Все эти требования повстанческое руководство направило непосредственно в Москву и при их выполнении соглашалось сложить оружие и признать Советскую власть. Для "мирной ликвидации" восстания из Москвы прибыла правительственная делегация в составе члена ЦК ВКП(б) Кл.Николаевой, заместителя Председателя Совнаркома РСФСР Рискулова и других высоких сановников. Правительственная комиссия прибыла в Грозный и приступила к "мирным переговорам". Правительственная комиссия, в свою очередь, создала местную "мирную комиссию" в составе духовных авторитетов – Шамуддина-Хаджи, Султана-муллы, муллы Ахмат Тугаева, а из представителей областной власти туда вошли председатель областного исполнительного комитета Д.Арсанукаев, секретарь областного комитета ВКП(б) Хасман (старый московский большевик). Эта "мирная комиссия" была уполномочена правительственной комиссией для ведения непосредственных переговоров с руководством повстанцев. По поручению правительственной комиссии она выехала в один из центров повстанцев – Шали и заявила их главарям, что в происшедших событиях ответственность несут исключительно местные работники, действовавшие вопреки установкам партии и правительства, и что эти работники будут строго наказаны, как только повстанцы прекратят борьбу. Что же касается требований повстанцев о восстановлении статута автономии, то было оглашено обращение к чеченскому народу от имени правительственной комиссии, в котором говорилось, что "внутренние чеченские дела будет решать и впредь сам чеченский народ". Повстанцы признали эти объяснения удовлетворительными и согласились вернуться по домам в ожидании выполнения обещаний Советского правительства. Тут же была оглашена телеграмма от правительственной комиссии, что по ее распоряжению в Шали прибудет специальный отряд ГПУ для арестов и наказания всех виновных сельских и районных работников. Телеграмма дала повод для разных кривотолков. Но когда отряд прибыл и начались аресты именно среди местных советских работников успокоение наступило всеобщее. За три дня войска ГПУ, закончили свои операции среди советских работников, а к часу ночи четвертого дня окружили дом бывшего вождя повстанцев Шиты Истамулова. Шита, не ожидавший такого оборота дела, был застигнут врасплох. На ультиматум сдаться без боя, однако, Шита и его брат Хасан ответили огнем. Часть дома Шиты была объята пламенем, а Хасан тяжело ранен, когда к рассвету подоспела помощь: около сотни вооруженных всадников-чеченцев окружили самую часть войск ГПУ, обложившую дом Шиты. После какого-нибудь часа рукопашного боя отряд ГПУ, числом до 150 человек, был почти целиком уничтожен. Освобожденный своими друзьями Шита Истамулов призвал всех чеченцев к "священной войне" за восстановление "Имамата Шамиля" и изгнание "неверных" с Кавказа. Следуя этому призыву, вновь восстали Шали, Гойти, Беной.
Одновременно и почти независимо от чеченского вспыхнули под тем же национально-религиозным лозунгом восстания в Дагестане, Осетии, Кабарде (баксанаки), Балкарии и Карачае. Если и трудно установить организационную связь между этими горскими восстаниями, то их национально-идеологическая связь налицо: лозунги газавата ("священной войны") основоположников горской независимости – Мансура, Гамзат-Бека, Кази-муллы и Шамиля – были ведущими мотивами этих восстаний.
К этому времени (это было уже к середине декабря 1929 г.) к границам Чечни начали прибывать регулярные части Красной Армии. К концу декабря, под личным руководством командующего Северокавказским военным округом командарма 1 ранга Белова, в центры восстания были двинуты четыре дивизии пехоты, плюс 28-я стрелковая дивизия из Владикавказа, Владикавказское пехотное и Краснодарское кавалерийское училища, три артиллерийских дивизиона, два полка горных стрелков пограничной охраны, снятых с турецких и иранских границ. Кроме того, к операции были привлечены три эскадрона войск ГПУ – грозненский, владикавказский, махачкалинский – под командованием заместителя начальника краевого ГПУ Курского.
Концентрация такой солидной силы на относительно маленьком участке Шали – Гойти (население 150 тысяч человек) и отсутствие здесь каких-либо естественно-географических предпосылок для ведения оборонительной войны привели к тому, что к середине января 1930 года были взяты оба центра: Гойти после поголовного уничтожения штаба повстанцев во главе с Куриевым и Ахмат-муллой, а Шали – после организованного отступления сил Истамулова в горную Чечню.
