Из-за войны все прожекты преобразования страны оказались похоронены, поскольку основная масса активных людей сублимировала свою преобразовательную энергию участием в военных действиях и последующем освоении вновь присоединенных земель. Действия же руководства страны в войне вроде бы совершенно сняли с повестки дня вопрос совершенствования государственного управления. Вследствие этих, а также и иных причин, в основном личного характера, «Челобитная сотня» распалась.
После первой, наиболее массовой зачистки территорий от «нечестивых агарян», закончившейся весной 1686 года, иррегулярные и вассальные войска отправили домой, удоволив кочевников и горцев скотом, конями и рублем денег на каждого. А мурзам да вождям — по трем и по десяти.
В 1687 году был разработан масштабный проект реконструкции Царьграда и строительства портов и дорог во вновь присоединенных землях. По самым скромным подсчетам, этот проект втрое, а то и вчетверо превышал возможности русской казны. Но, несмотря на ожесточенное противодействие приказа Большой казны, он был-таки принят к исполнению.
Главные же сражения в эти три года развернулись между дипломатами. Причем особую активность проявили иезуиты. Столь чудовищного и, главное, молниеносного разгрома османов, столетия угрожавших христианскому миру, никто не ожидал. Поэтому все пребывали в некоторой растерянности. Кроме иезуитов, сразу же понявших, какое значение имеет появление на месте османов могущественной православной империи и насколько сложившаяся ситуация опасна для сохранения влияния Престола святого Петра. Так что они предприняли все усилия для вбивания клина между союзниками. И Леопольд I, поначалу пришедший в восторг от исчезновения с границ Священной Римской империи турецкой угрозы и собиравшийся заключить мир на любых условиях, предложенных русскими, сыгравшими в сем исчезновении главную роль, был тут же взят в оборот. А настраивать против русских венецианцев и французов не было никакой необходимости — они и так были настроены резко негативно.
Однако нет худа без добра. Вследствие очевидного участия как Святого престола, так и просвещенной Европы в явных и тайных действиях, направленных супротив страны, российское общество охватил порыв единства. Фрондеров из университетской профессуры и иных представителей образованного слоя, коим надуло в головы вызывающих идей из-за западной границы державы, внезапно обуял патриотизм. И в пику вольнодумной Франции среди русских интеллектуалов стало модным подчеркивать свою религиозность и приверженность православию. Подобные настроения оказались столь сильны, что более сорока ученых-иностранцев, работавших в русских университетах и академиях, демонстративно перекрестились в православие. В среде же церковнослужителей эти настроения привели к тому, что все наиболее сильные богословы, ранее активно полемизировавшие друг с другом, заключили негласное перемирие и переключились на яростное противодействие внешним оппонентам. Ну или как минимум направили свои силы на установление тесного и живого взаимодействия с православным клиром вновь присоединенных земель.
В 1689 году русские закончили разбираться с захваченными землями и очисткой островов Эгейского моря и, поскольку султан, отбиваясь от персов, упорно не соглашался на подписание не то что мирного договора, но даже и перемирия, провели десантную операцию в Эгейском и Мраморном морях, захватив Смирну и Изник и двинувшись в направлении Бурсы. А другая армия, численностью 45 тыс. человек, состоявшая из вновь призванных на службу кочевников и вассальных горцев Кавказа, вступила в Мингрелию, Осетию и Аджарию. Еще одной косвенной причиной возобновления боевых действий было то, что в сентябре на Балканах появился единственный сын и наследник царя Ивана V — сержант артиллерии Борис Годунов. Он просто рвался в бой и был сильно раздосадован тем, что опоздал к главным битвам.
В 1690 году умер Иван V, и корона перешла к его сыну — Борису II. Иезуиты было воспрянули, но вступивший на престол взамен свергнутого в начале года Мехмеда IV Авджи султан Сулейман II наконец-то согласился подписать с русскими перемирие, несмотря на то что прописавшиеся у него при дворе иезуиты изо всех сил убеждали его не делать этого. Однако русские на западе уже продвинулись до линии Сегюд — Кютахья — Ушак, захватив и первую столицу османов — Бурсу, а на севере взяли Карс. Так что затягивание с перемирием могло привести к полному краху. Этим же летом окончательно определились и с западной границей. Священная Римская империя получала Трансильванию, Сербию, Боснию и Албанию. Вскочившим в последний вагон венецианцам достались Далмация и Ионические острова, России же отошли Молдавия, Валахия, Болгария и вся остальная Греция. На востоке граница русских владений по договору начиналась от устья реки Сакария, от Сегюда поворачивая к Кютахье и далее к Ушаку, затем долиной реки Большой Мендерес спускалась к Эгейскому морю. Иезуиты, заправлявшие в посольствах Священной Римской империи и Франции, поняв, что удержать османов в войне не удастся, специально поддержали эти запросы России. Расчет был на то, что османы никогда не согласятся с одномоментной утратой двух столиц — блистательного Истамбула и древней Бурсы, и русские получат на Востоке постоянную головную боль. Захваченный же Карс русским под давлением тех же французов и пристегнутых к ним иезуитами цесарцев пришлось вернуть. Так что граница на юге пролегла по линии Чылдыр — Батуми. Кахетия, Картли, Армения и практически вся Месопотамия перешли к персам. Французам же был обещан Египет, буде они его все-таки когда-нибудь захватят.
Иезуитам удался и еще один ход конем — с русскими было подписано только перемирие, а со всеми остальными новый султан подписал полноценный мирный договор. И то, что Леопольд I спокойно принял эту несправедливость, изрядно обидело русских. Впрочем, к предательству союзников русские были готовы, чай, не первый раз цесарцы так поступили, так что никакого шока не было. А вот в отношениях между Священной Римской империей и Россией на радость французам появилось заметное охлаждение.
Царь Борис II принял страну в довольно плачевном состоянии. Несмотря на великую победу, финансы были в совершеннейшем расстройстве. Как выяснилось, царь Иван V сильно уступал своему батюшке в искусстве управления государственными финансами. Что, кстати, показало и принятие амбициозной программы восстановления и перестройки Царьграда и остальных присоединенных земель. Поэтому итогом войны стал первый в российской истории масштабный финансовый кризис. Причины его были не столько объективными, сколько являлись следствием допущенных ошибок. Перед началом войны бюджет страны находился в блестящем состоянии, поэтому Иван V не стал, как всегда делал его батюшка, продавливать на Земском соборе чрезвычайный военный налог. Он счел, что накопленного запаса, а также полученных трофеев будет довольно для успешного исполнения всех намеченных планов. Но война и развернувшиеся переселенческие и строительные программы быстро сожрали все финансовые запасы, махом проглотили трофеи и ввергли казну в большие долги. Курс ассигнаций, ранее менявшихся на серебро по номиналу, упал втрое.