Фаина Ефимовна была арестована 26 апреля 1938 года по ордеру, подписанному заместителем наркома внутренних дел Фриновским. Основанием для ареста явились материалы, подготовленные 1-м отделением 4-го отдела ГУ ГБ НКВД СССР. Справка на арест была датирована еще 17 апреля 1938 года и подписана начальником отделения Райхманом. В ней отмечалось, что "агентурными данными и показаниями арестованных помощников" Прокурора РСФСР Бурмистрова, Крыленко и Соколова Нюрина изобличается как участница антисоветской организации правых, по заданию которой вела активную контрреволюционную деятельность". Далее в справке приводились небольшие выдержки из показаний названных лиц, а также из агентурных донесений, полученных еще в январе — феврале 1938 года. В них отмечен, например, и такой "факт". "Нюрина в годы Гражданской войны, — писал агент, — при занятии Житомира Петлюрой встречала его во главе делегации, держала перед ним погромную речь против большевиков, выставляя его как спасителя цивилизации и восстановителя демократии на Украине. При возвращении от Петлюры стреляла из пулемета по рабочему поселку".
То, что Нюрина в первые годы Советской власти идейно противостояла большевикам, было фактом общеизвестным. Но для пущей убедительности агент приплел к своему донесению и "погромную речь", и "пулемет".
По всей видимости, агент знал о материале, который в свое время рассматривался в ЦКК при ЦК ВКП(б). В конце 1920-х годов некая С. и ее муж М. обратились с письмом в ЦК партии, в котором сообщали о том, что в 1919 году Ф. Е. Нюрина и ее брат Д. А. Петровский-Липец были причастны к расстрелу петлюровцами их родственников. ЦКК при ЦК ВКП(б) 29 июня
1929 года после соответствующей проверки рассмотрела этот вопрос на заседании и признала, что обвинения против Нюриной являются "недоказанными". Из материалов проверки усматривалось, что сестры С. были арестованы и расстреляны петлюровцами, однако Нюрина никакого отношения к этому не имела. В документе ЦКК отмечалось, что Нюрина и ее брат Петровский-Липец, а также муж Нюренберг действительно являлись бундовцами и вели борьбу "против взглядов и деятельности большевистской партии", однако этого она никогда не скрывала, от своих прежних взглядов отказалась и в 1920 году вступила в большевистскую партию.
Дело Ф. Е. Нюриной принял к своему производству оперуполномоченный 4-го отдела 1-го управления НКВД лейтенант госбезопасности Зайцев. Каких-либо свидетелей по ее делу не вызывалось. Следователь приобщил только выписки из протоколов допросов руководящих работников органов юстиции и прокуратуры, с которыми Нюрина общалась по роду службы и к тому времени уже арестованных, — в частности, наркома юстиции СССР Н. В. Крыленко, заместителя Прокурора Союза ССР Г. М. Леплевского, помощника Прокурора РСФСР В. М. Бурмистрова и других. Все они "изобличали" Ф. Е. Нюрину как активного участника антисоветской организации, якобы существовавшей в органах прокуратуры.
Первый и единственный протокол допроса Ф. Е. Нюриной был составлен лишь 27 июля 1938 года. А 22 июля ей было предъявлено обвинение в преступлениях, предусмотренных статьями 58-7, 19-58-8 и 58–11 УК РСФСР. Можно только догадываться, что происходило в течение трех месяцев, которые Фаина Ефимовна провела в тюрьме. Пытки, истязания, оскорбления?.. Однако ничто не могло сломить волю мужественной женщины, все усилия "заплечных дел мастеров" оказались тщетными. Несмотря на прямые "изобличения", она твердо и решительно отвергала все обвинения и виновной себя не признавала. В отличие от других прокуроров, сломленных в ежовских застенках, эта единственная среди них женщина не "потянула" за собой никого из окружавших ее людей.
Сразу же после допроса оперуполномоченный Зайцев составил краткое, на одном листе, обвинительное заключение. В этом документе отмечено, что Ф. Е. Нюрина была арестована как участник антисоветской организации правых. И далее: "Нюрина проводила вербовочную работу, вовлекая в организацию правых новых участников. Ею были завербованы бывш[ие] прокурорские работники Бурмистров В. М. и Деготь. На протяжении ряда лет проводила подрывную вредительскую работу в прокуратуре, разваливая работу органов прокуратуры и извращая политику ВКП(б) и Советской власти в области революционной законности, ослабляя борьбу с врагами народа". Обвинительное заключение было согласовано с начальником 4-го отделения 4-го отдела 1-го управления НКВД капитаном государственной безопасности Аронсоном, а утвердили его начальник 4-го отдела Глебов и заместитель Прокурора Союза ССР Рогинский.
Далее судебный конвейер действовал уже стремительно и без остановки. 28 июля под председательством диввоенюриста Никитченко состоялось подготовительное заседание Военной коллегии Верховного суда СССР. На нем присутствовал также и Рогинский. Было принято решение — дело Ф. Е. Нюриной заслушать в закрытом судебном заседании в порядке закона от 1 декабря 1934 года, то есть без участия обвинения и защиты и без вызова свидетелей.
Судебное заседание выездной сессии Военной коллегии открылось 29 июля 1938 года в 18 часов 20 минут под председательством того же Никитченко. В качестве судей участвовали диввоенюрист Горячев и бригвоенюрист Романычев. После выполнения некоторых формальностей (удостоверение личности подсудимой, выяснение вопроса о том, вручено ли ей обвинительное заключение) секретарь судебного заседания Костюшко зачитал обвинительное заключение. На традиционный вопрос о виновности Ф. Е. Нюрина снова ответила, что виновной себя не признает. Тогда были частично оглашены показания Крыленко, Липшица, Леплевского и других лиц, говоривших о ее вредительской деятельности в органах прокуратуры. Нюрина назвала их явной и злостной клеветой. В последнем слове Ф. Е. Нюрина еще раз подтвердила, что ее "оклеветали враги", что ни в каких контрреволюционных организациях она не состояла, и просила суд "тщательно разобраться" в деле. Но это, конечно же, в планы суда не входило, ведь исход дела был уже фактически предрешен.
Суд удалился на совещание только для того, чтобы через несколько минут выйти и объявить приговор. В нем содержались все те же "перепевы" обвинительного заключения — об участии в антисоветской террористической организации, вербовке в свои ряды других лиц и проведении в органах прокуратуры вредительской деятельности. Фаина Ефимовна Нюрина была приговорена к расстрелу с конфискацией имущества. Заседание суда закрылось, как отмечено в протоколе, в 18 часов 40 минут, то есть спустя двадцать минут после открытия. Приговор был приведен в исполнение незамедлительно.
…Прошло семнадцать лет. Обстановка в стране изменилась. Дожившие до этого времени политзаключенные стали понемногу возвращаться домой. Сфабрикованные органами НКВД дела (пока еще робко и очень выборочно) прекращали, а лиц, осужденных по ним, реабилитировали. К Генеральному прокурору Союза ССР Р. А. Руденко поступали тысячи писем от осужденных или их родственников с просьбой пересмотреть то или иное дело. В 1955 году написали такое заявление и сыновья Ф. Е. Нюриной — А. Е. Ниточкин и Ш. И. Шаров. Они просили пересмотреть дело их матери, бывшего и. о. прокурора республики Ф. Е. Нюриной. Проверка дела была поручена Главной военной прокуратуре, а непосредственно занимался этим вопросом военный прокурор подполковник юстиции Прошко.
