Вместе с тем интеграционный импульс, данный приходом к руководству Россией В. В. Путина, был в значительной степени выхолощен ультралиберальным правительством Касьянова, которое продолжало сформировавшуюся при Ельцине компрадорскую экономическую политику и проНАТОвский внешнеполитический курс в кильватере США. Последние рассматривают любые формы интеграции постсоветского пространства как для себя недопустимые, трактуя их как восстановление СССР. Соответственно, сторонники этого курса в российском правительстве всячески противодействовали наполнению интеграционных инициатив Президента России реальным содержанием. Придуманный ими ложный тезис о несовместимости одновременного создания Таможенного союза и вступления его потенциальных государств-членов в ВТО при приоритетности последнего блокировал интеграционный процесс на несколько лет.
Ответственные за интеграцию должностные лица либо саботировали этот процесс, либо втягивали глав государств в заведомо нереалистичные инициативы, заканчивавшиеся конфузом и дискредитацией евразийской интеграции. Примером такого шапкозакидательского подхода стала инициатива министров экономики трёх государств по сверхбыстрому созданию единого экономического пространства, оформленная Меморандумом о создании Единого экономического пространства от 23 февраля 2003 года. Взяв заведомо нереалистичные обязательства и сорвав их выполнение, они дискредитировали идею евразийской интеграции, надолго ослабив доверие руководителей государств к новым инициативам.
Подобное противодействие процессу евразийской интеграции оказывают «западники» в руководстве других бывших союзных республик. Их обучение и карьерный рост опекаются соответствующими фондами, политическими структурами и спецслужбами государств НАТО. Последовательное взращивание ими армий грантоедов в СМИ, экспертном сообществе, чиновной и политической среде дало свои результаты — во всех постсоветских государствах сформированы нацеленные на противодействие евразийской интеграции группы влияния. Выращенные на русофобской закваске они истерически бросаются поперек любых интеграционных инициатив российского президента.
Главным направлением геополитики США и НАТО на постсоветском пространстве стал отрыв от интеграционного процесса Украины. Они руководствовались при этом известным тезисом Бжезинского, согласно которому без Украины Россия не в состоянии вернуть себе возможности сверхдержавы. По свидетельству заместителя государственного секретаря США по европейским и евразийским вопросам В. Нуланд на эти цели только из бюджета США было потрачено не менее 5 млрд долл. К этому следует добавить русофобскую деятельность на Украине государств ЕС, особенно Великобритании, Польши, Латвии и Литвы, негосударственных фондов, частных кампаний. Эта деятельность велась энергично и последовательно, сопровождалась систематическим вмешательством во внутренние дела Украины, расстановкой агентов влияния в её органах власти. В 2004 году она привела к государственному перевороту, в результате которого с грубыми нарушениями Конституции и законодательства Украины на должность её президента был посажен В. Ющенко, а ключевые посты в органах государственной власти заняли американские ставленники. Украина, а вслед за ней и Молдавия выпали из интеграционного процесса. Позднее под давлением США из него в 2008 г. вышел и Узбекистан.
Одновременно В. В. Путину пришлось отражать угрозы американских агентов влияния внутри России, делавших ставку на ее регионализацию под видом федерализации, ослабление президентской вертикали под видом демократизации, перевод в международную юрисдикцию месторождений углеводородов путём втягивания России в энергетическую хартию и соглашения о разделе продукции. Борьба за восстановление национального суверенитета в условиях постъельцинской России велась В. В. Путиным фактически на два фронта. При этом, в силу очевидной жизненной важности, внутренний фронт имел намного больший приоритет. Только в конце своего второго президентского срока Президент России овладел инициативой на внешнем фронте, объединив в евразийском интеграционном проекте оставшихся ближайших союзников — Белоруссию и Казахстан. В то время участие Киргизии было уже отягощено её членством в ВТО, члены которого могли существенно осложнить создание Таможенного союза. В свою очередь, без Киргизии было затруднено участие в Таможенном союзе Таджикистана, не имеющего общей границы с формирующейся единой таможенной территорией.
