиньон (25, 1) — тогдашнюю резиденцию папы, где он должен был дать объяснения по обвинениям Люттерелла. Почти четыре года в ожидании суда Оккам провел под стражей в монастырской тюрьме города.
Комиссия магистров в составе шести человек (в нее кроме Люттерелла входило три доминиканца и два августинца) приступила к систематическому обследованию трудов обвиняемого. Таким образом, один из членов комиссии был уверен в справедливости обвинения еще до начала «расследования». Фиговый листок объективности маскировал заранее запланированную расправу.
Параллельно (и, по-видимому, в контакте с комиссией) делом Оккама занимался также комитет кардинала. Английский король 12 мая 1325 г., до истечения срока судебного разбирательства, отзывает главного свидетеля обвинения Люттерелла, однако помешать начавшемуся процессу не удалось. К концу 1325 г. члены комиссии закончили «освидетельствование» Оккамовых «Комментариев к „Сентенциям“ Петра Ломбардского» (экземпляр этого труда Оккама в начале 1325 г. был послан Люттереллом папе). Итог был неутешительным для Оккама. Магистры обратили специальное внимание на 51 тезис из числа содержащихся в работе положений, причем 29 были признаны явно еретическими. Сюда зачислялись комментарии мыслителя по проблемам милосердия и греха, познания у бога, причастия, безупречности поведения Христа, свойств божества и святой троицы и, наконец, теории идей, в которой комиссия не без основания учуяла скептический и номиналистический привкус. Остальные 22 тезиса были квалифицированы просто как ошибочные, а несколько — как не представляющие никакой значимости. В числе обвинений, так же как и в первоначальном доносе Люттерелла, нет еще указаний на разделявшуюся Оккамом доктрину об апостольской бедности. Позже Оккам писал, что он стал ее приверженцем лишь к последнему году своего пребывания в Авиньоне.
Размах процесса заставляет прийти к выводу, что речь шла не просто о политическом преследовании провинциальных миноритов, а о попытке папства идеологически разоружить оппозиционно настроенных «левых» францисканцев, в число видных теоретиков которых выдвигался Оккам. Вместе с Оккамом под папским арестом томились также генерал францисканского ордена Михаил Чезенский и известный юрист Бонаграций. Еще в 1323 г. на съезде в Перуджии францисканцы заявили резкий протест против злоупотреблений папской полиции. Кульминационный пункт в развитии папско-миноритского конфликта К. Маркс характеризует так: «После же того как папа сместил миноритского генерала Михаила Чезенского, они являются главными союзниками Людвига и ведут с папой войну не на жизнь, а на смерть» (2, 19).
26 мая 1328 г. Оккам вместе с Михаилом Чезенским и Бонагранием под покровом ночи бегут из папской тюрьмы. На лошадях они добираются до побережья, а в открытом море их уже поджидает галера. Они стремятся добраться до Пизы и соединиться с армией императора Людвига Баварского, выступившей против папских войск в Италии. 6 июня Оккама и его друзей отлучают от церкви. Согласно «Хронике» Николая Минорита, Оккам и его спутники морем 9 июня 1328 г. прибывают в Геную (58, 116), а оттуда добираются до Пизы. 11 апреля 1329 г. они покидают Пизу, а 6 декабря едут в Парму. Здесь по случаю религиозного праздника св. Николая Михаил Чезенский выступил с проповедью, в которой назвал папу Иоанна XXII «стяжателем», «олухом» и «поджигателем войны», а также обвинил его и в других отклонениях от требований христианской морали. Эта речь была красноречивым ответом на объявление папой 16 ноября 1329 г. доктрины Михаила Мезенского антикатолической.
Оккамовская партия вскоре пополняется многими новыми сторонниками. В феврале 1330 г. Оккам переезжает в Германию и предстает перед Людвигом Баварским. Согласно хронисту И. Тритемию (1462—1546) (112, 233), Оккам обратился к Людвигу Баварскому с фразой: «О, император, защищай меня мечом, а я буду защищать тебя словом!» Трудно сказать, были ли эти слова экспромтом или же паролем интеллектуалов-антипапистов, обращавщихся к Людвигу Баварскому с просьбой о предоставлении политического убежища. Мыслитель находит пристанище при монастыре францисканцев в Мюнхене, пользуясь также покровительством друга Людвига — «антипапы» Петра де Корбери. Он развертывает здесь приблизительно двадцатилетнюю бескомпромиссную борьбу с папской курией, решительно оспаривая ее стремление ко всей полноте власти. Острые стрелы его политических трактатов направляются сначала против Иоанна XXII, затем против сменившего его папы Бенедикта XII и, наконец, против Климента VI. В мирских делах он призывает пап подчиняться государям, а в духовных — собору. Философ принимает участие в работе францисканских соборов в Ренсе и во Франкфурте (1338), а также ведет деятельную переписку с коллегами по ордену.
В 1338 г. Оккам прямо провозглашает себя и «братьев-миноритов» истинно верующими мужами (viri religiosi) и не считает ни себя, ни их связанными какими-либо папскими указами. Дополнительный папский гнев на себя и своих друзей он навлек красноречивой обстоятельной защитой права короля облагать налогом церковные владения в тех случаях, когда это представляется необходимым светскому владыке.