Представители реакционных кругов признавали большое влияние Писарева на общественность. Так, в официальном докладе цензора Скуратова говорится, что «из всех русских социалистических писателей Писарев едва ли не самый популярный в кругу незрелой молодежи, которая не только читает, но изучает его сочинения, и каждая строка в них служит темою для горячих, увлекательных споров и толков; что у другого автора осталось бы неизвестным или незамеченным, в сочинениях Писарева будет отыскано, обсуждено и цитировано в подтверждение социалистических учений об угнетении труда капиталом и т. д.» (44, стр. 158).
А в отзыве члена цензурного комитета Никитенко говорится о большом влиянии «Русского слова» и «Современника» на читателей, и особенно на молодежь. Популярность «Русского слова», тон в котором задавал Писарев, была совсем нежелательной для царской цензуры, видевшей в этом журнале рассадника атеизма и материализма, разрушителя авторитетов власти, нравственности, веры. В связи с обострением политического кризиса в стране после реформы журналу было сделано предупреждение.
Но оппозиционное движение все ширилось и во многих городах было поддержано передовой общественностью страны, и особенно студенчеством. В ответ на это правительством было принято решение о закрытии всех воскресных школ и женского пансиона в Вильне. Временно были прекращены занятия в Петербургском университете, бунтующее студенчество которого заполнило улицы столицы. Московский и Казанский университеты также были закрыты, а профессора с передовыми взглядами вынуждены были уйти в отставку. «Атмосфера была насыщена духом реакции», — вспоминал позже Кропоткин. «Современник» и «Русское слово», по-прежнему оставшиеся не только идейными вдохновителями движения, но «какими-то евангелиями молодежи», находились теперь под угрозой закрытия. Понимая это и желая предотвратить опасность, Писарев пишет статью «Очерки из истории печати во Франции», где под видом обзора французской печати старается намекнуть на критическое состояние печати в России и этим по возможности отвести удар, нависший над прогрессивной прессой. Намекая на политические осложнения в России, Писарев подчеркивает, что стремление правительства поправить свое положение преследованиями «настроения умов, которое является характерным для целой нации», не укрепляет, а еще больше подрывает его позицию. Выпадами против свободы печатной мысли правительство покажет, что оно «боится простых выводов здравой логики, потому что его существование, его происхождение, его действия во всех отношениях противоречат этим простым выводам» (14, стр. 497). Но старания Писарева оказались напрасными. В июле 1861 г. выпуск «Современника» и «Русского слова» был приостановлен на 8 месяцев. Писарев, однако, намеревался продолжать свою деятельность в том же духе, если, конечно, обстоятельства не принудят его, как он говорил, «отправиться в места отдаленнейшие и бросить журналистику». А обстоятельства складывались неблагоприятно. Ретроградная печать объясняла жадное стремление юношества к новым идеям незрелостью ума, неразвитостью и совращенностью вследствие неумения «противиться обаянию печатного слова» тех нигилистических журналов, где якобы демагогически «толкуется о безграничной свободе человека вообще и юношества в особенности» и где проповедуются возмутительные мысли и опасные теории (80, стр. 54). Желая представить студенческие волнения и другие выступления против старых порядков как бессмысленные действия деморализованной радикальными журналами молодежи, реакционные круги развернули кампанию клеветы против Герцена, «Колокол» которого, тайно проникавший в Россию, вместе с «Современником» и «Русским словом» вел революционную агитацию. Ретроградная печать называла Герцена «беглым апостолом революции», который якобы из «безопасного притона» командует «на русских площадях бунтующими мальчишками», усугубляя кризис (80, стр. 87). Писарев видел в Герцене единомышленника в борьбе и поэтому считал своим долгом дать достойный отпор выпадам реакции. Особенно рьяно выступал с нападками на Герцена барон Фиркс (псевдоним Шедо-Ферроти). Писарев написал рецензию на одну из брошюр Шедо-Ферроти, но цензура не пропустила ее. Тогда Писарев сочинил статью-прокламацию «Русское правительство под покровительством Шедо-Ферроти», где открыто выступил против царского правительства. Продолжая мысль о царице и о трутнях, изложенную в «Пчелах», он бросает гневный вызов правительству, называя его вместе с придворным окружением «естественными притеснителями и врагами» народа, «царственными лежебоками», злоупотребляющими терпением масс и держащимися у власти только «непрерывным рядом преступлений». На ряде примеров Писарев показывает, как правительство систематически поглощает материальные средства и губит силы народа. И так будет до тех пор, пока «масса проглоченного, — говорит он, — не разорвет это безобразное чудовище» (20, стр. 126). Исходя из исторической обстановки России, Писарев предсказывает скорую гибель «средневекового правительства», царствующей династии Романовых. Все, «что мертво и гнило, должно само собою свалиться в могилу; нам останется, — говорил он, — только дать им последний толчок и забросать грязью их смердящие трупы» (20, стр. 126). Статья была обнаружена во время обыска выданной провокатором тайной типографии Баллода. Так как Баллод не хотел назвать автора статьи, чтобы дать возможность Писареву уехать за границу, то Следственная комиссия тщательно изучила ее с целью определить автора. Сличение почерков и само изложение навели на мысль, что автор рукописи — Чернышевский или Писарев. Вслед за этим 27 июня 1862 г. в журнале Следственной комиссии появилась запись о «незамедленном произведении внезапного и строгого обыска в квартире Д. И. Писарева и его аресте» (45). Писарев был привлечен к суду за антиправительственную деятельность и заключен в одиночный каземат Невской куртины Петропавловской крепости. Здесь он около двух лет содержался как подследственный, пребывая в неизвестности относительно своей дальнейшей судьбы. Во время следствия, как сообщают документы, Писарев сначала настойчиво отрекался от авторства, а потом объяснял резкое направление статьи горячностью характера, душевной болезнью, опрометчивостью по молодости лет. Но Судебная комиссия доказала, что статья, написанная не в один раз, свидетельствует об обдуманности «преступного действия». Министр юстиции считал эту статью «возмутительной… написанной дерзкими и оскорбительными выражениями как против правительства, так и против священной особы государя императора» (45). Свое поведение в период следствия Писарев позже объясняет в статье «Популяризаторы отрицательных доктрин», где говорит о сходной со своей судьбой судьбе Вольтера, который, будучи обвинен в распространении запретной литературы, во время допроса отказывался не только от факта распространения, но и от своих идей. Писарев одобряет подобную тактику, так как она не вредит делу, а «только отнимает у иезуитов и у полицейских сыщиков возможность помучить оппозиционного мыслителя» (11, стр. 485). Как реалист и утилитарист, он считал бесполезным и потому глупым бравировать арестом и увеселять своей особой охранку. По его мнению, необходимо было сделать все, чтобы избежать тюремного заключения, которое в ущерб демократическому движению прервало бы на длительный срок его только что развернувшуюся деятельность. Писарев отмечал, что подобные маневры очень напоминают тактику бурсаков по отношению к своему начальству. «Но что же делать? — говорит он. — Бывают такие времена, когда целое общество уподобляется одной огромной бурсе. Виноваты в этом не те люди, которые лгут, а те, которые заставляют лгать» (11. стр. 485).