1 марта болгарское правительство объявило о присоединении к Тройственному пакту, в тот же день на территорию страны вступили германские войска, предназначенные для вторжения в Грецию и Югославию, а 5 марта Англия разорвала с Софией дипломатические отношения. 6 апреля вермахт начал операцию на Балканах, которая закончилась капитуляцией Югославии 17 апреля и Греции — 23 апреля.
После балканской кампании немецкие войска были выведены из Болгарии. Болгарское правительство не объявило войны Советскому Союзу и не присоединилось к Германии в момент ее нападения на СССР. И хотя Англия и США формально находились в состоянии войны с Болгарией, Советский Союз с ней не воевал, и в Москве и Куйбышеве в течение всей войны находился болгарский посланник. Немцы использовали Болгарию как источник сырья и военно-морскую базу на Черном море.
Летом 1943 года после смерти царя Бориса правительство назначило регентский совет при малолетнем наследнике престола Симеоне.
С лета 1941 года в стране начало разворачиваться активное движение Сопротивления. Поскольку присутствие немцев на территории Болгарии не носило характер оккупации, то и движение это не являлось по сути антифашистским. Оно было направлено на свержение «реакционного» буржуазно-демократического режима, изменение существующего строя и создания нового общества по советской модели. Естественно, что организатором и руководителем движения была Болгарская рабочая партия коммунистов. Компартия звала трудящихся на борьбу с «монархо-фашистской диктатурой», стремясь вовлечь в борьбу как можно более широкие массы народа. В июне 1941 года сформировался первый партизанский отряд, а уже в апреле 1943-го по решению ЦК БРП был организован Главный штаб Народно-освободительной повстанческой армии. Тяготы военного времени, разорение хозяйства, ужесточение полицейского режима расширяло социальную базу Сопротивления.
17 апреля 1944 года Советское правительство предъявило ноту, в которой обращалось внимание болгарского правительства на несовместимость нормальных отношений между СССР и Болгарией с такими фактами, когда, в связи со все ухудшающимся военным положением Германии, портовые города Варна и Бургас были превращены в германские базы. В этот период они активно использовались для эвакуации войск из Крыма. Кремль-предложил болгарам немедленно прекратить использование Германией болгарской территории и портов против Советского Союза. Единственным результатом принятия такого решения могла быть только оккупация страны. Кроме того, советское правительство выразило пожелание восстановить советское консульство в Варне, а также учредить консульства в Бургасе и Русе.
В ноте от 18 мая советское правительство отметило, что правительство Болгарии «выискивает предлоги, чтобы уклониться от прямого предложения… об открытии советских консульств в Болгарии», и предупредило, что без удовлетворения этих требований «оно будет считать невозможным сохранение отношений с Болгарией как с государством, которое помогает и намерено помогать впредь гитлеровской Германии в войне против Советского Союза».
Болгарские представители все обвинения упорно отрицали, напоминая, что не принимают участия в войне против СССР.
Одновременно пришедшее к власти правительство Багрянова искало возможности заключения мира с Англией и США: «Болгарские монархофашисты, боясь своего народа и вступления Красной Армии в Болгарию, соглашались на оккупацию страны англо-американскими войсками». Однако эти зондажи не привели к выходу Болгарии из войны.
К августу 1944 года вопрос о консульствах потерял актуальность, 12 августа в новой ноте вопрос был поставлен прямо и конкретно: «Если Болгария думает как-либо выйти из тупика, то в настоящее время вопрос может стоять только о разрыве Болгарии с Германией». Через неделю началось триумфальное наступление войск 2-го и 3-го Украинских фронтов. Еще через три дня пало правительство Антонеску. На болгарскую территорию отходили остатки немецких войск, разгромленных в Румынии. Германские корабли и транспортные суда перебазировались в болгарские порты.
26 августа правительство Багрянова заявило о том, что Болгария, соблюдая полный нейтралитет, в соответствии с Гаагской конвенцией будет разоружать немецкие войска, которые откажутся оставить ее территорию. Болгарский Генеральный штаб с ведома правительства официально уточнил с германским командованием порядок беспрепятственного отхода немецких войск из Болгарии. Так же поступил командующий болгарским флотом, не предпринявший никаких действий против находившихся в болгарских портах немецких кораблей. Болгарское правительство упорно не хотело ни с кем воевать. Генерал Шнекенбургер, представлявший в Болгарии германское командование как «фиктивное интернирование, под которым понимается интернирование для внешнего эффекта».
