Одно из главных опасений вызывал вес орудий, способный повлиять на дифферент корабля. Особенно сильно он мог сказаться в носовой части, где едва хватало свободного пространства для установки 120 мм пушки Канэ. В результате, нос мог оказаться перетяжелен, что неминуемо влекло за собой ухудшение мореходных возможностей и снижение скорости корабля. Вдобавок, Обуховский завод только-только начал производство первой партии подобных орудий и потому не располагал точными весовыми характеристиками конечного результата. Размещение же подобного орудия на корме, вызывало куда меньше вопросов, но вместе с носовым создавало очередную проблему – после получения массогабаритных размеров орудий требовалось засесть за расчеты напряжения корпуса минного крейсера в центре, чтобы он просто-напросто не переломился пополам на высокой волне. И ко всему прочему требовалось немало времени и не имеющейся в наличии информации для вычисления совмещения центра массы орудий с осью их вращения, чтобы при развороте на борт, они не заставляли небольшой крейсер крениться.
Через пять дней на минном крейсере осталось всего две 47 мм пушки Гочкиса, расположенные в бортовых спонсонах и два носовых минных аппарата, демонтировать которые в сложившихся условиях не представлялось возможным. Прочие же пушки, кормовой минный аппарат и боеприпасы были сданы на хранение в Кронштадтский порт. Туда же вскоре отправились обе тяжелые мачты и паруса. Модернизация крейсера предусматривала отказ от парусного вооружения и потому планировалась установка двух облегченных мачт пригодных разве что для подачи флажных сигналов.
В результате, в первых числах февраля, очищенная от всего, что к ней было прикручено, верхняя палуба из двухдюймовых досок начала сниматься, чтобы облегчить доступ мастеровым к помещениям ютовой и баковой надстроек.
Кают-компания и офицерские каюты переносились под броневую палубу, на место кормового минного аппарата и склада мин, с очередным уменьшением размеров. Осложнялось это дело еще тем, что как раз между ними планировалось устроить склад и конвейер подачи 120 мм патронов, поскольку складировать боезапас непосредственно под орудием, без какого-либо прикрытия броней способной защитить хотя бы от осколков, означало сознательно устраивать на борту пороховую бочку способную рвануть в любой момент. В самой же кормовой надстройке, после установки подкреплений и фундамента станка орудия, все оставшееся свободное место планировалось отдать под матросский кубрик.
По старой русской кораблестроительной традиции, вместо запланированного месяца работы велись все полтора, причем впоследствии матросы были вынуждены самостоятельно исправлять множество мелких недоделок. Но на русском флоте к этому привыкли со времен Петра Великого и потому хоть и ругались на мастеровых, но умудрялись доводить все до нужной кондиции. Также, в соответствии с все той же традицией, модернизация привела к серьезному увеличению веса. После установки обоих орудий и загрузки боекомплекта сухой вес минного крейсера увеличился на одиннадцать с половиной тонн, что незамедлительно сказалось на скорости корабля и дальности хода. Чтобы хоть как-то компенсировать перевес пришлось полностью отказаться от орудийного щита для кормового орудия и смириться с сокращением количества топлива. Свободное место для угля, конечно, оставалось, вот только с полной загрузкой "Лейтенант Ильин" мог дать не более 18 узлов при форсированном дутье даже после полной переборки машин и чистки котлов. И это на самом лучшем угле! Носовое же орудие изначально планировалось оставить без щита, поскольку, возвышаясь над палубой, оно едва не перекрывало весь обзор находящимся в ходовой рубке. Будучи же оборудованным щитом, оно гарантированно скрывало от рулевого какой-либо вид прямо по курсу корабля. Перестраивать же рубку и приборы управления сочли долгим, затратным и потому излишним.
Ситуацию с перегрузом частично мог решить отказ от третьей части боекомплекта, но оставлять всего по 100 снарядов на орудие, имеющее техническую скорострельность в 12-15 выстрелов в минуту, никто не решился. И так боекомплект в 150 унитаров был признан минимально допустимым.
Дополнительных полтора, а то и три узла, как первоначально планировалось при проектировании, могли бы дать новые котлы, построенные с соблюдением всех технологий и способные обеспечить достаточную паропроизводительность. Но для получения гарантий заказывать их надо было в Англии или Германии, что опять же не устраивало будущего владельца минного крейсера по срокам. Да и цена подобного ремонта выходила весьма изрядной. Одно радовало, при сохранении трети боекомплекта и половины стандартной загрузки топлива, "Лейтенант Ильин" все же смог показать скорость в 19,3 узла чего не случалось с момента сдаточных испытаний.
Однако, не смотря на ряд выявленных при проведении испытаний недостатков, новое вооружение показало себя во всей красе. Орудия при повороте на борт полностью уравновешивались, да и серьезного увеличения дифферента на нос удалось избежать. И корма все равно сидела в воде на пол метра ниже. Правда, для этого большую часть боекомплекта бакового орудия пришлось разместить по центру корабля, в минном погребе прямо под каютой капитана. У самого же орудия в баковой надстройке были устроены четыре обшитых 6-мм броней беседки на десять патронов каждая, которые по мере расхода снарядов заполнялись бы из центрального склада. Вот только таскать снаряды матросам предстояло вручную, да еще по верхней палубе. Проблем с нагрузкой на центральную часть корпуса корабля тоже не возникло – как оказалось, "Лейтенант Ильин" был спроектирован с немалым запасом прочности главных продольных связей.
Из более мелких изменение можно было упомянуть перенос обоих прожекторов с носа и кормы на крылья мостика, взамен демонтированных 37-мм орудий. Оставлять их на прежнем месте после установки новых орудий было никак нельзя, поскольку первый же выстрел вдоль продольной оси корабля, грозил просто-напросто снести прожекторы. Также поменяла свое местоположение передняя мачта, разместившись прямо за первой дымовой трубой и камбузом.
Проведенная модернизация хоть и позволила "Лейтенанту Ильину" приблизиться по огневой мощи к английским минным крейсерам типа "Бумеранг", окончательно похоронила его как корабль с серьезным минным вооружением, каковым он изначально и планировался. Тем легче оказалось списать его по причинам технического несоответствия возлагаемым задачам и после демонтажа вооружения продать частному лицу как винтовую яхту. Вооружение же вместе с боеприпасами до лучших времен было запрятано на склады Кронштадтского порта. А пока собранная авторитетная комиссия занималась бумагомарательством по списанию минного крейсера, будущий владелец вовсю рыскал по дну Балтийского моря в поисках кладов погибших кораблей.
