1 ноября 2006 года стало для бывшего полковника началом медленной и неотвратимой смерти. Однако он и не подозревал, что жить ему осталось чуть больше трех недель. Литвиненко волновало совсем другое. По некоторым сведениям, в последнее время у него возникли финансовые проблемы и он искал возможности заработать. Поэтому бывший полковник начал расследовать обстоятельства убийства журналистки Анны Политковской, с которой он якобы поддерживал дружеские отношения. Параллельно Литвиненко собирал досье по делу ЮКОСа для проживающего в Израиле Леонида Невзлина.
Литвиненко с самого утра распланировал, как проведет день. У него была назначена деловая встреча с двумя бизнесменами из России — Андреем Луговым и Дмитрием Ковтуном. Встреча должна была состояться в ресторане лондонской гостиницы «Millennium» и, по свидетельствам Лугового и Ковтуна, ни как не была связана с политикой. Литвиненко намеревался оказать бизнесменам посреднические услуги, познакомив их с британскими охранными фирмами (Луговой занимается этим бизнесом в России). В свое время Андрей Луговой возглавлял службу безопасности ОРТ, а до этого работал в ФСБ. Ковтун и вовсе отрицал свою причастность к спецслужбам, хотя западная пресса называла его бывшим сотрудником ФСБ.
По словам Лугового и Ковтуна, встреча прошла в деловом русле и они договорились увидеться утром 2 ноября, чтобы поехать в офис одной из охранных фирм. Но вечером 1 ноября Литвиненко позвонил, пожаловался на отравление и сказал, что не сможет завтра сопровождать бизнесменов.
Что же произошло в интервале между встречей в ресторане и вечерним звонком? Следствию удалось установить, что бывший чекист после беседы с Ковтуном и Луговым отправился еще на одну встречу — с итальянцем Марио Скарамеллой. Этот человек, называющий себя экспертом в области безопасности, известен тем, что на родине против него возбуждено пять уголовных дел. Позже, отвечая на вопросы следователей, Скарамелла рассказал, что он приехал обсудить с Литвиненко сведения о якобы готовящемся убийстве последнего, полученные от некоего информатора. По другой информации, итальянец передал Литвиненко документы о причастности российских спецслужб к убийству Политковской. Как бы то ни было, после разговора с итальянцем Литвиненко почувствовал сильное недомогание.
В течение двух дней бывший полковник пытался самостоятельно справиться с недугом, но 4 ноября 2006 года все же решил обратиться за помощью к медикам. После осмотра он был помещен в больницу лондонского района Барнет, но попытки врачей вылечить бывшего чекиста результатов не дали. Через две недели состояние Литвиненко резко ухудшилось, и его перевели в больницу University College Hospital, врачи которой предположили у пациента отравление радиоактивными элементами.
20 ноября Литвиненко стало еще хуже, и его перевели в отделение интенсивной терапии. В прессе появились фотографии бывшего полковника в больничной палате. Изможденного человека, у которого выпали почти все волосы, трудно было узнать. К этому времени стало ясно, что речь идет о серьезном отравлении, не имеющем ничего общего с некачественной пищей. Состоянием Литвиненко заинтересовалось антитеррористическое отделение Скотленд-Ярда, у сотрудников которого возникли подозрения, что бывшего чекиста отравили. В ночь на 23 ноября у Литвиненко случился обширный инфаркт, и вечером следующего дня он скончался. Скотленд-Ярд начал следствие по делу о смерти по неизвестной причине.
Известие о гибели Литвиненко породило множество вопросов. Что стало причиной его гибели? Был ли он отравлен, и если да, то по чьему указу? И каким образом яд (в тот момент еще не было установлено отравляющее вещество) попал в его организм? Врачи больницы, в которой бывший полковник провел свои последние дни, причину смерти назвать отказались. По британским законам, медики имеют право только на констатацию факта смерти, а ее причину определяет коронер, который затем сообщает о своих выводах присяжным. В конце концов причина гибели Литвиненко была установлена — и сразу же стала сенсацией. Оказалось, что бывший полковник ФСБ погиб не от таллия (эта версия появилась в прессе еще до его смерти), а от полония — чрезвычайно опасного радиоактивного изотопа.
