В октябре 1939 года С. А. Бандера нелегально переходит немецко-советскую демаркационную линию и приезжает в Краков, оккупированный немцами.
Официальным Краевым Проводником ОУН на Западной Украине тогда была В. Тымчий-Лопачинский, полностью признававший авторитет С. А. Бандеры и его взгляды. Тогда же С. А. Бандера женился на Ярославе Оперсвской.
В конце 1939 года С.А. Бандера и В. Тымчий-Лопачинский ездили в Рим, в Италию для встречи с новым Проводником ОУН полковником А. Мельником для согласования политических разногласий. Договориться не удалось — произошел раскол ОУН на «мельниковцев» и «бандеровцев». Главным разногласием были отношения с Германией — А. Мельник хотел опереться на неё, С. А. Бандера категорически возражал. Были и другие серьезные причины. Дошло до того, что «мельниковский» трибунал вынес смертный приговор С.А. Бандере и нескольким его соратникам, однако даже не попытался когда-нибудь его выполнить.
Вернувшись в Краков С.А. Бандера и его соратники в феврале 1940 года создали Революционный Провод ОУН во главе со Степаном Бандерой. В апреле 1941 года Революционный Провод ОУН созвал II Большой Сбор ОУН, единогласно выбравший Проводником ОУН Степана Андреевича Бандеру.
РУН проводит организационную работу на украинских землях, создает походные группы ОУН для опережения немцев и объявляет об установлении Украинской власти на новых территориях, организует подполье, ведет освободительную борьбу. Перед начало Великой Отечественной войны С.А. Бандера создает Украинский Национальный комитет, консолидирующий все украинские силы для борьбы за государственность.
Против методов гитлеровцев необязательными обещаниями добиваться сотрудничества Украины для борьбы с большевиками, а выполнение обещаний откладывать до окончания войны, Степан Бандера выдвинул систему совершенных фактических действий, — собственной конкретной политикой и борьбой заставить Германию окончательно принять принцип суверенности, или преждевременно раскрыть свои империалистические цели и потерять симпатии и поддержку Украины и других народов, которые ждали от войны освобождения.
30 июня 1941 года, через неделю после нападения Германии на СССР, передвижные группы ОУН во Львове по радио провозгласили восстановление Украинской державы. Новая украинское правительство возглавил соратник С. А. Бандеры Ярослав Стецько. Почти тут же А. Гитлер поручил гестапо ликвидировать этот «сговор украинских самостийников». С.А. Бандеру пригласили на переговоры по делу о невмешательстве Германии в суверенные права Украинской державы и обманом арестовали. Они расстреляли или посадили в тюрьму тысячи украинских националистов. ОУН перешла в подполье и в 1942 году организовала Украинскую Повстанческую Армию — УПА.
С. А. Бандера полтора года просидел в Берлине в полицейской тюрьме, еще полтора года — концлагере Захсенхаузен. Осенью 1944 года он был освобожден — гитлеровцы безуспешно пытались сделать его союзником в войне против Советского Союза, зная его популярность на Украине. Немецкое предложение С. А. Бандера решительно отклонил и на сотрудников с фашистами не пошел.
Несмотря на то, что С. А. Бандера сидел в тюрьме, вся революционная борьба во время Второй мировой войны была связана с его именем. После его ареста некоторое время исполняющим обязанности Проводника ОУН был Николай Лебедь. На III Чрезвычайном Съезде ОУН в 1943 году было создано Бюро Провода ОУН из трех человек: Роман Шухевич, Ростислав Волошин и Дмитрий Маевский. После смерти последних двух ОУН фактически руководил Роман Шухович, поддерживающий связь с С. Бандерой через его жену Ярославу, которой давали свидания с мужем.
На Краевом Совете Провода ОУН на украинских землях в феврале 1945 года, который был объявлен как часть Большого Сбора ОУН, было выбрано Бюро Провода в составе: Степан Бандера, Роман Шухович, Ярослав Стецько. Зимой 1946 года в Мюнхене на расширенной конференции были созданы Заграничные Части ОУН также во главе со Степаном Бандерой. Эти выборы утвердила Конференция ЗЧ ОУН в 1947 году, на которой Степан Бандера вновь стал Председателем Провода всей ОУН.
В 1946 году при активном участии С. Бандеры для борьбы с Советским Союзом создается Антибольшевистский блок народов — АБН во главе с Я. Стецько. До последнего своего дня С.А. Бандера боролся против Москвы, организовывая связь Украиной и боевые группы ОУН.
