В течение сентября 1940 г. летчики JG51 одержали 134 победы. К концу месяца на общем счету эскадры было уже 500 побед, и на тот момент она стала самой результативной в Люфтваффе эскадрой одномоторных истребителей. Большее число побед тогда было лишь на счету ZG76, оснащенной двухмоторными Bf-110.
Утром 7 октября Мёльдерс получил тяжелый удар, когда из боевого вылета не вернулся «Мессершмитт» его младшего брата Виктора. Последний свою боевую карьеру начал в составе I./ZG1, где летал на Bf-110. Затем Вернер поспособствовал его переводу в свою эскадру, но отнюдь не для того, чтобы обеспечить брату легкую жизнь. 12 сентября 1940 г. обер-лейтенант Виктор Мёльдерс был назначен командиром 2./JG51, специализировавшейся на атаках наземных целей. Однако он участвовал и в воздушных боях, одержав девять побед.
И вот теперь его Bf-109E-4/B W.Nr.4103 в бою над устьем Темзы был сбит «Спитфайром» флайт-сержанта Эрика Уйата (Eric W. Wright) из 605 Sqdn. RAF. Совершив в 11.15 вынужденную посадку на английском побережье, Виктор Мёльдерс попал в плен. Позднее он вспоминал:
«Я был переведен в JG51 в конце августа 1940 г., поскольку мой брат хотел, чтобы я сформировал штурмовую эскадрилью. Я был назначен командиром 2./JG51.
В понедельник 7 октября 1940 г. между 10.00 и 10.30 мой брат сообщил, что мы должны совершить очередной вылет. Моя эскадрилья, восемь самолетов с подвешенными 250 кг бомбами, должна была стартовать из Пина, набрать высоту 6000 метров, направиться на север к Лондону и атаковать доки. Затем мы должны были насколько возможно быстрее лететь обратно. Нас должны были прикрывать штабное звено и еще восемь самолетов.
Когда мы достигли устья Темзы, мой брат сообщил мне, что они остаются здесь, а затем вернутся обратно в Пин, поскольку у них мало горючего. Я со своей эскадрильей начал снижаться и на высоте крыш домов пролетел над улицами Лондона. Было забавно видеть зенитные снаряды, взрывающиеся гораздо выше нас! Мы сбросили наши бомбы на доки и повернули обратно во Францию. Внезапно по рации я услышал: «Индейцы» позади вас!», и увидел приблизительно тридцать самолетов, пикирующих на нас с высоты 6000 метров. Я выждал, пока они не приблизились, а затем развернулся им навстречу. Все, что я могу вспомнить после этого, так это то, что я получил попадание в радиатор, гликоль начал вытекать и температура двигателя стала повышаться.
Поскольку мой двигатель был больше неспособен к набору высоты, я начал постепенно снижаться. Я сбросил фонарь кабины и то выключал двигатель, то снова его запускал. Посмотрев назад, я увидел одиночный английский самолет, преследовавший меня. Тогда я скрылся в облаке, а когда вышел из него, то увидел, что этот истребитель летел рядом со мной. Он отвернул, и больше я его не видел.
Я летел слишком низко, чтобы выпрыгнуть на парашюте, и потому начал искать подходящее место для посадки. Все поля, которые я видел, были заставлены старыми автомобилями или имели другие заграждения на случай посадки десантных планеров. В результате я, который по всем признакам должен был разбиться, приземлился на бруствере противотанкового рва, причем сделал это слишком успешно, поскольку самолет не показывал никаких признаков горения. Я попробовал поджечь его из сигнального пистолета, но не смог, попытка вызвать огонь при помощи моей карты, которую я зажег, также не принесла успеха. Вскоре я был взят в плен и на следующий день доставлен в Лондон».
Несмотря на все чрезвычайные обстоятельства войны, Вернер Мёльдерс по-прежнему оставался спокойным и серьезным человеком. Большая работоспособность и человеческие качества очень помогали ему в административной работе и в управлении эскадрой. Он требовал от своих подчиненных соблюдения на войне солдатского и рыцарского кодекса чести. Так, в один из дней он был очень сильно поражен, когда узнал, что командир I./JG51 обер-лейтенант Герман-Фридрих Йоппин во время полета над британским побережьем обстрелял обычный пассажирский поезд. После возвращения на аэродром обычно выдержанный и спокойный Мёльдерс, схватив Йоппина обеими руками за грудь, в очень резкой форме приказал вызубрить различия между военными и гражданскими целями.
Позиция Мёльдерса как командира хорошо видна из следующих его слов: «Авторитет не может основываться на силе. Он должен подтверждаться нравственностью и умственным превосходством. Уверенность командира в собственной безупречности должна рождать в солдате чувство необходимости подчиняться ему. Без дисциплины не может существовать никакое подразделение, однако порядок должен основываться на добровольной дисциплине. Просто сказать: „Вы должны слепо повиноваться приказам и не задавать вопросов. В случае неповиновения вы будете строго наказаны“. Это – обыкновенный милитаризм. Хороший командир хотел бы, чтобы вы сознательно подчинялись ему. Послушание является добровольной дисциплиной. Мы хотим видеть безупречно воспитанных солдат, но не кукол, щелкающих каблуками. Муштра в военном подразделении необходима, но она ведет к плохому результату, если является самоцелью. Человек в военной форме должен, прежде всего, оставаться человеком».
В начале октября в JG51 прибыли три предсерийных истребителя Bf-109F-0. 9 октября Мёльдерс совершил первый боевой вылет на истребителе с серийным номером W.Nr.5628. Затем после полудня 11 октября он одержал на нем первую победу, сбив в бою в районе Фолкстона «Спитфайр» Mk.I X4562 из 66 Sqdn. RAF. Его пилот пайлэт-офицер Пикеринг (J. H. T. Pickering) получил ранение, но все же смог выпрыгнуть на парашюте.
12 октября жертвой Мёльдерса сначала в 10.40 в районе местечка Лимп, в 9 км западнее Фолкстона, стал «Харрикейн» Mk.I V7426 из 145 Sqdn. RAF. Его пилот флайт-сержант Торпе (P. Thorpe) не пострадал и выпрыгнул на парашюте. Спустя три минуты уже в районе Кентербери Мёльдерс сбил еще один истребитель из той же эскадрильи – P3896. На этот раз пилот флайт-сержант Уодхэм (J. V. Wadham) погиб, получив пулевое ранение в голову.
Затем во второй половине 12 октября в ходе очередного боевого вылета над английским побережьем Мёльдерс снова встретился в бою с летчиками 145 Sqdn. RAF. И на этот раз он добился опять успеха, сбив в районе мыса Данджнесс «Харрикейн» Mk.I V7251 командира эскадрильи сквадрэн-лидера Пола Уотлинга Робоне (Paul Watling Rabone). Опытному новозеландскому летчику, который в тот день также одержал победу, сбив «Мессершмитт», удалось совершить вынужденную посадку «на живот».
Утром 15 октября в районе аэродрома Кенли, около южной окраины Лондона, Мёльдерс записал на счет очередной «Харрикейн» Mk.I V6772 из 501 Sqdn. RAF, пилот которого флайт-сержант Фенмор (S. A. Fenmore) – погиб.