Крит стал победой немцев и одновременно победой воздушной мощи над морской. Ранее все острова захватывались не иначе, как десантом с моря. Теперь Люфтваффе одолели Королевский Флот и одержали дорогостоящую, но несомненную победу. Однако больше никогда и никто не пытался высадить воздушный десант на остров, прикрываемый большими силами флота противника.
Падение Крита поставило Александрию в пределы досягаемости немецкой авиации, однако немцы так и не воспользовались этой возможностью. Для них обладание Критом не стало первым шагом наступления на Суэц и далее в Среднюю Азию. Скорее, это был заключительный аккорд кампании на Балканах. Именно балканская кампания и вторжение на Крит вынудили Гитлера перенести начало вторжения в Россию с середины мая на конец июня. Но эта задержка сломала намеченный график наступления, и немцам пришлось столкнуться с ужасной русской зимой.
Еще до окончания боев на Крите немцы начали перебрасывать авиацию с греческих аэродромов на север, готовясь к русской кампании. Х авиакорпус, ранее направивший свои самолеты в Северную Африку для поддержки войск Роммеля, теперь покинул Сицилию, чтобы участвовать в боях в Эгейском море и на востоке Средиземного моря. Мальта получила передышку от непрерывных немецких воздушных атак. Английские эсминцы, подводные лодки и морская авиация снова начали использовать остров в качестве базы, что поставило под угрозу морские коммуникации Оси, идущие из Италии в Северную Африку. С июля 1941 года с Мальты начали действовать бомбардировщики Королевских ВВС, которые проводили дневные атаки итальянских конвоев. С этого момента и до самого конца войны ни один конвой не сумел пройти, не попав под удар англичан.
Обсуждение результатов боев за Крит и ситуации в Восточном Средиземноморье заставило поднять вопрос о реорганизации системы командования. Во время операции все немецкие силы на суше, на море и в воздухе были объединены под командованием генерала Люфтваффе. Его штаб находился в Афинах, в непосредственной близости от района боевых действий.
В отличие от простой и эффективной немецкой системы командования, английская была сложной и ненадежной. Армия и ВВС на Крите имели собственных командующих, которые были подчинены соответствующему командующему родом войск на Средневосточном театре, штаб которого находился в Египте. Командующий флотом (адмирал Каннингхэм) обычно находился на корабле. Все трое командующих родами войск на этом театре сносились через свои министерства в Лондоне с Военным кабинетом и получали распоряжения оттуда. Еще больше осложняло ситуацию то, что командующий новозеландскими войсками на Крите связывался со своим правительством в Веллингтоне, когда считал необходимым, и получал приказы оттуда. Наконец премьер-министр Уинстон Черчилль часто посылал директивы командующему войсками на Крите, когда считал, что его влияние и темперамент могут оказаться полезны.
Во второй половине 1940 года и весной 1941 года Северная Африка была единственным театром, где армии союзников (английские!) сражались с войсками Оси. Поэтому особенно возросло значение проводимых через Средиземное море конвоев. Уход Х авиакорпуса из Сицилии дал возможность спасти Мальту, а спасение Мальты обеспечило конечную победу союзников в Северной Африке.
Хотя немецкие воздушные налеты на Мальту прекратились, требовалось наладить снабжение острова, чтобы поддержать силы гарнизона и гражданского населения. Требовалось также отражать воздушные налеты итальянцев и продолжать действия против вражеского судоходства в центральной части Средиземного моря. С середины января до середины мая 1941 года англичане потеряли на Мальте 32 самолета в воздухе и столько же на земле. За этот же период немцы потеряли 62 самолета, а итальянцы – 15. Без авианосцев для обеспечения воздушного прикрытия и дальней разведки Средиземноморский флот не мог проводить транспорты из Александрии на Мальту, поэтому вся тяжесть снабжения острова легла на Соединение Н.
После утомительной охоты за «Бисмарком» ему дали отдохнуть до 13 июня. В этот день «Арк Ройял» и «Викториес» под прикрытием линейного крейсера и 6 эсминцев пошли на восток. Авианосцы имели на борту 48 истребителей «Харрикейн» Королевских ВВС для Мальты. 15 июня 4 двухмоторных бомбардировщика из Гибралтара встретили авианосцы в море и повели «Харрикейны» к Мальте. 3 истребителя были потеряны во время перелета, но остальные 45 стали желанным пополнением поредевших эскадрилий.
