Низложили и патриарха Игнатия. На его место церковный собор нарек Филарета Романова. Однако Шуйский не доверял ему, как конкуренту, и провернул хитрую интригу. Для пущего разоблачения самозванца добился канонизации царевича Дмитрия Углицкого, Филарет был отправлен за мощами, а в его отсутствие царь настроил против него духовенство и добился переизбрания. Причем ставленник Шуйского митрополит Крутицкий Пафнутий тоже не прошел, и патриархом стал выходец из донских казаков и строгий ревнитель веры Казанский митрополит Гермоген, который даже в царствование Лжедмитрия был одним из самых ярых его обличителей. Перед крымским ханом извинились, пояснив, что его обидчик уже наказан. Но опасались, что в отместку за свержение «вора» и избиение поляков в Москве начнет войну Сигизмунд. Поэтому из нескольких тысяч гостей и служащих самозванца, уцелевших после переворота, отпустили на родину лишь простолюдинов, а всех дворян оставили в качестве заложников, дав им хорошее содержание, но разместив под надзором по разным городам. В нарушение дипломатического этикета Шуйский задержал даже находившееся в Москве польское посольство во главе с Гонсевским.
Хотя подобные опасения были совершенно неосновательными. Польше самой приходилось туго. Она начала войну со Швецией, захватив у нее в Ливонии г. Пернов (Пярну). А в это время запорожцы со своим гетманом Сагайдачным совершили несколько удачных рейдов, разграбив Варну и Кафу. Турция разозлилась, объявила войну Речи Посполитой. Основные силы Порты были все еще связаны борьбой с Ираном, армию против поляков она послала недостаточную, и ее отбили. Но внутри Польши недовольство шляхты политикой короля достигло критической точки, и краковский воевода Зебжидовский поднял «рокош». Это тоже входило в число здешних «свобод» — если часть дворян недовольна монархом, то почему бы им не составить «конфедерацию» и не выступить против него с оружием? Страну охватила гражданская война.
А вот действительную опасность Шуйский проглядел. Его избрание только Думой и Москвой провинцию возмутило. Получалось — бояре убили «доброго царя» и посадили своего ставленника. Крестьяне и посадские преувеличенно связывали с «Дмитрием» надежды на лучшее, а Шуйский, хоть и частично, отменил прежние законы Годунова, даровав свободу вольным, насильно обращенным в холопы, но при этом увеличил срок сыска беглых крепостных до 15 лет. Служилые вспоминали щедрые пожалования Лжедмитрия при вступлении на престол — Василий был на такое не способен, найдя казну пустой. Забурлило казачество. А жители южного порубежья теперь опасались репрессий за бунт в пользу самозванца. Несколько раз вспыхивали волнения и в столице. И Шуйский стал освобождать ее от прежних приверженцев Лжедмитрия, рассылая их подальше. И многих… опять отправил в почетные ссылки на южные рубежи.
Одним из таких стал князь Шаховской, назначенный в Путивль. По дороге к нему присоединился клеврет «вора» Молчанов. Он был арестован, но сумел сбежать, да еще и прихватил печать «Дмитрия». Уже по пути они начали будоражить народ, Шаховской представлял Молчанова как «царя», вторично спасшегося от убийц. В Путивле первого самозванца хорошо знали, и Молчанов туда не поехал. Удрал в Польшу и занялся элементарным мошенничеством — собирал деньги якобы на войско, чтобы поляки отомстили «московитам» за избиение соплеменников, и неплохо жил на эти средства. Но Шаховской взбунтовал Путивль и начал рассылать воззвания от имени «Дмитрия». И опять заполыхало. На Рязанщине восстание возглавили братья Ляпуновы. В Ельце, где собирались воины для похода на татар, — сын боярский Истома Пашков. Царь направил туда большой отряд под командованием Воротынского. Ратников до последнего момента обманывали, говорили, что они идут против татар. А когда выяснилось, что драться предстоит со «своими», они растерялись. При атаке Пашкова многие стали разбегаться, и Воротынского разгромили. После этой победы восстания в порубежных городах пошли цепной реакцией — Оскол, Борисов, Ливны.
В Путивле же появился Иван Болотников. Он был служилым холопом князя Телятевского (т. е. служил в его персональной дружине), попал в плен к татарам, был продан в рабство на галеры. Его освободили в бою венецианцы. По дороге на родину он поучаствовал в польско-турецкой войне в составе украинских казаков, отличился, и один из отрядов выбрал его атаманом. Возвращаясь с казаками с войны, он заехал в Самбор, замок Мнишеков, где гостил Молчанов, которого Болотникову представили как «Дмитрия». Он воодушевил атамана борьбой за свое «правое» дело против изменников-бояр и дал грамоту, назначив воеводой. Набрав украинской вольницы, Болотников явился к Шаховскому, и приход человека, который лично видел «спасшегося царя», подлил масла в огонь. На Москву двинулись три рати. Болотников, к которому примыкала всякая рвань, наступал через Орел и Калугу. А дворянские ополчения Пашкова и Ляпунова — через Рязань.
