Во флот передали и самого Воробьева. Войну моряк начинал на Волге. В июле-ноябре 1941 года Воробьев был командиром учебного отряда кораблей, с ноября по декабрь – командовал 3-й бригадой речных кораблей и одновременно исполнял обязанности командующего Волжской военной флотилией [738] .
27 октября 1941 года приказом наркома ВМФ учебный отряд кораблей, который решением Государственного Комитета Обороны был создан в июле на Волге, переименовали в Волжскую военную флотилию. Командовал флотилией с 28 октября капитан 1-го ранга С.Г. Сапожников. По приказу наркома ВМФ от 6 ноября предполагали создать 6 бригад речных кораблей (54 канонерские лодки, 30 бронекатеров, 90 катеров-тральщиков и сторожевых катеров, 60 катеров – малых охотников, 6 дивизионов торпедных катеров, 6 отрядов судов специального назначения, 6 авиаотрядов, 6 отдельных батальонов морской пехоты). Всем этим обширным объединением 6 ноября назначили командовать контр-адмирала С.М. Воробьева; капитан 1-го ранга Сапожников стал начальником штаба флотилии. Предстояло до 1 апреля 1942 года организовать флотилию на основе приказа наркома ВМФ. Директива начальника Главного морского штаба от 28 ноября поставила перед флотилией задачи: подготовка отрядов речных кораблей к действию совместно с войсками в кампанию 1942 года, подготовка кадров для действующих флотов, оборона бассейна Волги. После победы под Москвой Государственный Комитет Обороны 21 января издал постановление о приостановке массовой мобилизации судов для Волжской военной флотилии [739] . Советское командование планировало начать широкое наступление, после которого Волга должна была остаться в глубоком тылу. Это, безусловно, создало трудности с комплектованием флотилии. Но весной, когда обстановка на фронтах изменилась, на Волжскую флотилию вновь обратили внимание.
С.М. Воробьев командовал Волжской военной флотилией с 6 ноября 1941 по 16 февраля 1942 года [740] . Ему пришлось укомплектовывать флотилию судами, решать непростую проблему их вооружения, готовить к боевым действиям экипажи, в основном составленные из моряков речного флота. Воробьев сдал командование контр-адмиралу Д.Д. Рогачеву, который оправился от ран. Скорее всего, когда выяснилось, что Волга из тыловой реки, транспортной артерии и учебного центра может превратиться в поле боя, Воробьеву предпочли прошедшего суровую школу войны командующего Пинской флотилией.
28 мая 1942 года приказ командующего флотилией определил состав и задачи сил флотилии. 1-я бригада включала дивизион канлодок (3 единицы), дивизион бронекатеров (12 единиц), отряд полуглиссеров (10 единиц), отряд катеров-тральщиков (6 единиц). Отряд сторожевых катеров составляло 6 строящихся судов. 1-я бригада базировалась на Горький. Бригаде следовало содействовать частям армии, обеспечивать переправы, бороться с переправами противника и высаживать тактические десанты. Командиром бригады являлся контр-адмирал С.М. Воробьев [741] .
Противник развивал наступление к Сталинграду. 22 июля 1942 года вражеская авиация начала активные действия на Волге. 24 июля Волжскую флотилию подчинили Сталинградскому фронту. 25 июня командующий флотилией приказом объявил ее действующей. 30 июля по приказу Рогачева 1-я бригада речных кораблей была перебазирована в Камышин. 31 июля тральщики из ее состава передали в отдельную бригаду траления для борьбы с минной опасностью. А 5 августа командующий Сталинградским фронтом включил Волжскую флотилию в систему обороны Сталинграда. 1-я бригада речных кораблей (2 канлодки, 2 плавбатареи, 6 бронекатеров) в районе Красноармейск – Светлый Яр поддерживала войска 57-й армии. Часть сил бригады выделили для создания северной группы кораблей, которая непосредственно поддерживала войска 62-й армии, обороняющие город. С 24 августа моряки флотилии начали боевые действия против рвущихся к Волге неприятельских войск [742] .
27 октября 1942 года в связи с перебазированием основной части флотилии на зимовку была сформирована Сталинградская оперативная группа в составе 2 канлодок, 15 бронекатеров, 4 катеров-тральщиков под командованием контр-адмирала Воробьева. Группе была поставлена задача артиллерийской поддержки войск, переправы войск и грузов, эвакуации раненых и уничтожения переправ противника. 31 октября на основании решения наркома ВМФ приказом командующего Сталинградским фронтом все корабли флотилии, кроме Сталинградской оперативной группы, с 1 ноября переводили на зимовку в Астрахань и Гурьев. Воробьеву в условиях начинающегося ледохода приходилось взять на себя основную работу по обеспечению действий войск. Только с 1 по 20 ноября бронекатера и тральщики в период подготовки к контрнаступлению перевезли 22,5 тысячи войск с вооружением и боеприпасами, вывезли более 11 тысяч раненых [743] .
После начала контрнаступления 19–20 декабря корабли и катера Воробьева продолжали поддержку войск. 1 декабря приказом командующего флотилией штаб 1-й бригады речных кораблей был переименован в управление Сталинградской оперативной группы [744] .
Итак, с января по декабрь 1942 года Воробьев командовал 1-й бригадой речных кораблей Волжской военной флотилии; в ноябре-декабре он одновременно являлся командиром Сталинградской опергруппы. В наградном листе на него было написано: «За время боевых действий по обороне Сталинграда, взаимодействуя с частями 57-й и 64-й армий, корабли бригады под его командованием нанесли большой урон противнику. Не раз на отдельных участках при поддержке корабельной артиллерии части Красной Армии отбивали яростные атаки противника. По неполным данным, кораблями бригады уничтожено и рассеяно 11 батальонов пехоты, уничтожено: 7 артбатарей, 27 дзотов и блиндажей, 27 танков, 4 склада БЗ, 60 автомашин с войсками и грузами и др. Подавлено 34 артминометных батареи, 42 разные огневые точки. Сбито 3 самолета противника. Переправлены под огнем противника войска 62-й армии: войск – 25 800 человек, около 2000 тонн грузов и БЗ. Эвакуировано 6800 раненых бойцов и командиров на левый берег Волги. Воробьев месяц командовал Сталинградской оперативной группой кораблей, на которую была возложена задача переправы всех видов питания 62-й армии через р. Волга. Под огнем противника за месяц бронекатера и тральщики перевезли на правый берег 31 476 человек, более 1000 тонн различного груза и боеприпаса. Корабли поддерживали огнем группу полковника Горохова и 138 сд. Двумя канлодками уничтожено 3 танка, одна тяжелая батарея, 1 миномет, 16 разных огневых точек, отбито 10 атак противника на группу Горохова и 138 сд» [745] . Боевые действия бригады речных кораблей помогли 64-й и 62-й армиям удержать занимаемые рубежи.
В начале 1943 года Воробьева вернули в пограничные войска и направили на Дальний Восток. С января 1943 по ноябрь 1944 года он являлся заместителем начальника пограничных войск по морской части Управления пограничных войск НКВД Приморского края. Затем моряка перевели в Москву [746] .