Гораздо больше правящие круги Болгарии опасались советского присутствия. В секретном докладе Багрянова регенту князю Кириллу 31 августа глава правительства рекомендовал делать все, чтобы воспрепятствовать вступлению советских войск на болгарскую землю. Одновременно он считал, что необходимо и дальше вести переговоры с представителями Англии и США и ни в коем случае не допустить «большевизации» страны.
Дальнейшее обострение внутриполитического кризиса, возникшего в связи с выходом Красной Армии к границам страны, привело к отставке правительства Багрянова и сформированию 2 сентября нового правительства во главе с К. Муравиевым — одним из правых лидеров Болгарского земледельческого народного союза. Новое правительство, просуществовавшее всего семь дней, денонсировало Тройственный пакт, заявило об эвакуации болгарских экспедиционных войск из оккупированных районов Греции и Югославии, а также о намерении ускорить переговоры с Англией и США о заключении перемирия, освободило всех политических заключенных и военнопленных союзников, распустило политическую полицию. О разрыве отношений с Германией было сказано, что он будет осуществлен, если немецкие войска в Болгарии откажутся разоружиться.
Правительство СССР сочло это недостаточным и 5 сентября объявило Болгарии войну. С объявлением Советским Союзом войны Болгарии США и Англия были вынуждены прекратить политические переговоры с ее представителями. 6 сентября болгарской делегации в Каире было сообщено, что в дальнейшем они могут вестись лишь при участии СССР.
«Объявление Советским Союзом войны фашистскому правительству Болгарии не наносило никакого ущерба интересам болгарского народа. Наоборот, оно являлось решающим условием его освобождения». Вот только болгарскому правительству в течение пяти лет удавалось избавлять свой народ от участия во всемирной бойне, теперь ему придется взяться за оружие.
Приближение Красной Армии позволило болгарским коммунистам перейти к непосредственной подготовке вооруженного восстания. 2 сентября ЦК БРП принял решение поднять народ на борьбу за свержение правительства и установление власти Отечественного фронта. По решению софийского окружного комитета было создано оперативное бюро по вооруженной охране стачек и демонстраций, предусматривавшихся планом восстания в столице. Главный удар планировалось нанести по Военному министерству сводным отрядом и перешедшими на сторону Отечественного фронта воинскими частями. К началу восстания в стране действовало 11 партизанских бригад и 38 отрядов обшей численностью 18 тысяч человек, а вместе с членами боевых групп — до 30 тысяч человек.
Основные силы 3-го Украинского фронта к началу сентября 1944 года заняли румыно-болгарскую границу на участке от Джурджу до Мангалии. Войска 2-го Украинского фронта, преследуя отходящего противника, 6 сентября вышли на румыно-югославскую границу в районе Турну-Северина и изолировали от Болгарии те немецкие соединения, которые вели бои в Восточных Карпатах и Трансильвании.
Стратегическая обстановка на южном крыле советско-германского фронта позволяла штабу Толбухина в короткие сроки подготовить и осуществить операцию по занятию Болгарии. С разгромом группы армий «Южная Украина» оборона противника в Румынии развалилась, а германские войска, действовавшие в Югославии, Албании и Греции, оказались изолированными от карпатско-трансильванской группировки, оборонявшейся в северо-западной части Румынии и в Венгрии.
Болгария имела армию общей численностью 450 тысяч человек. Она состояла из пяти общевойсковых армий и двух экспедиционных корпусов — всего 22 дивизии и 7 бригад. Девять дивизий и две кавалерийские бригады находились на оккупационной службе в Югославии и Греции. Когда начался их отвод в Болгарию, немецкие войска напали на них и разоружили некоторые части. Управление ими было утрачено. Большинство остальных соединений дислоцировалось южнее Балканского хребта. В северо-восточной части страны, где разворачивались действия 3-го Украинского фронта, стояло 4 дивизии. В черноморских портах Варна, Бургас и в дунайском порту Русе (Рущук) находились немецкие и болгарские корабли. Общая численность немецких войск в Болгарии, с учетом частей, отошедших из Румынии, в конце августа оценивалась в 30 тысяч человек.