Много времени и сил С.А. Бандера занимала политическая борьба в ОУН, в которой после войны постоянно действовала оппозиция, происходили конфликты и расколы. IV конференция ЗЧ ОУН в мае 1953 года снова выбрала С.А. Бандеру Председателем Провода ЗЧ ОУН. То же произошло и в 1955 году на V конференции ЗЧ ОУН. Особенное внимание С.А. Бандеры привлекала работа по организации территориальных органов, связь с Украиной и внешняя политика. О его роли в борьбе с Москвой говорит то, что для убийства С.А. Бандеры было послано последовательно 6 агентов и 7-му все-таки удалось убить вождя ОУН.
15 октября 1959 года Степан Андреевич Бандера, живший в Мюнхене, около часу дня вернулся домой с рынка на ул. Крайтмарштрассе, д. 7. он поставил свой старый Опель-капитан в гараж и своим ключом открыл двери в подъезд дома. Через несколько секунд раздался крик — С.А. Бандера упал на ступени лестницы, весь в крови. Он умер по дороге в больницу. Первым поставленным диагнозом был перелом основания черепа в результате падения. Однако позднее была проведена медицинская экспертиза, установившая, что в организме С.А. Бандеры — цианистый калий. Сомнений не было ни у кого, это — убийство. Сразу убийцу найти не удалось.
20 октября 1959 года С.А. Бандера был похоронен на кладбище Вальдфридгоф в Мюнхене. На похоронах присутствовали тысячи человек, делегации от ОУН из Австрии, Западной Германии, Франции, Испании, Бельгии, Голландии, Великобритании, Канады, США.
12 августа 1961 года в представительство американской полиции в Западном Берлине обратились мужчина и женщина. Они заявили, что их зовут Богдан Сташинский и Инга Поль и что они убежали из Восточного Берлина.
Позже на допросе Богдан Сташинский заявил, что он агент КГБ СССР и что именно он собственноручно убил в Мюнхене в 1957 году оуновца Льва Ребета, а в 1959 году — Проводника ОУН Степана Бандеру.
Суд над Б. Сташинским состоялся 8-19 октября 1962 года в Карлсбурге. Убийства были доказаны и обвиняемый получил 8 лет тюремного заключения. Богдан Сташинский родился 4 ноября 1931 года в селе Борщовичи Львовской области в сельской семье. Закончил десятилетку во Львове, во время учебы во Львовском педагогическом институте в 1950 году был завербован НКВД-КГБ. Два года, как член «специальной секретной группы» он занимался проникновением в повстанческие отряды, действовавшие на Западной Украине, пля последующей их ликвидации. В 1952–1954 годах учился в спецшколе КГБ в Киеве, учил немецкий язык.
С 1954 года Б. Сташинский находился в ГДР, с 1956 года — в ФРГ, в Мюнхене. Сначала в качестве связного, в потом — убийцы. 12 октября 1957 года в Мюнхене, у дома на Карспляц Б. Сташинский из специально сконструированного для этого пистолета, стрелявшего ампулами цианистого калия, убил видного теоретика ОУН Льва Ребера, которого нашли позднее мертвым на ступеньках дома. Причиной смерти была признана остановка сердца.
Летом 1959 года в Москве Б. Сташинский получил задание убить Степана Бандеру. Ему был передан уже модифицированный двуствольный пистолет, стрелявший ампуламис цианистым калием. После долгого наблюдения, выждав, когда С.А. Бандера окажется без телохранителя, 15 октября 1959 года на лестнице дома, где жил Проводник ОУН, выстрелом в упор Б. Сташинский убил лидера Организации Украинских Националистов и балгополучно улетел в Берлин. В декабре 1959 года Б. Сташинский был награжден орденом Красного Знамени, врученном ему лично Председателем КГБ Александром Шелепиным в Москве. Ему, вопреки всем инструкциям КГБ, разрешили жениться на Инге Поль, девушке-немке из Восточной Германии. Свадьба состоялась в апреле 1060 года в Восточном Берлине. Через месяц Б. Сташинского отозвали в Москву для дальнейшей учебы вместе с женой, которая весной 1961 года получила разрешение вернуться в Восточный Берлин, убедив мужа искать политического убежища на Западе.
С трудом, в связи со смертью родившегося сына, Б. Сташинского отпустили в Восточный Берлин на похороны ребенка. 12 августа ему с женой удалось, несмотря на охрану, уйти в Западный Берлин, где Б. Сташинский сдался властям. В связи с этим председатель КГБ А. Шелепин был уволен со своего поста.
Выступление на процессе в Карлсбурге дочери Степана Бандеры Натальи 15.10.1962 гВысокий суд!
Как раз сегодня исполняется три года, как мой отец умер по дороге в больницу. По свидетельству подсудимого, мой покойный отец был преступно убит с помощью отравленного оружия.