Штурм начался мощной артподготовкой, затем, в полдень, под прикрытием огневого вала в наступление пошли пехота, танки и самоходные орудия. Укрепления блокировались и уничтожались советскими штурмовыми группами с помощью танков, 122-мм орудий и огнеметов. Вот как запомнился штурм города генералу Ляшу: «Наша крепостная артиллерия, слабая и бедная снарядами, не могла ничего противопоставить этому огню и ни один немецкий истребитель не показывался в небе. Зенитные батареи были бессильны против тучи вражеских самолетов и к тому же им приходилось с трудом обороняться от танков противника. Все средства связи были сразу же уничтожены и лишь пешие связные пробирались на ощупь сквозь груды развалин к своим командным пунктам или позициям. Под градом снарядов солдаты и жители города забились в подвалы домов, скопившись там в страшной тесноте».
8 апреля Кёнигсберг был полностью окружен. Остатки гарнизона попытались прорваться на запад вместе с толпами беженцев вечером 8 апреля, но потерпели неудачу. Пробиться смогли лишь несколько штурмовых орудий и отдельные подразделения, насчитывавшие несколько сот человек.
В ночь на 10 апреля комендант Кёнигсберга генерал Отто Ляш капитулировал на условиях, гарантировавших жизнь солдатам и мирному населению и достойное обращение в плену. 10 апреля были ликвидированы последние очаги сопротивления.
Вот воспоминания одного из немецких офицеров о картинах, которые он наблюдал сразу после капитуляции, когда пленных гнали на сборный пункт: «В дома тащили плачущих, отбивавшихся девушек и женщин… Придорожные кюветы были полны трупов… Валялось множество мертвых детей. На деревьях болтались повешенные – с отрезанными ушами, выколотыми глазами… Горели хутора, на дороге валялся домашний скарб, кругом бегал скот, в него стреляли, убивая без разбора. До нас доносились крики взывающих о помощи».
25 апреля был взят Пиллау. Остатки немецких войск, отступившие на косу Фрише Нерунг, сдались 9 мая, в рамках общей капитуляции.
По официальным советским данным, потери Красной Армии в боях за Восточную Пруссию в период с 13 января по 25 апреля 1945 года составили 126,5 тыс. убитыми и пропавшими без вести и 458,3 тыс. ранеными и больными. Истинные безвозвратные потери были в несколько раз больше. Советские войска потеряли 3525 танков и самоходных артиллерийских установок, 1644 орудия и миномета и 1450 боевых самолетов. Достоверных данных о потерях вермахта в боях за Восточную Пруссию нет.
Главный миф Берлинской операции заключается в утверждении, что Красная Армия никак не могла взять Берлин еще в феврале 1945 года, сразу после завершения Висло-Одерской операции, и что Ставка была абсолютно права, когда отложила наступление на Берлин и предпочла сначала уничтожить группировку немецких войск в Восточной Померании.
Возможность взятия советскими войсками Берлина существовала сразу после завершения Висло-Одерской операции. Бывший командующий 8-й гвардейской армией маршал Василий Чуйков в послевоенных мемуарах утверждал, что Берлин можно было взять уже в феврале. Другие маршалы, особенно Жуков, в мемуарах эту возможность отрицали.
Чуйков утверждал, что наступление на Берлин было отменено во время совещания Жукова с командармами 4 февраля 1945 года. Позвонил Сталин и неожиданно для Жукова потребовал прекратить планирование Берлинской операции и начать планировать операцию против немецких войск в Восточной Померании. Если такое совещание и было, то только после 10 февраля. Именно этим днем помечен план Берлинской наступательной операции 1-го Белорусского фронта, доложенный Жуковым Сталину. Маршал утверждал, что противник «спешно перебрасывает с Западного фронта на берлинское направление 6-ю танковую армию СС общей численностью до шести танковых и до шести пехотных дивизий», и предлагал «сорвать оперативное сосредоточение противника, прорвать его оборону на западном берегу реки Одер и овладеть Берлином».
В целом это был тот же план, который 1-й Белорусский фронт реализовал в апреле, когда Сталин наконец дал добро на наступление на Берлин. Столицу Рейха предполагалось охватить с северо-запада и юго-запада, а затем уничтожить окруженную группировку концентрическими ударами со всех направлений. Для отражения возможного контрудара из Померании Жуков оставлял три армии, усиленные тремя корпусами. В заключение он отмечал, что войска будут готовы к переходу в наступление на Берлин 19–20 февраля. То, что предлагал Жуков, было оптимальным решением. Восточнее Берлина у немцев почти не было войск. С переброской соединений с Западного фронта они безнадежно опаздывали и никак не могли сосредоточить их на Одере к моменту начала планируемого наступления 1-го Белорусского фронта, тем более что 6-я танковая армия СС направлялась в Венгрию. Группировка же немецких войск в Померании значительно уступала по силам и средствам противостоявшим ей армиям 1-го и 2-го Белорусского фронтов.
