Активная деятельность испанцев в Японии началась в 1608 году, когда папа римский снял запрет с представителей других стран, разрешив им наряду с Португалией миссионерскую деятельность на Дальнем Востоке. И сразу же францисканские монахи взялись за работу, соперничая с португальскими иезуитами в рвении нести свет истинной веры японцам и одновременно развивать торговлю между Японией и своей страной. Хотя Иэясу и не одобрял миссионерской деятельности испанцев, он был готов с ней мириться в интересах развития торговли в стране. Для того чтобы завязать торговые отношения с Испанией и испанскими колониями, в 1608 году он послал Адамса с дипломатической миссией на Филиппины, поручив ему встретиться там с губернатором и убедить его в выгодности торговли с Японией.
Адамс встретился с губернатором доном Родриго Виверо-и-Веласко и имел с ним беседу. Он так красочно описал перспективы торговли с Японией, что дон Родриго, не откладывая в долгий ящик, написал Иэясу два теплых письма и попросил Адамса лично вручить их вместе с подарками сёгуну, что англичанин и сделал, вернувшись в Японию. Испанцы не замедлили откликнуться на приглашение Иэясу. Теперь галеон, совершавший регулярные рейсы из Акапулько (испанская колония в Новой Испании — современная Мексика) в Манилу на Филиппинах, заходил в Урага, порт на восточном побережье Хонсю. В 1609 году Адамс имел возможность еще раз увидеться с доном Родриго. Корабль, на котором губернатор плыл в июле из Филиппин в Мексику, потерпел крушение у берегов Японии. Во время вынужденной остановки испанца в Японии сёгун оказал ему достойный прием, и в знак благодарности губернатор обязался по прибытии в Мексику приложить все усилия, чтобы способствовать дальнейшему развитию торговых связей между Японией и испанскими колониями в Тихом океане. В связи с тем, что из-за серьезных повреждений корабль дона Родриго не мог продолжать плавание, Иэясу предоставил в его распоряжение другое судно, водоизмещением в восемьдесят тонн, по виду ничем не отличающееся от европейского. Это было то самое судно, которое построил для сёгуна Адамс.
Прибыв в Мексику, дон Родриго выполнил свое обещание, убедив вице-короля направить в Японию посла, которым назначили Нуно де Сотомайора. Однако его дипломатическая миссия была лишь прикрытием для другого задания, полученного от вице-короля Новой Испании капитаном корабля, на котором Сотомайор отплывал в Японию, Себастьяном Вискайно, так же входившим в состав посольской свиты. Задача Вискайно состояла в том, чтобы, во-первых, нанести на карту точные очертания Японии и, во-вторых, найти острова, расположенные к северу от Японии, богатые, по слухам, золотом и серебром.
22 марта 1611 года Вискайно вышел из порта Веракрус и уже через три месяца достиг берегов Японии. Сразу же после вручения сёгуну верительных грамот испанцы попросили разрешения обследовать побережье Японии, с тем чтобы в будущем, I по их словам, любое испанское судно, попавшее в шторм и сбившееся с пути, могло легко добраться до японского порта. Иэясу, приветствовавший готовность испанцев торговать с Японией, незамедлительно дал на это свое согласие. Однако по другим вопросам он не был сговорчив, особенно когда вдохновленный успехом посол заявил, что голландцы, находящиеся в Японии, — бунтовщики, восставшие против законного правительства — испанского короля, и потребовал от Иэясу выдворить их из страны. Сёгун отказался это сделать.
Ситуация была довольно напряженной, так как именно в это время к сёгуну с просьбой продлить торговые привилегии прибыла делегация голландских купцов, возглавляемая Якобом Спексом и Уильямом Адамсом. Голландцы, конечно же, пришли в ярость, узнав о наветах испанцев. Они уговорили Адамса встретиться с Вискайно и потребовать от испанцев объяснений. Адамс увиделся с Вискайно в Урага и договорился с ним о встрече с голландцами для разрешения спорных вопросов. Но по неизвестным причинам эта встреча так и не состоялась, и голландцам пришлось отбыть, так и не получив компенсации за свою оскорбленную честь. Адамс наверняка был рад, что эта история так неожиданно закончилась, так как его положение оказалось весьма щекотливым: он считался посредником не только между голландцами и сёгуном, но и между испанцами и сёгуном, и при таких обстоятельствах встреча, а возможно, и откровенная ссора между обоими торговыми партнерами Японии неизбежно привела бы к большим осложнениям.
