Семенов из Читы потребовал от Верховного правителя России немедленного освобождения арестованных. Он предупредил адмирала А.В. Колчака, что "в случае неисполнения моего требования я пойду на самые крайние меры и буду считаться с вами лично". В Омске это восприняли как атаманский бунт в глубоком тылу Восточного фронта Гражданской войны в России. В условиях вооруженного противоборства Белого движения с Красным "бунт" полковника Г.М. Семенова помогал последним.
Верховный правитель России адмирал А.В. Колчак, он же Верховный главнокомандующий всеми белыми армиями в Гражданской войне в конце ноября 1918 года, издал приказ № 60, в котором атаман Семенов прямо объявлялся изменником. 1 декабря того же года Колчак (встав на путь конфликта с Японией) издал приказ № 61 о ликвидации "семеновского инцидента". Последний приказ гласил:
"1. Командующий 5-м отдельным Приамурским корпусом полковник Семенов за неповиновение, разрушение телеграфной связи и сообщений в тылу армии, что является актом государственной измены, отрешается от командования 5-м корпусом и смещается со всех должностей, им занимаемых.
2. Генерал-майору Волкову подчиняю 4-й и 5-й корпусные районы во всех отношениях на правах командующего отдельной армией, с присвоением прав губернатора, с непосредственным подчинением мне.
3. Приказываю генерал-майору Волкову привести в повиновение всех неповинующихся верховной власти, действуя по законам военного времени".
Однако на защиту Семенова сразу же встало командование японского экспедиционного корпуса. Генерал Волков дальше Иркутска проехать не смог, а посланные им в Читу офицеры были изгнаны оттуда семеновцами. Японский генерал Юхи заявил, что "Япония не допустит никаких мер против Семенова, не останавливаясь даже для этого перед применением оружия...". Именно такую инструкцию получила дислоцированная в Забайкалье 3-я дивизия императорской армии.
Японская сторона уже вторично вставала на сторону атамана Семенова в его "конфликте" с Верховным правителем России. Когда в начале декабря 1918 года генерал Хорват по приказу адмирала Колчака в полосе отчуждения КВЖД разоружил сотню атамана Калмыкова, власти Токио выразили резкий протест, усмотрев в этом оскорбление высшего японского командования, которому был подчинен калмыковский отряд. Тем самым Колчаку было дано понять, что в отношении Семенова подобные действия будут пресекаться и что Омское правительство может оказаться без тихоокеанских портов, откуда Антанта снабжала Верховного главнокомандующего Белого движения всем необходимым для ведения Гражданской войны.
Однако в своих "просеменовских и антиколчаковских" действиях японской стороне надо было объясниться перед державами Антанты. Было официально заявлено следующее:
"во-первых, японское правительство не может "оставить Семенова на произвол судьбы ввиду несомненных его заслуг как первого активного борца против большевиков и немцев";
и во-вторых, бои между войсками атамана Семенова и генерала Волкова серьезно ослабят тылы сражавшегося на Восточном фронте Чехословацкого корпуса.
Однако Верховный правитель России не хотел пасовать перед такими действиями страны Восходящего Солнца, которые объективно шли во вред Белому движению. Российскому послу в Вашингтоне Г.П. Бахметьеву было поручено добиться поддержки у американского президента Вудро Вильсона: Верховный правитель не может установить свою власть в Восточной Сибири, так как "возникли препятствия со стороны Японии, явно покровительствующей Семенову, который является выполнителем ее планов..."
Государственный департамент США пошел навстречу просьбе адмирала А.В. Колчака. Американский посол в Токио Р. Моррис сделал соответствующий запрос правительству микадо. Точно так же поступили послы Франции и Великобритании. Японской стороне в своих действиях на российском Востоке пришлось оправдываться перед союзниками по Антанте.
Японские дипломаты заявили своим коллегам по Антанте, что "они являются защитниками мира на Дальнем Востоке и не могут согласиться на междуусобную войну (в стане белых сил. - А.Ш..) в районе, где они (японские экспедиционные войска. - А.Ш..) находятся для защиты... (российского. А.Ш..) народа".
Одновременно императорский Генеральный штаб и Министерство иностранных дел "прозрачно" намекнули военным атташе и послам держав Антанты в Токио, что атаман Семенов имеет такие же права на государственную власть в Забайкалье, как и адмирал Колчак в Западной Сибири, поскольку его верховная власть "еще не признана ни одной из держав". То есть в Токио дали ясно понять, что "единая и неделимая Россия" ушла в прошлое. Однако японская сторона заверила, что сделает все от нее зависящее для погашения конфликта между правителями Омска и Читы.
