Приезд Филиппа породил свежие слухи о предстоящих гонениях и соответственно новую волну протестантского сопротивления. В народе говорили, что возвращается папа, что будут заново построены монастыри, церковная собственность возвращена духовенству, а все обиженные Генрихом VIII и Эдуардом восстановлены в правах. Особенно тщательно муссировались слухи об «ожидаемой мести священников». Протестанты решили нанести превентивный удар, и потому участились случаи нападения на католическое духовенство и вообще на католиков. В Кенте одного священника подвергли унизительным наказаниям, а затем отрезали нос, а у собора Святого Павла злоумышленник выстрелил из небольшого ружья в проповедника, доктора Пендлтона. Дробинка ударила в стену собора как раз позади лорд-мэра и затем упала на плечо прихожанина. Были немедленно обысканы все соседние дома, но преступника найти не удалось. Через шесть дней его каким-то образом обнаружили, но никаких доказательств для суда предъявлено не было. Еще один интересный случай произошел на Олдерсгейт-стрит, где слуга сэра Энтони Невилла уговорил молодую девушку по имени Элизабет Крофтс спрятаться за стену и отвечать на вопросы духовидцев. Ими стали сговорившиеся между собой приказчик, актер и ткач. У степы собралась большая толпа. Слуга говорил, что «голос в стене» — это ангельский дух, который может открыть всю правду. Девушка давала «подстрекательские к бунту» ответы. На вопрос «Что такое месса?» она ответила: «Идолопоклонство». На вопросы по поводу исповеди, брака королевы и появления в стране испанцев она ответила с осуждением, предав анафеме все католические установления, а также Марию и Филиппа. Когда приказчик выкрикнул: «Боже, Храни королеву Марию!», стена молчала, на возглас же «Боже, храни королеву Елизавету!» стена отозвалась: «Да будет так». Свидетелями этого мошенничества были тысячи горожан, но на эшафот Элизабет Крофтс поволокли только через три месяца.
Если в Англии протестантов еще как-то удавалось утихомирить (хотя это доставляло Марии и ее Совету немало хлопот), то с ведущими ожесточенную пропаганду против католического правительства эмигрантами все было гораздо сложнее. Наиболее одиозных протестантских лидеров советники заставили уехать за границу еще в первые месяцы правления Марии: некоторых из них арестовывали и затем выпускали, чтобы те смогли сбежать, другим просто выдавали официальные паспорта. Среди покинувших родину были епископы Понет и Бейл, а также будущий исследователь жития мучеников Джон Фокс, уже начавший работу над историей религиозных преследований в Англии. Оказался в эмиграции и неистовый шотландец Джон Нокс.
Кроме известных людей, Англию покинули сотни фермеров, бакалейщиков, ювелиров, каменщиков и прочих, которые поселились в эмигрантских колониях в Швейцарии и Германии. Главными центрами протестантской оппозиции стали Женева, Франкфурт и Страсбург. Оттуда в графства Кент и Суффолк, а также в Лондон устремились потоки литературы, оскорбляющей королеву, советников и ее супруга-испанца. Выполнявшие заказы французские и германские печатники смысла текстов большей частью не понимали, и вообще подобная литература, пока попадала к англичанам, проходила через много рук. В апреле 1554 года магистрат Данцига прислал Марии письмо по поводу оскорбительной листовки, изданной в их городе. Печатник и его сын «признались, что сути написанного не знали, поскольку не ведали по-английски, а при наборе различали буквы только по форме». Заказ данцигскому печатнику принес англичанин, которому, в свою очередь, листовку передал английский моряк. Моряку же этот текст вручил еще один англичанин, третий, с поручением доставить готовый материал в Англию и передать нужным людям, которые должны были перевезти листовки в столицу. Здесь их следовало «разбросать на улицах и дорогах, чтобы прочитали люди».
