2 июля 1941 года он был назначен уполномоченным Совета по эвакуации Академии наук СССР, а уже 16 июля состоялось правительственное решение о переезде Академии наук в Казань, которая была выбрана в значительной мере из-за развитой промышленной базы. Это позволило бы сократить путь научных разработок от академических институтов в производство. 19 июля, отдав необходимые распоряжения (буквально за несколько дней до первой бомбежки Москвы немецкой авиацией), Шмидт вылетел в Казань с целью начать прием первых эвакуированных на месте будущей «дислокации». В обстановке тех дней подобная работа становилась очень непростым делом.
«В современной сложной обстановке предположения и директивы о переводе частей академии несколько раз менялись, — информировал президента Комарова его ближайший помощник, — вследствие чего мои телеграфные донесения заключали в себе немало противоречий. В конце концов положение определилось… Сюда переведены пока около 1100 сотрудников вместе с членами их семей — около 2800 человек. Это количество удается разместить, но с каждым прибывающим эшелоном размещение становится все более и более трудным… Одной из таких забот был прием эшелонов с людьми таким образом, чтобы ни одного дня люди не оставались без крова. Мне пришлось закупить первоначально более 1500 кроватей с матрацами и расставить их в аудиториях университета, которые служили у нас своеобразным эвакопунктом для расселения сотрудников по общежитиям и квартирам» (Архив АН СССР, ф. 277, оп. 4, д. 1615, л. 5–7). А еще надо было заботиться об элементарном обеспечении питания в условиях карточной системы, о налаживании бытовых условий, включая санитарию и гигиену, — чтобы не возникло эпидемий, хорошо знакомых Шмидту по годам Гражданской войны. Со стороны эта прозаическая деятельность недавнего героя Арктики порой производила на непосвященного странное впечатление, особенно в редкие минуты отдыха и необходимого уединения. «Ночью во дворе здания университета большими шагами, сутулый и высокий, в сером как ночь плаще, точно измеряя длину двора, ходил Отто Юльевич Шмидт. Временами он взглядывал на небо, усеянное звездами, и тогда мысль его о переживаниях, связанных с событиями Отечественной войны, перекидывалась на вопросы больших научных обобщений», — ссылается Матвеева (2006, с. 189) на воспоминания одного из участников событий.
В более позднем документе Шмидт приводит целый ряд деталей, характеризующих коллизии, с которыми ему приходилось считаться: «В первую очередь СНК поручил вывезти институты физические, химические, механические, назначив местом эвакуации г. Казань. Туда же по решению правительства должны были бы отправиться академики и члены-корреспонденты. В. Л. Комаров отказался выехать в Казань, решив остаться в Москве. Спустя некоторое время он собрался в курорт Боровое, но по дороге внезапно оказался в Свердловске и решил там поселиться. Создалось очень неясное положение в АН. Аппарат президиума находился в Москве. Мы предлагали оставить президиум в Москве, но т. Шверник указал нам: в Казани должна быть АН. Неожиданное переселение Комарова в Свердловск очень нас беспокоило, я написал ряд писем и телеграмм с просьбой переехать в Казань, но Комаров стоял на своем и получил, наконец, разрешение правительства остаться в Свердловске. С разрешения СНК и согласия Комарова в конце сентября в Казани был созван пленум президиума. Комаров не приехал. Пришлось нам, вице-президентам, целиком взять руководство на себя. В это время развернулась работа АН — «все для фронта». Коллектив ученых работал с громадным подъемом» (Архив АН СССР, ф. 496, оп. 2, д. 352, л. 1). Свердловск с его промышленной базой к тому времени становился центром танкостроения, не случайно там обосновался виднейший теоретик и практик металлургии академик Бардин, и, видимо, это обстоятельство учитывалось престарелым президентом Комаровым. Он считал, что путь от науки к практике легче осуществлять в Свердловске. Вместе с тем его научный штаб во главе со Шмидтом остался в Казани, и такое раздвоение не могло не сказаться на работе Академии наук.
Биографы Шмидта единодушно отмечают его вклад в будущее торжество нашего оружия, задолго до победного мая 45-го. «Все науки… работали для фронта. И дали замечательное оружие, исключительные приборы, новое сырье» (Петров, 1959, с. 150). «В начале Великой Отечественной войны Шмидт… фактически руководил эвакуацией важнейшего для страны и ее обороны научного центра. Объем организационной работы у вице-президента возрос во много раз. Политическая ответственность за спасение и дальнейшее быстрое развитие работ научного центра — огромная. В памяти встают первые дни эвакуации в Казани — всех разместить, согреть, накормить. Отто Юльевич проявляет заботу о каждом человеке, интересуется всем, вплоть до мелочей. Вести с фронта шли все тревожнее и тревожнее — враг подходил к Москве, наступили тревожные дни октября 1941 года Именно в это время теплота Отто Юльевича по отношению к людям, готовность помочь, внимание к их нуждам, в сочетании со спокойствием и выдержкой, поразительно хорошо влияли на окружающих, поддерживали их бодрость и надежды» (Яницкий, 1959, с. 42).