Для разрешения конфликтной ситуации в стане Белого движения подключились французский генерал М. Жанен и английский генерал А. Нокс. Воинственности атамана Семенова хватило ненадолго - он оказался без поддержки держав Антанты. Но на Японских островах началась пропагандистская кампания против Верховного правителя России адмирала Колчака.
Министерство иностранных дел Японии вручило управляющему МИД Омского правительства И.И. Сукину ноту, в которой говорилось, что Япония одобряет "высокопатриотические чувства и убеждения атамана Семенова... продолжает содействовать ему в его великом подвиге...". После такой поддержки полковник Семенов стал совершать новые "подвиги" в глубоком колчаковском тылу.
К началу февраля 1918 года семеновцы захватили на Забайкальской железной дороге все исправные паровозы и 48 поездов с военными грузами держав Антанты, направлявшимися в Омск для колчаковских войск. Так, атаман Семенов распорядился задержать железнодорожный состав с американским оружием адмиралу Колчаку, потребовав от сопровождавшего эшелон американского офицера выдать ему 15 тысяч винтовок, угрожая в противном случае взять их силой.
Когда генерал Хорват по указанию Колчака распорядился не перевозить по КВЖД грузы для войск Семенова, последний арестовал начальника отдела военных перевозок этой дороги. Атаман "силой своей власти" изъял деньги из читинского банка, его филиала на станции Маньчжурия, и стал "собственником" золотых приисков Забайкалья. Семенову с рук сошло даже то, что он послал свои отряды в район дислокации экспедиционных войск США и там семеновцы за "правонарушения" подвергли публичной порке американских солдат.
Есть много свидетельств тому, насколько серьезно Япония делала ставку на атамана Г.М. Семенова в своей экспансии на российский Дальний Восток и Забайкалье. Тот в феврале 1919 года созвал съезд феодальной верхушки бурят, монголов, тибетцев с целью их объединения и создания некоего монголо-бурятского степного государства под своим правлением. С согласия японцев атаман Семенов присвоил себе аристократический титул князя Ванского. Было даже образовано "правительство" семеновской "Независимой Монголо-Бурятской республики".
Новоиспеченный князь Семенов-Ванский просил президента США Вудро Вильсона содействовать созданию такого независимого государства в центре Азии и допустить его представителей на мирную конференцию по Дальнему Востоку. Однако такой "ход" азиатской политики Токио у держав Антанты успеха не имел. Те не хотели видеть в самом центре Азии марионеточное государство, во всем послушное стране Восходящего Солнца.
Союзникам по Антанте все же не без труда удалось уладить конфликт атамана Семенова с Верховным правителем России. Они были против решения конфликта военным путем, поскольку это могло серьезно ослабить силы Белого движения в Сибири. Японии были сделаны "категорические представления по этому вопросу", и Токио пришлось пойти на некоторые уступки антантовским защитникам адмирала Колчака.
Колчаковская следственная комиссия, получив из Омска соответствующие инструкции, вопреки фактам не установила "задержки воинских грузов для фронта и злонамеренного перерыва телеграфного сообщения". Но попытка создания монголо-бурятского государства, ограбление банков и захват золотых приисков были оценены как "деяния, носящие явно антигосударственный характер".
Колчаковская комиссия также зафиксировала многочисленные факты разбоя, массовых убийств и диких зверств в семеновских застенках. Подобные деяния атамана Семенова в годы Гражданской войны в России было трудно с кем-либо сравнить. Только в районе станции Адрианавка летом 1919 года семеновцы расстреляли 1600 человек из числа "противников атамана". В Забайкалье было создано 11 застенков смерти - Бадмаевский в Чите, на железнодорожных станциях Маккавеево, Даурия и в других местах. В занятых районах Забайкалья семеновцы осуществляли массовый террор.
Из Омска командующему белыми войсками на Дальнем Востоке генерал-майору П.П. Иванову-Ринову поручили вступить в прямые переговоры с атаманом Семеновым. Верховный правитель разрешал оставить его в должности командующего корпусом с подчинением "на обычных воинских началах командующему войсками на Дальнем Востоке".