Под влиянием Патриарха 1 октября 1653 года Земский Собор решил, «чтоб великий государь царь и великий князь Алексей Михайлович всея Ру-сии изволил того гетмана Богдана Хмельницкого и все Войско Запорожское с городами их и с землями принять под свою государскую высокую руку».
Тогда же боярин Василий Бутурлин был направлен в Переяславль (встречается и написание Переяслав). В этом городе должны были собраться представители всех слоев малорусского народа на Раду. По всему пути русских послов встречали хлебом-солью. Наконец, 8 января 1654 года была собрана рада, которую Богдан открыл словами: «Вот уже шесть лет живем мы без государя, в беспрестанных бранях и кровопролитиях с гонителями и врагами нашими, хотящими искоренить церковь Божию, дабы имя русское не поминалось в земле нашей.» Затем гетман предложил народу выбрать себе монарха из числа владык четырех соседних стран: Польши, Турции, Крымского ханства и Московского царства. Народ в ответ закричал: «Волим (то есть желаем) под царя московского»! Переяславский полковник Павел Тетеря стал обходить круг, спрашивая: «Все ли так соизволяете?» Собравшиеся отвечали: «Все единодушно!»
Впрочем, среди казачьей старшины были и противники присоединения к Москве. Наиболее яркими из них были Богун и Сирко, не желавшие подчиняться какой-либо централизованной власти вообще. Кроме того, была среди казацкой старшины и партия, которая считала, что пока они в силе, надо договориться с королем и вернуться в лоно Речи Посполитой. Тем более что в Московском царстве дворянство не имело и сотой части тех прав и вольностей, которыми обладала польская шляхта. Но выступить открыто против царя означало быть растерзанными многими тысячами простонародья. Ведь что означало воссоединение с Московским царством для простого казака? Этот значило, что как только из-за пригорка со свистом и криками «Алла!» появятся татары и атаман скомандует: «К бою!», плечом к плечу с казаками станут государевы ратные люди. И степняки, кроме казачьих пик, испытают на себе убийственный огонь московских стрельцов и драгунские сабли. Кто из простых казаков будет возражать против такого? А вот для гетмана и старшины это означало, что к ним будет приезжать боярин и проверять, куда тратятся государственные средства. Кроме того, любой казак, обиженный старшиной, сможет пожаловаться в Москву на несправедливость, и даже гетману придется держать ответ перед царскими посланцами. Признание власти царя означало ограничение своеволия старшины законом. Так что Хмельницкий и его окружение шли в московское подданство без энтузиазма. Не зря же они пытались получить от царя подтверждение своих привилегий и прав собственности. Старшина даже попыталась потребовать, чтобы и царь, по примеру польских королей, присягнул им. На это Бутурлин жестко заявил, что такого «николи не бывало и впредь не будет!», и казаки как новые подданные должны были безоговорочно присягнуть на верность царю и впредь во всем подчиняться царской воле. Для русских людей сама возможность о чем-то предварительно договариваться с царем, тем более требовать от него что-либо, казалась кощунственной. Подданный обязан был служить, не ожидая наград, а царь мог по своей милости одарить его за труд. Подчеркну, мог, но вовсе не был обязан. Это была особенность Московского царства. На западе земли дворянам давали в качестве платы за службу, на Руси князь, а затем царь жаловали своих слуг для того, чтоб они могли служить. В Польше король обязан был отчитываться перед Сеймом, и любой, даже самый худородный, шляхтич мог оспорить королевскую волю. В Московском государстве царь, будучи самодержавным владыкой, отвечал за свои действия только перед Богом. В Речи Посполитой король был по своей сути наемным менеджером, на Руси же царь был отцом и хозяином.
Естественно, казачья верхушка согласилась признать суверенитет русского царя только из страха перед простым народом, который они привыкли презрительно именовать чернью, опасаясь утраты власти над крестьянами, уже давно видевшими в запорожском войске не защитников, а обычных «панов», готовых к тому же в любой момент продать своих соплеменников в татарский плен. В Переяславе наши предки перед Крестом и Евангелием дали клятвенное обещание верности Российскому самодержцу, царю Алексею Михайловичу. Государю присягали не как некой отвлеченной личности, но именно как символу русской государственности. Присяга была принесена навечно, за себя и за все последующие поколения.
