В то время как казахи переживали тяжелые испытания, а царская армия прочертила новую линию фронта, на юге поднималась новая сила, готовая противостоять наступлению русских. Примерно с начала XIX столетия, когда на казахских равнинах и в других местах падало влияние Хивы, а также усиливались беспорядки, Коканд планомерно продвигал на север свои границы. На пике могущества ханства в этом веке цепь его крепостей распространилась за Акмешит, построенный в 1817 году, и включала Чин-Курган, Кумиш-Курган, Кош-Курган, Джулек и Яни-Курган. Они строились после крупных завоеваний Коканда в 1814 году. Новые кокандские крепости появились также к северу от Голодной степи на реке Сарысу в деревне Караджар, а также в селении Юрт-Кулак в 79 милях вниз по реке. Хотя в 1832 году русские атаковали и разрушили обе эти маленькие крепости, кушбеги Ташкента построил через два года другую, более мощную крепость в горах Алатау, с которой досаждал русским и подстрекал казахов к сопротивлению.
В середине века главные противники стояли напротив друг друга, и именно в 1850 году кокандцы стали оказывать нажим на местных казахов, которые сотрудничали с русскими. Центром таких действий стал Акмешит, откуда регулярно выступали сильные отряды. В начале марта 1852 года Якуб-бек, будущий правитель Кашгара, во главе отряда из 1700 всадников, следовавших вдоль реки Сырдарья для преследования «русских» казахов, вступил в ожесточенное сражение с карательным подразделением русских. Одержав ряд побед, кокандцы умчались в свои небольшие неохраняемые укрепления в пустыне. После другого столкновения на Сырдарье с кокандцами в апреле 1852 года разведывательный отряд царских войск из 80 солдат был вынужден отступить. В ответ на решительные действия Якуб-бека генерал Перовский приказал отправить из крепости Раим усиленный отряд совершить внезапное нападение на Акмешит, являвшийся мощной передовой крепостью Коканда, и разрушить ее. В отсутствие Якуб-бека яростным отпором нападению русских 20 июля 1852 года руководил Батыр-Басы. Он отбросил русских, нанеся им тяжелые потери. В этом сражении, как и во многих последующих боях между войсками России и Коканда, царские войска значительно превосходили кокандцев в живой силе и вооружении. В Ак-Мечети, например, гарнизон защитников составлял всего 50 солдат и около ста торговцев.
Соотношение нападавших и защитников можно сравнить с численностью населения в двух регионах. По некоторым оценкам, в начале XIX века население России составляло 60 млн человек, а население данной азиатской территории было 5–6 млн. Более всего поражает то, что Хива, которую Россия считала своим заклятым врагом, являлась самым маленьким из трех ханств и самым бедным. К концу XVIII века население Хивы, по оценке одного русского дипломата, не превышало 400 тыс. человек из расчета четыре человека на хозяйство. А в 1842 году, вскоре после неудачной попытки завоевательного похода русских, другой царский посол, который тщательно изучил оседлое население ханства, сообщал о его общей численности 300 тыс. человек. Число жителей, населяющих город Хиву и окрестности, согласно церковно-приходской переписи, проведенной около 1858 года, года последней официальной дипломатической миссии в ханство, составляло менее 18 тыс. человек (4493 хозяйства).
Коканд был гораздо более населенным городом, чем Хива, но численность населения или противостоящих армий не являлась решающим фактором победы. Важнее были положение ханств и наличие у их обитателей оборонительных средств, которые могли противостоять тяжелому вооружению русских. В открытом столкновении, когда ханские воины подвергались массированному огню русских, особенно картечи, местные войска несли огромные потери, подобные которым штурмующие русские колонны не могли себе позволить, и было бы неверно изображать мусульман, как иногда делают некоторые исследователи, трусливо бегущими от русских. Героизм при наличии ужасающего неравенства сил в пушках и пехотинцах, как в Акмешите, проявляли как раз азиаты. Русским не было причин бояться оружия соперников. Тем не менее русские командиры, приобретшие значительный опыт в войнах с поляками, венграми, англичанами, французами, турками, персами и кавказскими горцами, часто не могли использовать его в Азии.
