Произошел обмен военнопленными. Вернулся Шарнхорст, и его направили служить к генералу Лестоку, командующему специальным корпусом в Восточной Пруссии. Однако Шарнхорста назначили не начальником штаба, а военным «помощником» (Assistent), хотя до этого момента подобная должность без ясно очерченного круга обязанностей не была известна. Шарнхорст приобрел известность благодаря прекрасным личным качествам. Когда Беннигсен попытался приостановить продвижение французов в Эйлау, Шарнхорст выступил с прусским корпусом. Он провел войска сквозь буран и с фланга атаковал врага. Этот маневр решил исход битвы. Несмотря на серьезные потери, пруссаки и русские не отступили, но русский командующий не смог воспользоваться полученным преимуществом. Поражение при Фридланде летом 1807 года окончательно решило судьбу государства Гогенцоллернов. Русский царь оставил в беде прусского союзника и подписал Тильзитский мир. Большая часть прусской территории была оккупирована французскими войсками, а период оккупации был поставлен в зависимость от уплаты контрибуции, размеры которой не были определены.
Сложившееся положение было невероятно унизительным, но в то же время явилось поворотной точкой, послужило обновлению общественной атмосферы, а именно – появлению партий, до того момента беспрецедентного события в истории Пруссии. Их формирование имело скорее военно-бюрократическую, нежели политическую подоплеку, что было естественно для Пруссии. Вернувшись из плена, Массенбах, вместе с известным членом военного совета, Фредериком фон Колином, занял положение своего рода руководителя направления, критикующего систему, в отличие от тех, кто поддерживал нововведения, таких, как Шарнхорст, Бойен, Грольман, Клаузевиц и, в первую очередь, лейтенант-полковник фон Гнейзенау, создавший имя храброй защитой Кольберга.
Массенбаху было не дано почувствовать себя триумфатором в деле, с которым он в значительной степени, даже если и не всегда удачно, отождествлялся. Он рано вышел в отставку, навсегда покончив с военной карьерой. Массенбаха погубило собственное непостоянство. Даже возглавляя реформаторскую партию, клеветническими выпадами он в значительной степени наносил вред собственному делу. Его откровенно ненавидели за невыносимый догматизм. Кроме того, во время последней кампании его поведение явно не внушало доверия. Он отошел в тень истории. Патетическая фигура, которой потомки, возможно, не в полной мере воздали по заслугам за роль, правда, весьма незначительную, в планировании грандиозной системы.
Тем временем, хотя Наполеон настоял на увольнении из армии Гарденберга, группа реформаторов смогла заставить короля вернуть на службу Штейна. Это произошло в июле 1807 года, и в том же месяце была сформирована комиссия по реформированию армии, в которую были приглашены Шарнхорст, Гнейзенау, Массенбах, генерал-лейтенант фон Брониковский и недавно назначенный на должность генерал-адъютанта князь фон Лоттум.
В задачу комиссии входило устранение из армии так называемых «недостойных элементов» и создание боеспособных войск, удовлетворяющих требованиям современной войны. Со временем эта цель в значительной степени была достигнута, причем имел место беспрецедентный в истории армии случай самоочищения офицерского корпуса. Было рассмотрено поведение всего высшего офицерского состава во время войны. Часть офицеров была подвергнута дисциплинарным взысканиям, некоторых уволили из армии, а кто-то по приговору суда отбывал срок наказания в крепости.
Шарнхорст разработал детальную программу реформирования. Он планировал заменить сверхсрочную армию постоянной, на основе всеобщей воинской повинности, ввести для офицеров возрастной и образовательный ценз, позволить выходцам из буржуазии получать офицерские звания, причем не в порядке исключения, как это было во времена Фридриха Великого. Реформа предусматривала отмену телесных наказаний. Офицерам было предложено человечнее обращаться с солдатами, не пренебрегать приличиями и уважением по отношению к гражданским лицам. Армия Шарнхорста должна была, прежде всего, служить народу, а не королю. Следовало разбудить патриотизм и чувство национальной ответственности, а этого, по мнению Шарнхорста, можно было добиться только с помощью введения всеобщей воинской повинности.
В планы Шарнхорста входило создание Генерального штаба армии, имеющего четыре отделения. Первое предназначалось для выработки стратегии и тактики, второе – для решения внутренних вопросов, третье – для решения вопросов, связанных с пополнением, четвертое – для обеспечения военным снаряжением. Штабы дивизий также должны были состоять из четырех отделений. Можно сказать, что эта модель послужила основой для формирования Большого Генерального штаба (Abteilungen), включавшего различные отделения. Далее. Королевский картографический отдел, занимавшийся составлением военных карт, должен был отойти в подчинение Генерального штаба. Фактически, высшей властью должно было стать военное министерство, которому бы подчинялись генерал-квартирмейстерский штаб и генерал-адъютантский департамент.