Оба авианосца благополучно вернулись в Гибралтар, а потом совершили короткий бросок в Атлантику, так как в очередной раз пролетел слух, будто 2 немецких корабля прорвались туда. Сообщение оказалось ложным. После возвращения в Гибралтар «Арк Ройял» был встречен «Фьюриесом», который передал ему еще 22 «Харрикейна» для Мальты. «Арк Ройял» вышел в море 26 июня и на следующий день поднял в воздух эти истребители. Все они, кроме одного, добрались до Мальты.
29 июня авианосец опять вышел в море, и на следующий день с него стартовали еще 26 «Харрикейнов», направившихся на Мальту. На сей раз вместе с Соединением Н вышел и «Фьюриес». Когда с него взлетал один из «Харрикейнов», самолет при разбеге занесло в сторону, и он врезался в островную надстройку. Истребитель взорвался, вызвав сильный пожар. Погибли 14 офицеров и матросов, в том числе несколько пилотов Королевских ВВС, ожидавших своей очереди взлетать. «Фьюриес» сумел отправить на Мальту только 9 «Харрикейнов» и был вынужден вернуться в Гибралтар, имея на борту еще 5 истребителей. В общей сложности 30 июня на остров перелетели 34 истребителя.
В течение месяца Королевский Флот трижды направлял авианосцы в центральную часть Средиземного моря. В ходе этих 3 операций они доставили на Мальту более 100 истребителей. Англичане не понесли никаких потерь от действий противника ни в кораблях, ни в самолетах. Однако топливо, боеприпасы, продовольствие и многое другое нельзя было доставить на Мальту по воздуху. Поэтому Соединение Н раз за разом выходило в море, сопровождая торговые суда и суда снабжения ВМФ на осажденный остров. В конце июля на Мальту были проведены 6 судов со снабжением, в начале августа – войсковой транспорт, в конце сентября – еще 8 торговых судов. Во время 2 сентябрьских операций «Арк Ройял» и «Фьюриес» перебросили на Мальту еще 51 «Харрикейн» Королевских ВВС. (В это время многомоторные бомбардировщики перелетали на Мальту прямо из Гибралтара.) После получения этих подкреплений наступательная мощь Мальты возросла настолько, что 25 сентября граф Чиано записал в своем дневнике:
«В действительности положение на Средиземном море мрачное и станет еще хуже из-за продолжающихся потерь в торговых судах. Ответственное морское руководство начало подумывать, а не отдать ли Ливию добровольно, прежде чем мы будем вынуждены сделать это из-за нехватки тоннажа».
Чтобы восполнить нехватку транспортов, Люфтваффе начали перевозку некоторых грузов из Италии в Северную Африку по воздуху, используя транспортную авиацию. Впрочем, вскоре германская транспортная авиация практически погибла в напрасных попытках организовать воздушный мост для снабжения окруженной в Сталинграде армии. Обсуждалась возможность переброски в Сицилию нового авиакорпуса, чтобы «нейтрализовать» Мальту и таким образом подготовить захват острова. Однако более тяжелые последствия имела переброска на Средиземное море немецких подводных лодок, которая была предпринята осенью 1941 года по настоянию Гитлера.
10 ноября началась обычная, по крайней мере, все так думали, операция по переброске истребителей на Мальту. Вечером этого дня Соединение Н снялось с якорей и вышло из Гибралтара. На древний «Аргус» и «Арк Ройял» были погружены 37 «Харрикейнов». На следующее утро небо над авианосцами оказалось чистым, и самолеты могли бы взлететь, однако бомбардировщики Королевских ВВС, которые должны были привести истребители на остров, стояли в Гибралтаре, прикованные к земле нелетной погодой. Итальянский самолет следил за соединением, но из-за того, что палубы авианосцев были забиты «Харрикейнами», они не могли поднять истребители, чтобы отогнать итальянца. На следующий день погода в западной части Средиземного моря улучшилась, и бомбардировщики сумели вылететь из Гибралтара. «Харрикейны» стартовали с авианосцев и полетели вслед за ними на Мальту. 3 истребителя разбились по дороге, но 34 благополучно сели на острове.
В тот же день Соединение Н повернуло обратно в Гибралтар, получив предупреждение, что по крайней мере одна немецкая подводная лодка патрулирует вблизи от этой базы. Рано утром 13 ноября один из эсминцев Соединения Н сообщил о подводном взрыве в его кильватерной струе. Этот взрыв мог быть преждевременным взрывом торпеды с подводной лодки. Перед рассветом с «Арк Ройяла» на поиски лодок взлетели 6 оснащенных радаром «Суордфишей», однако эти самолеты не обнаружили ни одной субмарины. В 9.55 эсминец донес о гидролокационном контакте, и соединение изменило курс, пока проводилась атака глубинными бомбами.