Но, несмотря на боевой дух хивинцев и кокандцев, превосходство русских в вооружении, организации и, вероятно, в физической подготовке постепенно склонило военное противостояние в пользу царя. Например, через год после победы Батыра-Басы русские войска со второй попытки взяли 28 июля 1853 года крепость в Акмешите, пользуясь преимуществом в численности в соотношении десять к одному и только после того, как были убиты ее комендант Мухаммад Вали и 230 из 300 защитников в течение четырех недель жестокого сражения. В этом повторном сражении русские войска под командованием генерала Перовского имели 17 орудий и были поддержаны огнем с парового катера «Перовский», пришвартовавшегося у берега реки. Но и они потеряли 164 солдат и офицеров убитыми или ранеными.
После падения Акмешита Коканд продолжал оказывать сопротивление наступлению русских, в то время как в степях после гибели Кенесары Касымова Младший казахский жуз возглавил Есет Котибарулы. Казахами в нижнем течении Сырдарьи предводительствовал Жанкожа Нурмухамедулы (погиб в 1860 г.), который после запрета соплеменникам снабжать верблюдами русские войска, наступавшие в 1853 году на Акмешит, снова вступил в открытый вооруженный конфликт с ними и их казахскими марионетками. Есет Котибарулы восстановил связи с Хивой на западе, а русские войска снова повели наступление на восточном фронте на кокандские укрепления, захватив в конце августа 1860 года Токмак и после массированного орудийного обстрела 3 сентября 1860 года – Пишпек. Затем эти города были сданы, но царские отряды вновь овладели ими в 1862 году. Среди азиатских пленников, взятых в Пишпеке, как и в Дин-Кургане в 1862 году, было несколько русских дезертиров. Яны-Курган пал в сентябре 1861 года, Аулие-Ата – 4 июня 1864 года, а город Туркестан – 12 июня 1864 года в ходе продвижения русских с целью установить новую границу между оккупированной и свободной азиатской территориями.
К середине 1864 года Коканду удалось, хотя и запоздало, изменить характер боев с русскими войсками, приобретя орудия лучшего качества и освоив применение фугасных снарядов. Большой отряд кокандцев в июле 1864 года окружил в Ак-Булаке подразделение русских, двигавшихся в Чимкент, и отступивший русский командир вывел свои войска благодаря лживому обещанию сдать город Туркестан Коканду. Он сообщал: «После полудня кокандцы установили на возвышенности три орудия, и первый снаряд, достигший нашего лагеря, произвел ошеломляющее впечатление. Он взорвался, и каждый понял, что мы имели дело с противником, какого армия еще не встречала на Сырдарье». Это был тот самый бой, который побудил муллу Алимкула выдвинуть процитированное ранее требование, что русские должны принять ислам или умереть.
Вскоре будущий генерал М. Г. Черняев, наступая в восточном секторе русского фронта, попытался захватить Чимкент, но также встретил упорное сопротивление его защитников и сильных подкреплений во главе с неуступчивым муллой Алимкулом. Наконец, Чимкент пал 22 сентября 1864 года.
Воодушевленный успехом, Черняев быстро двинулся на Ташкент, который русские считали главным пунктом в Средней Азии. Как и в случаях с Акмешитом и Чимкентом, первая попытка сорвалась. Войска Черняева были отброшены с большими потерями, и он отступил к Чимкенту. Но весной 1865 года произошло событие, которое предрешило конечный исход борьбы. 9 мая был убит во время решающего сражения мулла Алимкул, все еще командовавший войсками Коканда и бывший регентом кокандского трона. Хотя последовавший 7 июня 1865 года штурм русскими Ташкента был отбит, кокандцы без воодушевляющего командования, видимо, утратили в большой степени свою боеспособность.
Распространенная местная легенда о битве за Ташкент приписывает гибель муллы Алимкула не действиям противника, но предательству некоторых его сторонников. Этой версии верят не только потому, что в то время Ташкент отличался ожесточенным соперничеством между кокандцами, бухарцами и примиренцами, но и потому, что влиятельные жители Ташкента, недовольные правлением Коканда, сдали врагу город, насчитывавший 60–80 тыс. населения. Абдуррахман-бек, правитель восточного района Ташкента, и Мухаммад Саатбай, богатый торговец, в критический момент передавали в 1864 и 1865 годах генералу Черняеву информацию относительно обстановки и обороны города.
Сторонники ориентации на Россию сыграли определенную роль в достижении сравнительно быстрого захвата Ташкента. Особенно во время штурма, когда царские войска овладели стеной города, Мухаммад Саатбай и его сторонники призвали ташкентцев прекратить сопротивление и способствовали сдаче города.