Через семь лет после подписания Договора об учреждении ЕврАзЭС в октябре 2007 года в Душанбе главами трёх из пяти государств был принят Договор о создании единой таможенной территории и формировании Таможенного союза и утверждён План действий на 2008–2010 годы по формированию Таможенного союза в рамках Евразийского экономического сообщества. Эти документы определили стратегию и последовательность шагов по созданию Таможенного союза Беларуси, Казахстана и России, которые были совершены в установленные сроки — с 2011 года заработала Единая таможенная территория, а с 2012 года совершён переход к формированию ЕЭП.
Хотя формирование Таможенного союза в рамках ЕврАзЭС никак не было связано с реакцией на глобальный кризис, его развёртывание объективно способствовало углублению интеграции. В феврале 2009 г. главы государств приняли решение о создании Антикризисного фонда и образовании Центра высоких технологий ЕврАзЭС. Были запущены межгосударственные целевые программы в сфере электронных и инновационных биотехнологий, способствующие формированию заделов модернизации экономики на основе нового технологического уклада. Разработан и реализован совместный план антикризисных мер. Всё это способствовало укреплению доверия между государствами ЕврАзЭС, отладке совместных действий и углублению интеграции.
Глобальный кризис в определённой степени отвлёк внимание геополитических оппонентов от интеграционных процессов на постсоветском пространстве. Они исходили из того, что следование российского руководства догме о приоритетности ВТО надолго их заблокировало. Только после решения глав правительств трёх государств-членов уже образованного Таможенного союза 9 июня 2009 года о прекращении сепаратных переговоров о присоединении к ВТО и формировании единой переговорной делегации страны НАТО поняли серьёзность этих намерений. Посла ЕС в Москве Франко даже отозвали из-за того, что он просмотрел прорыв в процессе евразийской интеграции и переход правительств России, Белоруссии и Казахстана к самостоятельной внешней политике исходя из общих интеграционных интересов без оглядки на догмат о приоритетном вступлении в ВТО.
Попытки остановить процесс евразийской интеграции предпринимались и после этого. На самых высоких уровнях вновь поднималась тема приоритетности вступления в ВТО. Несколько серьёзных провокаций были организованы в российских СМИ против президента Белоруссии А. Лукашенко, включая заявления представителей творческой интеллигенции против делегирования национального суверенитета наднациональному органу. Однако никакие интриги по срыву процесса интеграции не могли изменить решимости В. Путина, Н. Назарбаева и А. Лукашенко довести его до конца.
К концу 2011 года были реализованы все планы и выполнены все основные мероприятия по обеспечению создания и функционирования Таможенного союза, формированию его договорно-правовой базы и институциональной структуры, единой системы внешнеторгового тарифного, нетарифного и таможенного регулирования, ведению согласованной политики в области технического регулирования, применению санитарных, ветеринарных и фитосанитарных мер.
Успешная работа по созданию Таможенного союза дала возможность президентам Беларуси, Казахстана и России принять в Минске 27 ноября 2009 года историческое решение — не дожидаясь окончательного завершения строительства Таможенного союза перейти к следующей, более высокой ступени интеграции на пространстве ЕврАзЭС — формированию Единого экономического пространства (ЕЭП). На внеочередной встрече в г. Алматы 19 декабря 2009 года главы трёх государств утвердили План действий по формированию ЕЭП, который предусматривал разработку и подписание в течение двух лет, к 1 января 2012 года, пакета международных договоров, обеспечивающих создание ЕЭП.
Образование Таможенного союза России, Беларуси и Казахстана означает создание общего рынка товаров с классическими эффектами увеличения масштаба и разнообразия, что способствует повышению эффективности и росту экономического потенциала стран-членов. Как показывают расчёты (Комплексная оценка макроэкономического эффекта различных форм глубокого экономического сотрудничества Украины со странами Таможенного союза и Единого экономического пространства в рамках ЕврАзЭС. Институт народнохозяйственного прогнозирования, 2013 г.), создание ЕЭП в составе трёх стран дает суммарный интеграционный эффект к 2030 году свыше 750 млрд долл. США в ценах 2011 года, что соответствует дополнительному приросту ВВП каждого из государств-членов на 15–17 %. Объём ВВП к 2030 году оказывается на 7 % выше по сравнению со сценарием отсутствия интеграции.