Капитан Вискайно был надменным, властным человеком, выказывавшим спесь даже в беседах с сёгуном, чем произвел на японского правителя неблагоприятное впечатление. Иэясу поинтересовался у Адамса, все ли европейцы так высокомерны, как эти испанцы, но Адамс поспешил заверить его в обратном, объяснив, что это особенность одних испанцев, которые в своей гордыне и честолюбии лелеют мечту покорить весь мир. Для осуществления своих коварных планов они проводят очень хитрую политику: в те страны, которые они намереваются захватить, сначала посылают монахов-францисканцев и иезуитов, в чьи обязанности входит обратить как можно больше людей в католичество, затем, когда эта задача успешно выполнена, король Испании отправляет туда войска, и те уже с помощью вновь обращенных (пятая колонна XVI века) быстро завоевывают эту страну для своего монарха.
Адамс поведал, что при помощи такой хитрой тактики испанцы уже подчинили себе огромные территории в Европе, Америке и Азии. А так как голландцев и англичан возмущают цели и методы испанцев, то они совместно борются против этих завоевателей. Адамс высказал также и собственные опасения относительно истинных целей испанцев при картографировании японского побережья. Он считал неблагоразумным разрешать лживому Вискайно продолжать эту работу, утверждая, что ни один европейский монарх не позволил бы такого испанцам, так как ни у кого не возникло бы сомнений: подобное исследование прибрежной линии ведется лишь для того, чтобы обеспечить успешную высадку своих войск при нападении на эту страну.
Иэясу внимательно выслушал мнение Адамса, однако гордо заявил, что испанцев не боится, и если они все же осмелятся напасть на Японию, то будут непременно разбиты, и не стал поэтому чинить препятствия работе по составлению карт. Но труд картографов так и не был закончен, поскольку испанцев больше всего манили к себе таинственные острова, изобилующие драгоценными металлами, и большую часть времени Вискайно тратил на их поиски. Нет надобности говорить, что поиски не увенчались успехом, так как подобные земли существовали только в воображении этих алчных людей. Наконец, совершенно разочарованные неудачей, испанцы в октябре 1613 года покинули Японию. Они отплыли, едва простившись с Адамсом, которого считали виновником своих бед. Испанцы обвиняли Уильяма в том, что он настраивал сёгуна против их миссионерской деятельности в Японии, и полагали, будто именно по его милости им не удалось во многих вопросах склонить Иэясу на свою сторону.
Их злоба не была беспочвенной, так как Адамс, верный протестантскому учению XVI века, терпеть не мог католиков, в особенности испанцев. Позднее португальские и испанские хроникеры с возмущением писали, что Адамс представил в глазах Иэясу папу римского и испанского короля как двух самых страшных разбойников на свете; они называли моряка «ужаснейшим еретиком, какого только можно себе представить». Такую репутацию он заслужил за нескрываемую неприязнь к римскому католицизму.
В 1614 году в Урага произошел забавный случай с одним самоуверенным молодым францисканским монахом, который попытался взять верх над непокорным еретиком. Этот монах в одной из своих душеспасительных бесед с Адамсом старался убедить его, что искренняя вера может творить чудеса. Адамс с презрением высмеял его, и тогда монах, чрезвычайно задетый таким отношением, необдуманно пообещал воочию доказать неопровержимость своих слов. На вопрос, как он собирается это сделать, монах ответил, что пройдет по морю, аки посуху, и докажет всесильность истинной веры. Скептически настроенный Адамс, рассмеявшись, спросил о дате и месте представления, которое он был бы не прочь посмотреть. Монаху пришлось назначить время для своей «морской прогулки». Известие об этом молниеносно разнеслось по всей округе, и когда в назначенный час монах пришел на берег моря помимо Адамса там собрались большая толпа любопытных.
Надо отдать должное мужеству монаха, отстаивавшего свои убеждения, — он сдержал слово и появился на берегу с большим деревянным крестом. С благоговением приложившись к нему, он торжественно вошел в море под любопытным взглядами собравшихся. Но, увы, святому отцу не удалось пройти по волнам — он тотчас же погрузился в пучину. Монах наверняка утонул бы, если бы вовремя не подоспел друг Адамса Мелькиор ван Сантворт, который вскочил в лодку, поплыл за ним и вскоре выудил поборника веры из воды. На следующее утро Адамс пошел навестить незадачливого монаха, дабы осведомиться, как тот себя чувствует после купания. Его ждал довольно холодный прием. Монах продолжал упорствовать в своей теории чудес, утверждая, что чуда не произошло лишь по вине Адамса, чье неверие испортило все дело.