Неизбежный крах Франции не привел к заметным изменениям в ситуации. Размер армии был сокращен на одну пятую, и кроме флота больше никто не думал всерьез о плане "Морской лев". Действия армии ни в коем случае нельзя было расценивать как серьезную подготовку, скорее это была симуляция работы, чтобы отрапортовать в случае получения директивы. Французы запросили перемирия, и наступил звездный час Черчилля, когда он произнес свою знаменитую речь 4 июня, которая, впрочем, не произвела большого впечатления на Гитлера. 20 июня Редер доложил Гитлеру о мерах, предпринятых флотов в ходе подготовки вторжения, однако Гитлер никак на это не отреагировал. Редер подчеркнул необходимость добиться господства в воздухе, однако нет никаких указаний, что данный вопрос обсуждался со штабом Люфтваффе. Штаб армии считал операцию практически невозможной, и не делал ничего. Единственным признаком интереса Гитлера стало его посещение Западного фронта в сопровождении соратников по Первой Мировой войне. Он посетил Париж, где приказал готовить парад победы. После этого он провел конец июня и начало июля в Шварцвальде, отдыхая от дел. 6 июля он торжественно вернулся в Берлин — но почти сразу отправился обратно в свое горное убежище, где мало занимался вопросами руководства войной. Похоже, что он считал войну закончившейся.
Именно в первую неделю июля армия и OKW впервые обратили внимание на план "Морской лев". Но было потрачено еще несколько недель, прежде чем 1 июля штабы армии и флота начали обсуждение технических сторон проблемы. Поскольку в основной директиве утверждалось, что необходимо достижение господства в воздухе, все конкретные задачи войскам ставились, исходя из этого предположения. От армии потребовали рассмотреть вопрос поддержки десанта береговой артиллерией и обеспечить точную информацию о силах англичан. Люфтваффе должны были оценить шансы на достижение господства в воздухе, надежность этого господства и значение выброски воздушных десантов. Флот был самым слабым из 3 видов вооруженных сил, однако ему предстояло решить самые важные задачи. Он должен был обеспечить высадку войск и подавление британской береговой обороны, оценить потребность в судах и их наличие, выбрать наилучшие морские маршруты для высадки на широком фронте от 25 до 40 механизированных дивизий. Даже на первый взгляд проблема была крайне сложной, так как в этот момент немцы не имели вообще никаких крупных кораблей, которые были крайне важны для прикрытия армады транспортов и десантных судов.
3 июля англичане подтвердили свою решимость сражаться до конца, атаковав французский флот в порту Оран. Британия серьезно готовилась к затяжной войне, уничтожая любые морские силы, которые потенциально могли оказаться в руках Гитлера. Удар был нанесен, несмотря на заверения французов, что их корабли никогда не попадут в руки немцев. Решение англичан атаковать своего бывшего союзника подтвердило, что они не считают "Морской лев" чисто академической проблемой.
Через неделю OKW известило флот, что остальные виды вооруженных сил располагают ограниченными возможностями. Определив "Морской лев", как в основном транспортную проблему, Штаб РВМ заявил, что район Дувра — это единственное возможное место для крупной высадки из-за необходимости прикрыть десант от атак с моря и воздуха. От армии и ВВС потребовали определить их оперативные планы, однако при этом подчеркнули географические ограничения. Всплыли все старые вопросы, начиная с нехватки разведданных до сомнений в эффективности стрельбы береговых орудий через пролив.
11 июня Геринг встретился с Гальдером. Он заявил, что уничтожит КВВС в течение месяца или меньше. Но Редер, на которого упала самая тяжелая часть проекта, выказал гораздо меньше оптимизма, когда в этот же день встретился с Гитлером. Он отстаивал усиление действий подводных лодок и авиации в рамках объявленной Гитлером "осады Британии". Редер также предложил заставить англичан в полной мере ощутить тяжесть войны, попытавшись сократить британский импорт, заминировав Темзы и нанося удары с воздуха по таким городам, как Лондон и Ливерпуль. Он полагал, что такие действия могут заставить англичан пойти на переговоры. "Морской лев" становился последним козырем, пускать в ход который не рекомендовалось. Он требовал господства в воздухе, очистки от мин фарватеров следования десантной армады и прикрытия их с флангов плотными минными заграждениями. Подготовка операции такого масштаба легла бы тяжелым бременем на экономику Германии, особенно на ее речной транспорт. Гитлер вроде бы согласился с Редером, упомянув свои любимые тяжелые орудия, и перешел к иным проблемам. Он все еще не мог оценить значения "Морского льва".