Хотя многие в спасение «Дмитрия», конечно, не верили — важно было знамя, под которым действовать. Еще при жизни Лжедмитрия 300 терских казаков избрали на кругу «царевича Петра», потом появились еще один «Петр», «царевичи» Август, Иван, Лаврентий, Федор, Ерофей, Клементий, Савелий, Семен, Василий, Гаврила, Мартын… Большинство «царевичей» заметного вклада в историю не внесли, как появлялись, так и погибали, но бунт разгорался. Болотникова под Кромами встретило войско Юрия Трубецкого. И, не приняв боя, отступило — тут тоже многие воины разбегались или переходили к противнику. Восстали Тула, Кашира, Калуга, Можайск, Вязьма, Владимир, Астрахань. Нижний Новгород осадили взбунтовавшиеся мордовцы и черемисы. Банду, выступившую из Владимира, рассеял отряд стольника Дмитрия Пожарского. А брат царя Иван Шуйский разбил Болотникова на р. Угре.
Но вместо погибших к атаману стекались новые толпы. По его разумению, борьба с «изменой» верхов означала: кто был ничем, тот станет всем. И он распространял воззвание: «Вы все, боярские холопи, побивайте своих бояр, берите себе их жен и все достояние их, поместья и вотчины! Вы будете людьми знатными, и вы, которых называли шпынями и безыменными, убивайте гостей и торговых людей, делите меж собой их животы! Вы были последние — теперь получите боярства, окольничества, воеводства! Целуйте все крест законному государю Дмитрию Ивановичу!» Путь его орды сопровождался жуткими погромами. Истребляли дворян и зажиточных горожан, грабили, пускали по рукам жен и дочерей.
Молодой полководец Михаил Скопин-Шуйский, племянник царя, еще раз разгромил Болотникова, на р. Пахре. Но по другой дороге наступало войско Пашкова и Ляпуновых, взяло Коломну. И Шуйский перебросил племянника туда — против восставших дворян сосредотачивалась большая сборная рать под командованием Мстиславского и Воротынского. Пашков и Ляпунов оказались противниками более умелыми, атаковали царское войско у с. Троицкое и обратили в бегство. А перед Болотниковым дорога освободилась, его банды, обрастая разгулявшейся чернью, двинулись дальше. Под Москвой силы повстанцев соединились, достигая 20 тыс. Но… дворяне увидели, что вытворяют болотниковцы, и призадумались. А москвичи, не желая разграбления своего города, пошли на хитрость. Их делегация объявила, что столица сдастся без боя, если ей представят самого «Дмитрия».
Обрадованный Болотников слал гонцов в Путивль — пусть, мол, «царь» скорее приезжает, победа обеспечена. Никто не приехал. А Пашков и Ляпунов вступили в переговоры с царем. Шуйского они ненавидели, но поняли, что в данный момент болотниковцы представляют для страны куда большую опасность. В Москву прибывали подкрепления из Смоленска, Твери, с Двины. Главное командование царь поручил Скопину— Шуйскому. Узнав, что противник наращивает силы, Болотников 26 ноября 1606 г. пошел на штурм. Но Ляпуновы и Пашков перешли на сторону царя, объявив, что никакого «Дмитрия» на самом деле нет и никто его в глаза не видел. Повстанцев отбили, они встали укрепленным лагерем в Коломенском.
Скопин осадил их, окружил батареями и начал бомбардировку. Царь пробовал переманить на свою сторону и самого Болотникова, обещал службу и высокий чин, однако атаман отказался. После трехдневного артиллерийского обстрела его пестрое воинство вырвалось из лагеря и стало удирать на Серпухов. Их гнали и били. 4 тыс. казаков Беззубцева в деревне Заборье остановились, окружив себя укреплением из саней, и решили обороняться. Скопин счел опасным оставлять их в тылу и осадил табор, что дало возможность уйти остаткам болотниковцев. А Беззубцев предложил сдаться, если казакам гарантируют жизнь и примут на службу. Воевода согласился на такие условия. Этих казаков царь простил. Но остальных пленных, взятых в бою или во время бегства, вешали или, оглушив дубинами, «сажали в воду».
20-летний Скопин-Шуйский был пожалован в бояре.