Не случайно официальное советское издание высоко оценило роль Академии наук на начальном этапе войны: «В решении важнейших проблем перестройки экономики и создания слаженного военного хозяйства внесли достойный вклад учреждения Академии наук СССР, союзных и отраслевых академий, научно-исследовательские институты и высшие учебные заведения. Силы ученых сосредоточились на выполнении работ, связанных с обороной, на разработке новых проблем, обеспечивающих совершенствование вооружения и боевой техники, на оказание помощи промышленности в организации и расширении военного производства, на изыскании и использовании новых сырьевых ресурсов страны. Новые планы деятельности Академии, составленные в августе — сентябре 1941 года, включали более 200 тем, связанных с военной тематикой. Крупнейшие ученые страны, такие как A.A. Байков, А. И. Берг, С. И. Вавилов, Б. Е. Веденеев, А. Ф. Иоффе, П. А. Капица, М. В. Келдыш, В. А. Комаров, Г. М. Кржижановский, И. В. Курчатов, А. Н. Несмеянов, В. Н. Образцов, Д. Н. Прянишников, А. М. Терпигорев, А. Е. Ферсман, Е. А. Чудаков, О. Ю. Шмидт и другие, с началом войны выполняли ответственные задания…» (История Второй мировой войны, т. 5, с. 159).
Опираясь на сведения о наличии природных ресурсов, необходимых в военной индустрии, в распоряжении противника, академик А. Е. Ферсман оценил возможности фашистской Германии к активному сопротивлению лишь на протяжении четырех лет, что полностью подтвердилось. Подобный прогноз в ту тревожную и неясную пору наряду с данными разведки, которыми руководство страны не всегда адекватно пользовалось, стоил многого. В мирное и военное время наука оставалась тем, чем и должна быть, — разведкой общества, поставляя необходимую информацию для тех, кто хотел видеть и слушать, не закрывая глаза и уши на происходящее в стране и мире.
Научные сотрудники различных академических институтов составляли описания потенциальных театров военных действий (в том числе зарубежных территорий), карты проходимости для разных родов войск, искали новые месторождения полезных ископаемых взамен оставшихся за линией фронта, разрабатывали в авральном порядке новые технологии для оружия будущей победы и просто составляли изо дня метеопрогнозы на основе сохранившейся сети метеостанций. Порой в поисках необходимой информации им приходилось отправиться в тыл противнику, в партизанские отряды и т. д.
Разумеется, в суровые военные годы Отто Юльевич мысленно не однажды возвращался к тем, кто защищал Арктику, тем более что многие из его сотрудников продолжали там свою деятельность в самой различной роли. Его же преемник на посту начальника ГУ СМП Папанин был облечен высокими полномочиями представителя Государственного Комитета Обороны по приемке грузов от союзников в портах Мурманск и Архангельск. Активным помощником Митрича выступал бывший комендант челюскинского аэродрома Александр Погосов, не говоря уже о полярных моряках (Воронин, Марков, Хромцов, Хлебников и многие другие) и авиаторах (Мазурук, Аккуратов, Козлов, Водопьянов, причем последний участвовал в первых налетах на Берлин). Другой видный помощник Шмидта, одновременно с ним получивший звание Героя Советского Союза за полюсную операцию, М. И. Шевелев, стал одним из командиров дальней авиации, в которой служило немало полярников. Всем участникам дрейфа СП-1 выпало в военные годы стоять на ответственных постах: в частности, Ширшову — также в качестве представителя Государственного Комитета Обороны, Кренкелю — отвечать за работу полярных станций (включая те, что оказались в зоне военных действий). Именно Папанин первым настоял на вооружении персонала полярных станций, а для некоторых стратегических пунктов добился установки артиллерии. Такие пушки при нерастерявшемся старшем лейтенанте Корнякове отразили нападение на Диксон немецкого «карманного линкора» «Адмирал Шеер» в августе 1942 года Е. К. Федоров в годы войны возглавил метеослужбу вооруженных сил. Конечно, Отто Юльевич испытал боль и гордость при известии о героической гибели «Сибирякова», в ситуации безнадежного боя сорвавшего операцию фашистских ВМС в Арктике. Созданная усилиями Шмидта арктическая трасса работала на победу, когда ее использовали боевые корабли. Если в 1936 году Шмидт вел эсминцы с Балтики на Тихий океан, то в 1942 году отряд тихоокеанцев на встречных курсах под проводкой ледоколов проломился сквозь льды с новыми кораблями на помощь Северному флоту. Все перечисленное было вкладом Шмидта в будущую победу, которым он мог заслуженно гордиться, даже находясь вдали от фронта.