Пои и Бейл быстро откликались на каждое новшество, вводимое Марией в религиозную жизнь Англии, обрушивая свой сарказм и язвительность особенно на «коварного епископа Винчестерского» и «разъяренного быка» Боннера, епископа Лондонского. Однако наиболее злобно атаковал Нокс, который накануне прибытия Филиппа в Англию написал в своем «Истинном наставлении исповедующим Божью правду в Англии», что Мария «предала интересы Англии, приведя в страну чужака и сделав его королем… и превратив тем самым всех простых людей в рабов гордого испанца». «Ее сообщники в этом предательстве, — писал Нокс, — в особенности Гардинер, эта помесь Каина и Иуды-предателя, должны быть убиты во имя справедливости и истинной веры». Брошюра была опубликована в день, когда корабли Филиппа причалили к берегу в Саутгемптоне.
Яростное поношение из-за рубежа, угроза волнений в юго-западных графствах, то есть в непосредственной близости от королевского дворца, в сочетании с приближающимися родами Марии заставили правительство изменить отношение к протестантским еретикам. Недавнее возрождение средневековых законодательных актов обеспечивало механизм, с помощью которого можно было казнить любого по обвинению в религиозном преступлении. Под рукой были также достаточно квалифицированные и решительные судьи. В Тауэре, тюрьме Флит и других местах содержались лица, нарушившие религиозные законы королевы, и некоторые в правительстве подняли крик, что сохранение жизни этим злонамеренным правонарушителям вдохновляет протестантов всех мастей на дальнейшее расшатывание государственной системы.
Среди этих правонарушителей был и Джон Хупер, епископ Вустерский, неутомимый критик католиков и консервативных протестантов, проповедующий «абсурдность» учения о том, что тело Христа физически присутствует в облатке, которую дают при причастии. Епископского сана Хупера лишили, во-первых, потому, что он был женат и не оставил жену, а во-вторых, из-за его взглядов на присутствие телесного в святых дарах. Первого сентября 1553 года он был заточен в тюрьму Флит, и его продержали там больше семнадцати месяцев. Вначале Хуперу было позволено самому выбрать тюрьму, но через неделю доверенный Гардинера по имени Бабингтон перевел его из Тауэра в камеру тюрьмы Флит и «начал обращаться с ним в высшей степени жестоко». Хупер описал условия своего содержания в заключении, рассказав, как Бабингтон и его жена вначале непрерывно к нему придирались, а затем перевели из камеры для особых узников к обычным преступникам. Непосредственно рядом с ним располагались «порочные мужчина и женщина», а в качестве постели ему была дана «всего лишь небольшая соломенная подстилка и прогнившая тряпка с несколькими перьями внутри, чтобы укрыться». Позднее сердобольные друзья прислали ему лучшую постель, но изменить «мерзкую и зловонную камеру», в которой он помещался, было нельзя. По одной ее стороне проходила «сточная клоака с тюремными нечистотами», а по другой — общая городская канализация. От зловония и грязи он заболел и, лежа в собственных нечистотах, стеная в мучениях, звал на помощь, но надзиратель приказал никого к нему в камеру не пускать. Так продолжалось шесть недель, и он уже приготовился к смерти. Окрестные нищие умоляли стражников сжалиться над Хупером и облегчить ему последние часы, но Бабингтон, руководствуясь приказом епископа, не позволял никому приближаться к узнику, говоря, что «все равно скоро от этого еретика придет избавление».
В конце января 1555 года Хупер предстал перед Гардинером и несколькими епископами. Ему предложили отказаться от своей «злой и безнравственной доктрины» и перейти в лоно святой католической церкви, став верным сыном папы. Лорд-канцлер заверил Хупера, что за это ему будет даровано помилование королевы. Хупер не согласился, сказав, что римская церковь — не церковь Христа, а папа — не глава его последователей. Что же касается помилования королевы, то он бы с радостью это принял, «если бы милость согласовывалась с его совестью и не гневила Бога».
Хупера вывели на сожжение 9 февраля, в «хмурое холодное утро». Он стоял на высоком табурете и смотрел на собравшуюся толпу, в которой «редко кто не плакал и не горевал», а затем углубился в молитву. Его занятие прервал палач, попросивший прощения. Хупер ответил, что не видит, за ним никакой вины. «О, сэр! — сказал палач. — Я назначен разжечь огонь». «Так делай же свое дело, — сказал Хупер, — и Бог простит тебе твои грехи. А я буду за тебя молиться».