При посмертном обследовании было установлено, что Литвиненко получил 10-кратную смертельную дозу полония-210. Но каким образом полоний попал в организм Литвиненко? По словам представителя британских спецслужб, такое количество полония-210 практически невозможно приобрести через Интернет или украсть из научной лаборатории, не привлекая внимания правоохранительных органов. Кроме того, полоний — не только чрезвычайно редкий, но и очень дорогой яд. Представители «United Nuclear Scientific Supplies» — американской компании, которая одна из немногих в мире имеет право легально продавать полоний-210 через Интернет, сообщили, что 10-кратная смертельная доза полония-210 обошлась бы покупателю в 10 миллионов долларов. Не слишком ли дорого заплатили убийцы? Ведь намного проще (и надежнее) было бы, к примеру, организовать несчастный случай! А ведь радиоактивное вещество надо еще провезти в Лондон, потом каким-то образом подмешать в пищу Литвиненко так, чтобы он этого не заметил. Напрашивается вывод: организаторы убийства хотели именно широкой огласки, иначе сработали бы намного тоньше и смерть Литвиненко ни у кого не вызвала бы подозрений.
Способ убийства Литвиненко поднял в Великобритании гораздо больший переполох, чем сам факт его смерти. Оказалось, что, несмотря на принятие жестких антитеррористических мер, по центру Лондона свободно перемещаются неизвестные лица с радиоактивным и сильно токсичным веществом, подвергая опасности заражения мирных граждан.
Все силы британской полиции и спецслужб были брошены на поиски «полониевого следа». Поиски эти начались с Лондона и практически сразу же увенчались успехом: следы полония были обнаружены в суши-баре «Itsu», где Литвиненко встречался со Скарамеллой, и в гостинице «Millennium», где проходили переговоры с Луговым и Ковтуном. Позже они обнаружились и во многих других местах: в офисе Березовского, в машине Ахмеда Закаева, в офисах двух охранных фирм, с которыми Литвиненко поддерживал контакты, в доме бывшего полковника и в больничной палате, где он умер. Найденных следов оказалось так много, что объяснить это можно было одним из двух способов: либо их оставил «фонящий» Литвиненко, либо его убийцы решили пустить следствие по ложному пути и намеренно запутали следы.
Следующий вопрос, который предстояло выяснить британским сыщикам, был не менее сложен: как полоний попал в Великобританию? В разработку были взяты Луговой, Ковтун и Скарамелла. Итальянец прошел обследование в лондонской клинике. Медики нашли в его организме незначительное содержание полония. Оба россиянина прошли аналогичные обследования в одной из московских больниц. Но данные об их состоянии здоровья до журналистов не дошли.
Для того чтобы проследить путь полония, британские специалисты обследовали самолеты, на которых летали Ковтун и Луговой. Следы полония были найдены в двух «боингах» авиакомпании «British Airways», на одном из которых предположительно летал Луговой. Кроме того, полоний был обнаружен в Гамбурге и его окрестностях. Эти следы, как полагают, были оставлены Ковтуном, который останавливался в Германии у своей бывшей жены. Но новые данные так и не смогли дать ответ на вопрос: когда Ковтун оставил радиоактивный след — по пути из Лондона или из Москвы?
Предположения о российском происхождении полония появились одновременно с обвинениями российских спецслужб в отравлении Литвиненко. Но в «Росатоме» заявили, что весь производящийся в России полоний поставляется для промышленных целей в США. Тем не менее в рамках разработки российского следа в Москву прибыла бригада следователей Скотленд-Ярда, намеревавшихся допросить Лугового, Ковтуна и их приятеля Соколенко, оказавшегося (как он уверяет, случайно) в то же время в той же гостинице, где происходила их встреча с Литвиненко.
Михаил Трепашкин, бывший офицер ФСБ и участник пресс-конференции, на которой говорилось о попытке убийства Березовского, намеревался обсудить с британскими следователями причины отравления Литвиненко. Однако генпрокурор Юрий Чайка отказался включить встречу с ним в программу британских следователей, так как во время визита следователей Трепашкин отбывал наказание в одной из уральских колоний за разглашение государственной тайны.
Пребывание сыщиков Скотленд-Ярда в Москве проходило под тщательным присмотром Генпрокуратуры. Примечательно, что она возбудила уголовное дело по факту убийства Литвиненко, тем самым признав его смерть насильственной. В связи с этим российские следователи решили нанести ответный визит в Лондон и допросить Березовского и Закаева, выдачи которых уже который год тщетно добивается Генпрокуратура.