Потери красных были велики: в гойтинских боях был уничтожен почти весь 82-й пехотный полк, а под Шали Белов потерял силы, превосходящие одну дивизию. В конце марта 1930 года Белов, получив свежие части из Закавказья, развернул большое горное наступление с задачей овладеть последним пунктом повстанцев – Беной. После двухмесячных тяжелых боев и больших жертв, в апреле 1930 года, Белов вошел в Беной, но в ауле не застал ни одного жителя: все они, включая женщин и детей, эвакуировались дальше в горные трущобы. Победитель Белов послал к повстанцам парламентеров с предложением почетного мира: всем, кто добровольио возвращался обратно в аул со сдачей оружия, объявлялась амнистия. Повстанцы ответили, что они вернутся обратно в свои аулы только тогда, когда Белов уйдет со своими войсками.
Тем временем в самой политике партии произошел крутой перелом – Сталин и ЦК пересмотрели обанкротившуюся политику партии в колхозном движении. Специальным решением ЦК ВКП(б) были осуждены "левые загибщики" в колхозном движении, колхозы были объявлены добровольными объединениями, и в национальных районах, как Чечня и Ингушетия, колхозы были вообще отменены как преждевременные. В национальных районах разрешалось организовывать только товарищества по совместной обработке земли, так называемые ТОЗы. Чеченское партийное руководство (Хасман, Журавлев, Арсанукаев) были сняты со своих постов как "левые загибщики". Из Чечни были отозваны войска с одновременным завозом туда огромного количества промышленных товаров по весьма низким ценам. Всем участникам восстания, в том числе и вождям восстания, была объявлена амнистия от имени центрального правительства.
Повстанцы вернулись в свои аулы. Вождь повстанцев, в прошлом бывший красный партизан, Шита Истамулов тоже вернулся в Шали. По указанию сверху Истамулов даже был назначен председателем Шалинского сельского потребительного общества (кооперация по промтоварам). Осенью 1931 года Истамулов был вызван к начальнику районного ГПУ Бакланову для вручения ему официального акта амнистии из Москвы. Вручая ему одной рукой акт, Бакланов из-под стойки другой рукой выпустил в него всю обойму из маузера. Тяжело раненный Истамулов успел насмерть заколоть кинжалом вероломного Бакланова. Наружная охрана добила Истамулова. Трупы Бакланова и Истамулова завернули в бурки и на машине ГПУ увезли в Грозный. Брат Истамулова Хасан организовал новую "банду", которая до 1935 года беспощадно мстила чекистам за убийство Шиты.
Убийство Шиты Истамулова было началом проведения в Чечне большой операции ГПУ по ликвидации "кулацко-контрреволюционных элементов и мулльско-националистических идеологов". По нормам, установленным Грозненским и Ростовским краевыми ГПУ и утвержденным Правительством СССР, было арестовано до 35 тысяч человек. Арестованные были осуждены специально созданной для этой цели чрезвычайной "тройкой" ГПУ под председательством его шефа Г.Крафта. Процент расстрелянных установить хотя бы приблизительно трудно, но на волю из них редко кто вернулся.
Еще в 1926 году были сняты председатель Чеченского ЦИК Т.Эльдарханов и его заместители Хамзатов и Шерипов. Их обвинили в связи с одним из видных политических деятелей – Али Митаевым, арестованным в 1923 году за подготовку чеченского восстания совместно с руководителями грузинского восстания. По аналогичным мотивам были сняты председатель Ингушского областного исполнительного комитета И.Мальсагов и секретарь обкома ВКП(б) И.Зязиков. На место снятого Зязикова секретарем Ингушского обкома ВКП(б) был назначен из Москвы русский – Черноглаз. Ингуши в этом назначении увидели нарушение своей автономии и направили в Москву делегацию с просьбой вернуть им обратно Зязикова. В Москве дали понять, что Зязиков был плохим коммунистом, а Черноглаз будет хорошим. Довод ингушей: "Лучше иметь свой плохой, чем чужой хороший",- остался без внимания. Вступление в должность Черноглаза ознаменовалось резким поворотом в политике областного руководства. Репрессии в деревне приняли масштаб и формы, ранее неслыханные. Черноглаз начал с того, что открыл прежде всего поход на религию и развернул борьбу против "реакционного духовенства". Во Владикавказе (Владикавказ был тогда общей столицей Осетии и Ингушетии) Черноглаз объявил об учреждении "областного союза безбожников Ингушетии". Пост почетного председателя этого "союза" Черноглаз принял на себя и в областной газете "Сердало" на ингушском языке дал директивы развернуть широкую кампанию по вербовке ингушей в этот "союз безбожников".