Англичане имели слишком мало кораблей, чтобы организовать большое число эскортных групп, или вести атаки долгое время. К 26 сентября 1939 они однако заявили, что вскоре все британские суда получат вооружение. Также англичане создали не слишком надежную систему воздушного поиска. Обычно британские самолеты вынуждали лодку временно погрузиться. Действия англичан создали такую ситуацию, в которой немцы почти не могли выполнять положения призового права.
Так как Германия имела мало океанских подводных лодок, ее флот с самого начала начал использовать надводные корабли для постановки мин. Эсминцы и другие корабли ставили оборонительные заграждения вдоль побережья Германии, а подводные лодки минировали подходы к британским портам. Надводные корабли ставили смешанные заграждения из якорных контактных и донных магнитных мин. Контактная мина устанавливалась на определенной глубине и взрывалась, когда корабль налетал на нее. Трос, связывающий мину с якорем, был самым слабым местом в конструкции, так как тральное приспособление подсекало его и освобождало мину. Всплывшая мина уничтожилась артогнем. Донная магнитная мина покоилась на дне и взрывалась, когда стальной корпус корабля вносил искажения в магнитное поле Земли. Ударная волна взрыва, как предполагалось, должна была разрушить корму корабля. Донные магнитные мины были особенно эффективны, и немцы надеялись, что англичане не скоро найдут способ борьбы с ними.
Так как надежда Гитлера поладить с Францией быстро рассеялась, начиная с 23 сентября началось минирование французских вод. Редер настаивал на постановках мин с самолетов, хотя мин пока было маловато. В ноябре Люфтваффе неохотно совершили ряд вылетов. И еще раз летчики оказались правы: постановки с воздуха были неточными, и англичане обнаружили 2 мины на отмелях Темзы. Когда в 1940 году было готово большое количество авиационных магнитных мин, англичане уже создали методы из траления.
В общем минная война, которая теперь стала практиковаться постоянно, была в первые 6 месяцев войны очень успешна. Несмотря на безразличие Люфтваффе и ограниченные возможности малых подводных лодок (которые могли нести только по 6 — 8 мин) англичане потеряли 114 торговых судов водоизмещением почти 400000 тонн плюс 2 эсминца и 15 тральщиков. Линкор "Нельсон", 2 крейсера и 2 эсминца были повреждены. Косвенные результаты тоже оказались значительными, так как англичанам пришлось привлечь к расчистке заграждений много потенциальных кораблей сопровождения. Кроме того нейтральные страны в определенной мере снизили объем торговли с Англией из-за минной опасности. Англичанам даже пришлось по этой причине временно закрыть порт Ливерпуль. Немцы потеряли 2 подводные лодки и 2 эсминца, потопленные по ошибке собственными самолетами. Британская подводная лодка "Салмон" повредила 2 легких крейсера, когда они прикрывали выход на минные постановки 5 эсминцев. Эти потери были крайне умеренными. Анализируя операции, Морское Верховное Командование было огорчено лишь неспособностью Люфтваффе добиться больших результатов, особенно в отдаленных районах, которых не могли достичь надводные корабли.
Перед началом войны в море были отправлены все наличные подводные лодки. 3 сентября они получили по радио приказ о начале военных действий. Капитан-лейтенант Фриц-Людвиг Лемп на U-30, как и командир остальных лодок, развернутых в Атлантике, в первый день войны не видел никаких целей. Но после заката появился корабль. Он был затемнен и шел зигзагом, держась в стороне от обычных маршрутов. Лемп опознал его как британский вспомогательный крейсер — большой пассажирский корабль, получивший вооружение и используемый для патрульной или эскортной работы. Лемп вышел в атаку. Только после того, как первая торпеда попала в цель, ему открылась истина. Атакованный пассажирский лайнер "Атения", имевший на борту более 400 человек, начал посылать сигналы SOS. 4 корабля, в том числе 2 эсминца, немедленно откликнулись на призыв. U-30 поспешила прочь, даже не сообщив об атаке, так как Лемп не хотел нарушать радиомолчание. Находившийся не слишком далеко германский лайнер "Бремен" слышал этот SOS. Пытаясь спасти людей с "Атении", он тоже мог стать жертвой. Поэтому тяжелая реальность войны заставила его следовать прежним курсом, чтобы оказаться подальше от места происшествия. Пока собирались корабли-спасатели, нос "Атении" задрался вверх, и лайнер скрылся в волнах Атлантики. Вместе с ним погибли 120 человек, в том числе женщины и дети.