Понятно, что королю не пришлось по вкусу подобное посягательство на его права, но отсутствие энтузиазма со стороны короля было всего лишь одним из числа препятствий, стоящих на пути внедрения в жизнь новых предложений. В число препятствий входили сложное географическое положение страны, сомнительное состояние ее финансов, разоренное сельское хозяйство, составляющее основу прусской экономики, и, главное, полная неопределенность относительно будущего: в любой момент Наполеон мог одним росчерком пера покончить с прусским государством. Кроме того, проведению реформ всячески препятствовали старые прусские юнкеры, нашедшие сторонников в лице генерала фон Йорка и особенно в лице дворянина из Бранденбурга Фридриха Августа Людвига фон дер Марвиц ауф Фридерсдорфа. Эти твердолобые консерваторы придерживались идеи, что первейшая функция армии состоит в решении задачи обеспечения средствами к существованию сыновей обедневшего прусского дворянства, которым король по-прежнему должен предоставлять возможность получения образования в военных школах. Офицерский корпус должен оставаться закрытым обществом, чья исключительность не должна подвергаться опасности внедрения буржуазно-либеральной системы образования. Борьба в армии между этими двумя течениями заняла все XIX столетие.
Реакционеры, рассматривая вопрос реформирования армии под собственным углом зрения, продемонстрировали особую враждебность в отношении функций предложенного Шарнхорстом Генерального штаба. В программе Шарнхорста эти люди усматривали особый акцент на образовании и культуре, что было глубоко чуждо прусским офицерам старой школы. Кроме того, дворянство Померании протестовало против введения всеобщей воинской повинности, называя ее «революционным равенством торгашей». Реакционеры считали, что вооруженные подданные поднимут революцию, и, вообще говоря, король разделял эту точку зрения. На Шарнхорста и Гнейзенау навесили ярлык «якобинцев».
Но это были только цветочки на пути к достижению либерализации и созданию действительно конституционной монархии, которая могла бы послужить моделью для германских государств. Но кое-что все-таки удалось сделать. Штейн смог добиться отмены крепостного права, но представительное правительство осталось на уровне мечты, впрочем, как и оплот старого прусского феодализма, судебная власть юнкеров, и их право содержать собственную полицию. В военной сфере Шарнхорст умудрился получить одобрение на реконструкцию офицерского корпуса. После Йены исчезла глубокая пропасть, разделявшая простых граждан и офицеров. В старые «гармоничные» времена общество, к которому принадлежали богатые и образованные круги Магдебурга, взяло за правило «собак и офицеров не впускать». Теперь, когда сыновья незнатных людей могли стать офицерами в любых родах войск, рухнул барьер недоверия. Получение офицерского звания стало зависеть от способностей конкретного человека, а не от его происхождения, и могло показаться, что в обществе прежнее чувство кастовой принадлежности уступит место идеям равенства. Для поколений германской буржуазии получение офицерского звания превратилось в символ повышения социального статуса, и они ставили его намного выше предоставления политических прав и политической власти. Способы, которые использовала буржуазия для возрождения армии, не всегда были безукоризненными; она создала свой миф и настойчиво отстаивала свои права. Экспансионистские идеи, вроде современных пангерманских, оказывали гораздо меньшее воздействие на офицерский корпус, чем считают многие иностранцы; причина крылась, по всей видимости, в буржуазном происхождении.
Шарнхорсту приходилось бороться не только с традиционалистами. Будучи реформатором, он в то же время являлся спасителем старого офицерства. Шарнхорст решительно противился всем планам радикальной демократизации армии. Было время, когда Шарнхорст не столь решительно выступал против идеи выборности офицерского состава. Однако стоило Гарденбергу выдвинуть идею о выборных должностях в армии (солдаты избирают унтер-офицеров, а те, в свою очередь, младших офицеров), как Шарнхорст увидел в этом опасность для основных принципов построения армии и убедил комиссию по реформированию армии отклонить данное предложение. Шарнхорст страстно отстаивал точку зрения, что для каждого гражданина ношение оружия является делом чести, и именно это убеждение подвигло его к отмене позорных телесных наказаний в армии. Он был твердо уверен, что гарантия прочной нравственности армии заключается не в принятии выборной системы, а в обеспечении жесткой дисциплины.