В это же время в республике разгорелся новый очаг сопротивления советской власти. В Шатое и Итум-Кале выступил со своими сторонниками М. Шарипов, брат известного чеченского большевика А. Шарипова, погибшего в гражданскую войну. Вскоре отряды Шарипова и Исраилова объединились. Повстанцы выпустили воззвание к народу, в котором говорилось, что кавказцы ожидают немцев как гостей и окажут им гостеприимство — только при признании их независимости. В свою очередь, в ряде приказов войскам вермахта, воюющим на Кавказе, указывалось на необходимость радикально иного поведения здесь немецкого солдата, чем это имело место на Украине и в других областях СССР.
Весной 1942 года советская авиация дважды подвергала воздушным бомбежкам (!) некоторые районы горной Чечни. Особенно пострадали населенные пункты, бывшие очагами восстания.
Иным стало отношение к кавказским народам, особенно к чеченцам и ингушам, в частях действующей армии. В Красную Армию они призывались в части со смешанным национальным составом, где чувствовали себя неуверенно. Их обучение и воспитание проводилось, как правило, без учета национально-религиозных особенностей, традиций, бытового уклада.
В русской армии начала века существовали национальные вооруженные формирования народов Кавказа. Так, в Туземной дивизии в годы Первой мировой войны своей удалью выделялись Чеченский и Ингушский полки, не давшие, кстати, ни одного дезертира. Примечательно, что для чеченцев и ингушей в дореволюционной России не существовало обязательной воинской повинности, но многие шли на службу добровольно. В своей дооктябрьской истории русская армия знала девять генералов из числа чеченцев и ингушей.
С началом Великой Отечественной войны стало массовым дезертирство чеченцев и ингушей из армии. Только с июля 1941 года по апрель 1942 года из числа призванных в РККА и трудовые батальоны дезертировало и уклонилось от воинской службы 1500 человек.
При таком положении дел Государственный Комитет Обороны принял решение вообще не призывать их в армию, а находящихся в ее рядах освободить от службы. Но в первые месяцы войны ГКО разрешил формирование нескольких десятков национальных кавалерийских дивизий и стрелковых бригад. Так в ЧИАССР была сформирована 114-я кавдивизия и в Кабардино-Балкарии — 115-я кавдивизия.
Весной 1942-го части этих соединений прибыли на фронт и приняли участие в боях под Сталинградом. Кавказские части понесли большие потери, после чего их вывели во второй эшелон. А вскоре в Чечено-Ингушетии начала формироваться еще одна дивизия, на этот раз стрелковая. Но она так и не вышла на фронт, ее буквально захлестнуло дезертирство.
Сложной обстановкой в республике не могли не воспользоваться немецкие спецслужбы. На Кавказ они забрасывали террористические группы из числа бывших военнопленных и дезертиров, сотрудников абвера. Только летом 1942 года было заброшено четыре таких группы. Они входили в тесный контакт с местными бандитскими формированиями, совершая террористические и диверсионные акты. Для борьбы с десантами противника и поддержания порядка в прифронтовой полосе Северо-Кавказского региона ГКО образовал двенадцать истребительных батальонов.
С приближением фронта к Северному Кавказу обстановка в Чечено-Ингушетии еще больше обострилась. К концу 1941 года в республике действовало около 20 террористических групп. На их счету было несколько убийств, носивших явно демонстрационный характер: республиканского прокурора Газиева, народного судьи Албогачиева, начальника милиции Хуптаева… По данным НКВД, с сентября 1942 года по февраль 1944-го на территории республики было ликвидировано 87 бандгрупп, арестовано около 300 повстанцев.
Всего в результате проведения войсковых операций в Чечено-Ингушетии с июня 1941 года по январь 1945 года ликвидировано 232 террористических группы, 1815 бандитов-одиночек, арестовано 1714 пособников. Изъято 18 046 автоматов и 11 366 винтовок.
Руководство страны искало выход из создавшегося положения. Как свидетельствуют документы, во многом на принятие решения о депортации чеченцев и ингушей повлияла сильно искаженная оперативная информация по линии НКВД о десятках тысяч бандитов в республике, о многочисленных немецких десантах, действующих вместе с бандитами. Сказались также особые отношения Сталина и его соратников к вайнахам как носителям идей открытого сопротивления сталинской национальной политике, стремление произвести акт возмездия и преподнести урок другим народам.
В ноябре 1943 года план переселения чеченцев и ингушей обсуждался на совещании начальников УНКВД ряда краев и областей Сибири, куда предполагалось выселить эти народы. Местами переселения также были определены Казахстан и Киргизия. В середине декабря 1943 года этот план был окончательно утвержден.
Будущая операция должна была проводиться скрытно. В январе 1944 года совнарком ЧИАССР и обком партии приняли совместное решение «Об обеспечении подготовки тактических учений войсковых частей СКВО в горных условиях». А к концу января в республике уже находилось около 100 тысяч военнослужащих частей НКВД и почти 19 тысяч работников НКГБ и СМЕРШа. Такой концентрации войск Чечено-Ингушетия раньше не знала.
20 февраля 1944 года в специальном вагоне в Грозный прибыли нарком внутренних дел СССР Л. Берия и его заместители генералы Б. Кобулов, И. Серов, С. Мамулов.
Поражает точность и тщательность всего того, что делалось при подготовке к переселению. Взять хотя бы дороги в республике. Они изучались детально. Отметки подъемов и спусков чуть ли не на каждом километре, выбоины и колеи, обрывы и ущелья, места возможных оползней, состояние переправ, бродов. Но еще тщательнее отрабатывались вопросы железнодорожных перевозок. Ответственным уполномоченным по организации транспорта Берия назначил начальника 3-го управления НКГБ СССР комиссара госбезопасности третьего ранга С. Мальштейна. Генерал-майору Бочкову, начальнику управления конвойных войск НКВД СССР, вменялось в обязанность организовать «охрану спецконтингентов на станциях погрузки и конвоирование до мест расселения».
В плане мероприятий по обеспечению специальных железнодорожных перевозок значилось: «Всего для обеспечения перевозок спецконтингентов сформировать и отправить 152 маршрута по 100 вагонов в каждом, общим количеством 14 200 крытых вагонов и 1 тысяча платформ. Эшелоны формировать по 65 вагонов по схеме: в голове поезда ставить два вагона прикрытия (или один пульмановский), 33-й вагон отвести для конвоя, 34-й под медизолятор…»