После императорского смотра на Кронштадтском рейде «Александр Невский» в составе эскадры адмирала Дмитрия Сенявина вышел в поход и прибыл в Портсмут. После этого уже в составе эскадры контр-адмирала графа Логина Гейдена он через Средиземное море дошел до острова Занте, где и произошло соединение с англо-французами.
«Александр Невский» стал одним из наиболее отличившихся кораблей союзников в Наваринском сражении. Сражаясь с тремя турецкими фрегатами и получив от них семнадцать серьезных пробоин, один он отправил на дно, а второй с помощью абордажа взял в плен. О том, насколько хорошо действовали при этом корабельные офицеры, свидетельствуют и крайне низкие цифры потерь: всего пять убитых и семь раненых.
Пятнадцатилетний мичман показал себя в сражении выдающимся офицером. В начале столкновения с турецкими кораблями он умело командовал своими четырьмя пушками, а потом, вместе с лейтенантом Боровицыным, взял на абордаж турецкий фрегат, на котором спустил османский флаг и пленил капитана и всех офицеров.
За Наварин Завойко получает свою первую боевую награду – орден Святой Анны 3-й степени с бантом.
В дальнейшем в ходе войны с Турцией Завойко служил в эскадре Гейдена на корвете «Наварин» (под командованием будущего героя Севастополя капитан-лейтенанта Павла Нахимова), которому была поставлена задача блокады Дарданелл. Когда, успешно выполнив поставленную задачу, «Наварин» вернулся в Севастополь, то командующий эскадрой контр-адмирал Михаил Лазарев представил Николаю I офицеров «Наварина» за их выдающиеся заслуги. Император произвел тогда всех младших офицеров корабля в следующий чин, исключением явился один Завойко, который на смотре показался грозному императору совсем ребенком. Только когда сам Нахимов заявил самодержцу о допущенной им несправедливости, то Завойко было объявлено «именное высочайшее благоволение», что давало право на дальнейшее ускоренное производство (вскоре он становится лейтенантом).
Когда в 1831 г. Нахимов становится капитаном фрегата «Паллада», то с собой он взял на новое место службы и Завойко.
До 1840 г. герой Наваринской битвы служит на разных судах и участвует в дальних походах (в том числе кругосветных), пока у него не начинается совершенно новый этап жизни – он назначается правителем Охотской фактории Российско-американской компании. Последняя, имея формально статус частной колониальной, активно использовалась правительством для освоения новых земель. С помощью компании решался ряд задач геополитического характера и, под прикрытием экономического освоения территорий, проводились мероприятия по повышению обороноспособности империи.
Так, Завойко, убедившись в неприспособленности порта фактории для размещения крупных военных судов, сделал все возможное для открытия нового порта. Благодаря стараниям правителя фактории компания перенесла порт из Охотска юго-западнее – в бухту Аян, где также значительно проще была жизненно необходимая связь с Сибирью.
Кроме того, подыскивая место для нового порта, поисковый отряд Завойко дошел до устья Амура, и этот поход стал началом присоединения к империи Приамурского края.
Активная работа и административные таланты Завойко не остались незамеченными наверху, и в 1849 г., когда была образована самостоятельная Камчатская область, его (уже капитана 1 ранга) назначают исправляющим должность камчатского военного губернатора и командиром Петропавловского порта. Как и на предыдущем посту, первый губернатор Камчатки проявляет огромную энергию в обустройстве этой безвестной окраины империи. В июне 1853 г. Завойко становится генерал-майором (что было очень необычно для морского офицера) и утверждается в должности военного губернатора.
Особенное внимание Завойко уделял укреплению Петропавловска и реализации комплекса мер, которые позволили бы порту выдержать длительную осаду без помощи подкреплений из Сибири. О том, что столкновение здесь с Британией является в ближайшее время более чем вероятным, Завойко, как и ряд других государственных деятелей России, прекрасно осознавал. Например, его непосредственный начальник – генерал-губернатор Восточной Сибири (по инициативе которого Завойко и стал военным губернатором) Николай Муравьев, еще за несколько лет до начала Восточной войны прозорливо писал: «Я много видел портов в России и в Европе, но ничего подобного Авачинской губе не встречал: Англии стоит сделать умышленно двухнедельный разрыв с Россией, чтобы завладеть ею и потом заключить мир, но уже Авачинской губы она нам не отдаст, и если б даже заплатила нам миллион фунтов за нее при заключении мира, то выручит его в самое короткое время от китобойства в Охотском и Беринговых морях; Англия, разумеется, никого не пустит в эти моря беспошлинно… К самым существенным условиям Англии в этом отношении должно принадлежать: овладеть Камчаткою или оставить ее пустынною и господствовать на восточных берегах Китая и Японии и таким образом, так сказать, отрезать Россию от Восточного океана».
Инициативу Завойко увеличить военные силы для охраны Петропавловска поддержал Муравьев. И вскоре генерал-губернатором были предприняты необходимые меры. Сначала в Петропавловск был отправлен ранее располагавшийся в Охотске небольшой гарнизон (позднее сухопутные силы были еще несколько увеличены), посланы орудия и снаряды, проведены фортификационные работы по укреплению батарей.
Стратегической целью англо-французов было полное уничтожение русской эскадры на Тихом океане. Они имели правильную информацию о том, что главным пунктом ее стоянки является Петропавловск и больше русскими не оборудовано ни одного, приспособленного к стоянке крупных военных судов, порта. Согласно разработанному союзниками плану, необходимо было захватить порт и уничтожить все стоявшие в нем суда и укрепления, что означало бы установление полного военно-морского доминирования англо-французов в Тихоокеанском регионе.
Но даже несмотря на все заранее предпринятые оборонительные мероприятия, силы Завойко для защиты от англо-французской эскадры были очень незначительны. В марте 1854 г. его, не слишком хорошо вооруженные, сухопутные силы составляли вначале всего 125 человек – команда 47-го флотского экипажа, камчатские казаки и нестроевики (многие из которых едва умели обращаться с оружием).
Немедленно после начала войны из эскадры адмирала Евфимия Путятина в Петропавловск был направлен корвет «Оливуца», но он уже не смог пройти через силы англо-французов.
Положение несколько улучшилось, когда в порт 19 июня неожиданно зашел 44-пушечный фрегат «Аврора» под командованием капитан-лейтенанта Ивана Изылметьева с экипажем в 284 человека, который до объявления России войны крейсировал в Тихом океане. Ему удалось дойти из Перу до Петропавловска, но экипаж находился в очень плохом состоянии – был крайне измучен тяжелейшим переходом и, в большинстве своем, поражен цингой.