"Зверство!" — завопила пресса союзников. "Провокация Черчилля!" — отвечал доктор Иозеф Геббельс. Он утверждал, что англичане сами потопили "Атению", чтобы вызвать заново разговоры о "гуннской жестокости", так же как во время Первой Мировой войны родились россказни о "бельгийских погромах". Сначала Редер и Дениц ничего не знали. Гитлер отреагировал немедленно, он приказал не атаковать пассажирские лайнеры ни при каких обстоятельствах.
U-30 вернулась в базу в конце сентября. Только тогда Дениц узнал правду — но Геббельса уже нельзя было унять. Вместо благородного признания собственной ошибки он продолжал отстаивать шитую белыми нитками версию "провокации". Более того, чтобы получше замести следы, Дениц приказал вырезать страницу из бортового журнала U-30. Однако с нее было снято 8 копий.
Инцидент с "Атенией" стал первым в цепи событий войны внутри войны: серии заявлений и опровержений, обвинений и контробвинений, действий и репрессалий. Хотя союзники и не ожидали такого, германский флот начал войну строго придерживаясь положений призового права, записанных в Лондонском протоколе о подводной войне от 1936 года. Этот протокол требовал от подводной лодки соблюдать те же самые правила, которые ограничивали действия надводных кораблей. Они должны были остановить торговое судно и обыскать его, даже если это судно и было вооружено. Только в случае сопротивления подводная лодка могла отбросить все правила и не заботиться о безопасности пассажиров и экипажа. По этому протоколу спасательные шлюпки не гарантировали безопасности людей, если только рядом не находилось другое судно или события происходили вблизи от берега.
Теоретически такие правила могли дать англичанам некоторый выигрыш времени, если бы немцы рвались соблюдать их. Но военная необходимость быстро разнесла в клочья любые ограничения. Теоретически по тому же протоколу англичане не имели права вооружать торговые суда. Они могли продолжать посылать одиночные невооруженные суда через Атлантику, заявив, что те совершают переход на свой страх и риск. Ведь после досмотра и снятия экипажа их могут потопить.
Англичане, естественно, во всем обвиняли немцев, особенно после потопления "Атении". Более того, рискованность подобных действий в принципе была неоправданно высока. Англичане задолго до начала войны запланировали вооружение торговых судов и приказали им использовать свои рации не только для вызова судов на помощь экипажу, но и для сообщений военным кораблям, которые могли бы атаковать подводную лодку. Наличие орудий на торговых судах вынудило командиров подводных лодок самих решать, как будут использоваться эти орудия — для обороны или атаки, то есть до или после того, как подводная лодка предпримет какие-то действия. Принять подобное решение, стоя на качающейся, заливаемой волнами рубке уязвимой подводной лодки очень трудно. Англичане считали использование радио исключительно оборонительными действиями. Но командиры-подводники считали радиомолчание абсолютной гарантией собственной безопасности. Они полагали, что торговые суда использующие радио, становятся воюющей стороной, так как это помогает британской морской разведке — и были совершенно правы.
После приказа Гитлера "никаких пассажирских лайнеров" без предупреждения можно было топить: военные корабли; торговые суда, имеющие корабельное или воздушное прикрытие; суда, оказывающие любую форму сопротивления. Так как Гитлер все еще надеялся найти ту или иную форму политического соглашения с Францией и Англией после завершения польской кампании, он запретил подводным лодкам атаковать французские суда. Это было достаточно странно, так как в отношении британских судов ничего сказано не было. Немцы даже не останавливали французские суда, хотя они использовали радио, чтобы вызвать эсминцы, когда замечали подводную лодку. Действуя в условиях таких ограничений, те 8 или 9 лодок, которым в тот момент располагал Дениц, конечно же не могли нанести серьезного урона судоходству противника.
Через 2 дня после начала войны стало ясно, что никто не намерен соблюдать условия Лондонского протокола. 5 сентября капитан-лейтенант Герберт Шульце на U-48 остановил пароход "Ройял Скептр" выстрелом по курсу. Пароход немедленно начал вызывать помощь по радио и попытался удрать. Шульце остановил пароход выстрелом из 3.5" орудия, и большая часть экипажа спаслась. Однако радист продолжал посылать сигнал SSS (подводная лодка). Опасаясь повредить снарядами шлюпки, Шульце потопил пароход торпедой. Радист продолжал свою работу до конца и пошел на дно вместе с судном. Вскоре после этого Шульце остановил британский пароход "Браунинг" и приказал ему оказать помощь экипажу "Ройял Скептра" — к величайшему изумлению экипажа "Браунинга", который бросился по шлюпкам при первом же выстреле Шульце.