Гитлер обсуждал британскую проблему с армейскими лидерами спустя 2 дня. Он отметил упрямое нежелание Британии идти на мирные переговоры и запросил рекомендации. 15 июля OKW издало приказ, основываясь на рекомендациях армии, в котором требовало готовности к проведению операции "Морской лев", начиная с 15 августа. 16 июля была выпущена Директива 16, застигшая флот врасплох. Перед ним встали совершенно неожиданные проблемы сроков и размаха операции. Директива 16 несла ясный отпечаток армейского мышления и имела элемент неопределенности: уничтожение Британии, как базы для высадки противника в Германии, предполагалось только "в случае необходимости". "Морской лев" предусматривал внезапную высадку войск на широком фронте от Рамсгейта до бухты Лайм (200 миль), причем Люфтваффе должны были сыграть роль артиллерии, а флот — саперов. Предполагалось, что КВВС будут уничтожены, поэтому тральные и минно-заградительные операции станут возможными, а тяжелая береговая артиллерия будет прикрывать действия на море. Итальянцы должны были связать большую часть британского флота на Средиземном море. Флот Метрополии предполагалось в Северном море сделать объектом мощных бомбовых и торпедных ударов. Отдельным вопросом был захват острова Уайт или побережья Корнуолла, а также использование парашютистов. Снова никто решительно не высказался в пользу вторжения. Операция начала все больше и больше затягивать Редера, особенно потому что армия начала проявлять к ней неожиданный интерес, рассматривая ее как на форсирование очень широкой реки.
Через 3 дня Редер послал OKW меморандум, в котором излагал точку зрения флота на эту проблему. Это совпало по времени с выступлением Гитлера в рейхстаге, в котором он сделал весьма туманные предложения мира Британии. Положения этого меморандума обсуждались до осени и без малейшего толка. Сначала Редер рассматривал проблему чисто механически. Поврежденные порты, имеющие ограниченные возможности, непредсказуемая погода, быстрые течения, высокие приливы были крайне опасны для десантных судов на открытом побережье. Затем оценивались оборонительные возможности англичан. Полностью расчистить британские минные заграждения не представлялось возможным. А германские мины вряд ли остановят британский флот, который может изолировать первую волну десанта на английском берегу, несмотря на помощь германского флота. Способность Люфтваффе сломить сопротивление КВВС и подавить оборону без помощи доставленной морем тяжелой артиллерии выглядела сомнительной.
Несмотря на эти огромные трудности, Редер утверждал, что нельзя сделать окончательное заключение, пока не будет решена транспортная проблема. Дальнейшие комментарии Штаба РВМ утверждали, что англичане хорошо подготовились к отражению высадки, используя все свои морские, воздушные и сухопутные силы, и застигнуть их врасплох не удастся.
Несмотря на оптимизм армии и OKW, уже планировавших операции, исходя из захвата Англии, Гитлер оставался не уверен в значимости "Морского льва". 21 июля было проведено совещание с участием Редера, главнокомандующего армией фельдмаршала Вальтера фон Браухича и начальника штаба ВВС генерала Ганса Йешоннека. Гитлер заявил, что у Англии не осталась союзников, и окончание войны с ней хотя и желательно, но не является крайне необходимым. Гитлер охарактеризовал "Морской лев" как смелую операцию против решительно настроенного противника и упомянул вопросы, поставленные Редером. Однако но утверждал, что необходимо использовать 40 дивизий, если уже будет решено начать вторжение. Из-за плохой погоды осень в Ла Манше, он определил 1 сентября как конечный срок подготовки к операции, а 15 сентября как дату завершения битвы в воздухе и постановки минных заграждений. Был обсужден ряд вопросов, касающихся морской части операции. Однако совещание закончилось заявлением Гитлера, что если к 1 сентября подготовка операции не будет завершена, это помешает реализации иных планов.
В течение всего периода планирования "Морского льва" было заметно странное отношение Гитлера к Англии — смесь ненависти и восхищения. Он не понимал морской мощи и опасался ее силы. По этой причине, а также потому, что Англию населял народ, родственный немцам, он хотел заключить с ними союз. Однако в то же время над ним витал призрак еще одного блестящего триумфа — особенно, если победы можно будет достичь с малым риском.