Еще в течение нескольких месяцев царские бояре с казачьей старшиной объезжали все малороссийские города, объявляя населению о решении Собора, и предлагали присягнуть Государю Алексею Михайловичу. Отказавшимся объявляли, что они люди вольные и могут, забрав свое имущество, перейти на польские земли. По своему представительскому составу Переяславская Рада была самым легитимным собранием за всю историю Малороссии. Ни выборы гетманов, осуществлявшиеся лишь горсткой казачьей верхушки, ни пресловутая центральная Рада, созванная в 1917 году жалкой кучкой самозванцев, не могут сравниться с полнотой народного представительства в Переяславле.
После Переяславской Рады царь удовлетворил практически все поступившие к нему просьбы. Казачество было сохранено, а его реестр расширился до шестидесяти тысяч человек; города сохраняли Магдебургское право; духовенству и шляхте были подтверждены права на все бывшие под их властью имения; налоги, собираемые в Малороссии, оставались в ведении гетмана.
Переход Малороссии в 1654 году под «высокую руку» царя имел решающее значение для хода войны. С таким мощным союзником малороссам уже не угрожала полная или даже частичная реставрация польской власти. Зато на место противоречиям между польской шляхтой и абсолютным большинством народа пришли другие — между низшими слоями общества и новой казачьей элитой. Эту новую элиту, которая пришла на место польско-шляхетской, составили сам гетман и верные ему казацкие старшины. Сначала старшина требовала „послушенства" (выполнения натуральных повинностей) по отношению к православным монастырям от их бывших посполитых (крепостных). Затем начали предъявляться требования „послушенства" по отношению к старшине, но не персонально а „на ранг", то есть население должно было выполнять известные повинности по отношению к полковникам, сотникам, есаулам (пока они занимали эти должности, которые были выборными). Провести строгую грань между „послушенством на ранг” и „послушенством" чисто персональным было нелегко, и на этой почве сразу же начались злоупотребления. Сохранилось немало жалоб на то, что отдельные старшины „послушенство на ранг" превращают в „послушенство" персональное.
После изгнания польской администрации и шляхты под контролем казаков оказались огромные, достаточно населенные земли Малороссии и частично Белой Руси. Неизбежно перед Хмельницким встал вопрос: как этим всем управлять и из кого набирать администрацию? В результате вся подконтрольная гетману территория была разделена на административно-территориальные единицы, получившие название «полк», поскольку местные жители должны были содержать расквартированный тут казачий полк. Сами казаки жили на территории полка, многие имели свои хутора и даже имения и обязаны были выступить в поход по первому требованию. При необходимости полк мог пополняться за счет местного населения. Руководила и военным, и территориальным полками выборная «старшина» как, правило, состоявшая из числа старых казаков или шляхтичей. Полк состоял из «сотен», число которых колебалось в зависимости от численности жителей полковых земель. Как и в случае с полком, сотней называли и территорию и выставляемый с нее отряд. Как и полковники, сотники обладали всей полнотой военной и гражданской власти. Число полков в разное время колебались, но само полковое устройство просуществовало больше ста лет. Официально все это гетманское квази-государственное образование со столицей в Чигирине называлось Войско Запорожское, а неформально — Гетмащина.
Богдан предпринял немало усилий, чтобы сделать своих военачальников крупными землевладельцами. При этом Хмельницкий не забыл, естественно, и про себя. Присоединив к своему хутору Субботову владения польских магнатов Потоцких и Конецпольских, гетман стал одним из самых богатых людей своего времени.
Быстро ощутив себя хозяевами положения, казацкая старшина начала терзать казацкие низы и крестьян различными поборами, что не могло не привести к очередному росту оппозиционных настроений, которые особенно усилились в конце 1656 — начале 1657 гг. Центром антигетманской оппозиции стала тогда Запорожская Сечь. Мятежные запорожцы собирались организовать поход «на Чигирин, на гетмана, на писаря, на полковников и на всякую другую старшину.» Однако весной 1657 года войска Хмельницкого подавили и это восстание, казнив всех его руководителей. Это была последняя карательная акция гетмана Богдана Хмельницкого, так как через три месяца он скончался.