Но как раз 10 февраля, когда Жуков представил план Берлинской операции, а Рокоссовский начал наступление в Восточной Померании, Сталин фактически отказался от немедленного взятия Берлина, перенацелив основные силы 2-го Белорусского фронта на Восточную Пруссию, а против восточнопомеранской группировки двинув, в свою очередь, часть сил 1-го Белорусского фронта. Но даже после поворота четырех армий Рокоссовского против восточнопрусской группировки немецкие войска в Померании оказались не в состоянии выделить достаточно сил для глубокого удара по тылам 1-го Белорусского фронта.
Тем не менее план наступления на Берлин был утвержден Сталиным, поскольку уже 13 февраля Жуков отдал директивы своим армиям на проведение Берлинской операции. Армейские планы наступления должны были быть готовы к 17 февраля, но точное время перехода в наступление не устанавливалось. Задачи армиям были расписаны на первые четыре дня операции. После этого предполагалось начать штурм Берлина. Однако после начала 16 февраля германского контрнаступления в Померании Сталин значительную часть войск 1-го Белорусского фронта повернул против померанской группировки противника. В ее состав входило всего 4 танковые и 2 пехотные дивизии, тогда как у Жукова одних только танковых армий было четыре. Кроме того, рано или поздно дивизии группировки, деблокировавшей окруженный гарнизон Арнсвальде, пришлось бы повернуть против 2-го Белорусского фронта, наступавшего в Восточной Померании. Никакой реальной угрозы немецкого прорыва в тыл 1-го Белорусского фронта не существовало. Еще 19 февраля и Жуков, и Ставка были уверены, что армии 1-го Белорусского фронта могут продолжать марш к Одеру и далее на Берлин. И только 22 февраля Ставкой было принято решение не позднее 1 марта повернуть против восточнопомеранской группировки основные силы правого крыла 1-го Белорусского фронта, отказавшись временно от наступления на Берлин. Это решение обосновывалось не сложившейся в Померании обстановкой, а угрозой переброски туда новых немецких сил как из Курляндии, так и с Западного фронта. Не исключено, что Сталина волновала 6-я танковая армия СС, которая как раз в это время перебрасывалась на Восточный фронт. Но она к тому времени уже атаковала гронский плацдарм, и трудно было ожидать ее появления в Померании или под Берлином.
Скорее всего Сталин опасался, что союзники высадят десанты в Померании и Восточной Пруссии, чтобы принять там капитуляцию немецких войск. Как раз 8—10 февраля началось и успешно развивалось наступление союзников к Рейну, завершившееся окружением основных германских сил на Западном фронте. Сталин не без оснований опасался, что англичанам и американцам, подписавшим Женевскую конвенцию об обращении с военнопленными, немцы будут сдаваться гораздо охотнее, чем советским войскам, никакими конвенциями не связанным и часто грешившим расправами над пленными. Поэтому и спешил занять и Восточную Пруссию, и Померанию, и даже Курляндию, хотя на самом деле у союзников не было даже планов оккупации этих территорий. Сталина могла особо беспокоить возможная высадка союзников в Померании, если немцы сумеют продержаться там до момента общей капитуляции. Ведь эта территория, согласно договоренности, достигнутой в Ялте, должна была быть передана Польше. Не исключено, что он опасался высадки там не только англо-американских войск, но и польского эмигрантского правительства со своей армией и создания в Польше реального двоевластия.
Гитлер до последнего момента не собирался оборонять Берлин, почему там и была сосредоточена довольно слабая группировка. Фюрер планировал перебраться в «Альпийскую крепость», куда и была эвакуирована уже часть правительства. Там он надеялся продержаться как можно дольше, в надежде, что Сталин и западные союзники перессорятся друг с другом. Поэтому на советско-германском фронте сильнейшей была действовавшая в Чехословакии группа армий «Центр», которая насчитывала миллион солдат и офицеров и должна была удерживать жизненно необходимые для «Альпийской крепости» промышленные районы. Но взятие советскими войсками Вены и вторжение американских войск в Баварию убедили Гитлера, что шансов отсидеться в «Альпийской крепости» нет. Поэтому уже после начала советского наступления на Берлин, 21 апреля, Гитлер решил остаться там, чтобы принять смерть в столице Рейха, а не в какой-нибудь безвестной альпийской деревушке. Об этом он говорил накануне самоубийства коменданту Берлина генералу Гельмуту Вейдлингу. Хотя еще 28 апреля мог покинуть Берлин, когда из города вылетел последний самолет с новым главкомом Люфтваффе фельдмаршалом Робертом фон Греймом.
