Еще одна экспедиция из Якутска была отправлена под руководством пятидесятника Василия Витязева на Верхнюю Лену. От нее отделился Курбат Иванов с 3 казаками, исследуя дальние притоки. По возвращении он представил прекрасный чертеж и был оставлен при канцелярии, Поярков привлек его к столь важному делу, как составление карт Лены, Витима, Киренги, Алдана, Вилюя, путей к Охотскому морю.
Однако когда прибыли якутские воеводы, назначенные из Москвы, то оказалось, что они, особенно Головин, куда меньше соответствуют своим постам, чем те, кто временно исполнял их обязанности. Приехали они в неспокойное время — в 1641 г. произошло восстание верхоленских тунгусов. Но Головин не придал значения напряженной обстановке в крае, он считал себя прирожденным администратором и вынашивал проект провести перепись якутов и их скота. Люди, давно жившие в Сибири, как и дружественные русским тойоны, настойчиво его отговаривали, но он никого не желал слушать — дескать, я здесь начальник, и как сказал, так и будет. А едва началась перепись, это вызвало возмущение якутов — поползли слухи, будто русские намерены отобрать их скот и обратить народ в рабство. Восстал целый ряд племен, они перебили несколько отрядов сборщиков ясака, осадили Якутск. Головин своей ошибки признавать не хотел. Счел, будто помощники копают под него, срывают его начинания. Обвинил второго воеводу Глебова и дьяка Филатова, что это они подбили якутов на мятеж, абы навредить своему начальнику. Объявил их изменниками и арестовал — на что не имел ни малейшего права.
Впрочем, восстания на Лене были “пустяком” по сравнению с тем, что творилось в южносибирских районах. Тут нападения калмыков, кучумовичей и киргизов следовали беспрестанно, одно за другим. Налетали на русские поселения, осаждали остроги, угоняли полон. Причем старались наносить удары в разгар полевых работ, когда крестьян можно захватить врасплох, в поле. В Москву доносили, что степняки “по все годы в работное и летнее время хлебного жнитва и сенокосу приходят под Красноярск войною, а иные времена… посылают для отгону всякого скота немного своих улусных воровских людей… села и деревни жгут и всякий скот отгоняют, и людей побивают”. Периодически подвергались осадам Красноярск, Кузнецк, Тара. В разные годы были взяты и сожжены Канский, Ачинский остроги, Мурзинская, Утицкая, Камышевская слободы, сотни людей угнаны в рабство.
Вся жизнь здесь строилась по принципам военного быта. Сохранилось множество челобитных с просьбами об “обережении”, усилении гарнизонов. Но войск не хватало. И крестьяне сами вооружались, даже на работы отправлялись с оружием. На полях возводились временные острожки — укрыться в случае налета. В деревнях и слободах строились сторожевые башни, надолбы, палисады. Вырабатывались комплексные меры защиты. Отлаживалась станичная и сторожевая служба казаков, а защищенные стенами слободы и острожки объединялись в общую обширную систему, дымами и другими сигналами предупреждая друг друга об опасности, вызывая соседей на помощь. Хотя самым эффективным средством оказывались контрудары, ответные походы в степь силами одного или нескольких городов. Не всегда они получались удачными, порой русские и их союзники из ясачных терпели поражения. Но важно было приучить степняков к мысли — что ни один их набег не останется безнаказанным.
И в 1642 г. были достигнуты значительные успехи в борьбе с енисейскими киргизами. В начале этого года атаман Е. Тюменцев организовал лыжный поход из Красноярска, разгромив кызыльских, ачинских и аринских “непослушников”. А летом красноярцы собрали отряд под командованием С. Козловского и М. Кольцова, на подмогу прибыли служилые из Томска, и объединенные силы выступили вверх по Енисею — конница берегом, а пехота на стругах. За р. Белый Июс обнаружили войско киргизов, укрепившихся лагерем на горе. И хотя противник был вооружен пищалями, ожесточенно отстреливался, лагерь взяли штурмом и киргизов разбили наголову, вынудив заключить мир.
На Лене с восстанем тунгусов тоже кое-как справились, и чтобы упрочить царскую власть в их краях, был построен Верхоленский острог. Удалось замирить и якутов. Количество русского населения на Лене быстро росло. Сюда двинулись частные охотничьи артели, через таможню Якутска ежегодно проходило до тысячи “промышленных людей”. Кроме соболя, добывали на вывоз шкурки лисицы, горностая, бобра. Остальное — песец, белка, медвежьи шкуры, не окупали расходов по добыче и транспортировке в Россию. Их если и брали, то для местного использования. Очень выгодной тут была и торговля. Товары, стоившие копейки в Европейской России и Западной Сибири, в восточных краях, которые только-только осваивались, ценились в десятки раз дороже. И в Якутии появились приказчики крупных купцов Светешникова, Гусельникова, Ревякина, Усовых. Они, в свою очередь, нанимали промышленные артели, организовывали экспедиции. Одним из самых дефицитных товаров был хлеб — и высокие цены на него способствовали появлению на Верхней Лене земледельческих хозяйств. Как раз тут, в устье Киренги, угнездился бывший крестьянин Ерофей Хабаров. В начале 1640-х гг у него было уже 26 десятин распаханной земли, кузницы и соляные варницы, где трудились десятки наемных работников.
Дальнейшее развитие получило полярное мореходство. Отчалив из Мангазеи, стрелецкий десятник Василий Сычев из р. Пясины по волокам проник в южную часть Таймыра, в Хатангу и Хатангский залив, достиг р. Анабар, где построил зимовье. Совершил несколько плаваний в море Лаптевых, открыв остров с лежбищем моржей (о. Бегичева). В ХХ в. на этом острове были обнаружены развалины избы, 5 стрелецких секир и другие предметы XVII столетия. И шахматы. Точно такие же, какие были найдены при раскопках Мангазеи. Как видно, землепроходцам были отнюдь не чужды интеллектуальные развлечения. Таким образом из Мангезеи были установлены два пути — морской, огибая Таймыр, и волоковый, через Пясину и Хатангу. И эти пути продолжились дальше на восток — к Лене. То, что подобные плавания совершались регулярно, свидетельствуют и документы Якутской приказной избы, и археологические находки — уже в советское время были найдены останки неизвестной экспедиции, шедшей из Мангазеи в этом направлении.
Воевода Головин, несмотря на свои личные и административные качества, тоже занялся географическими исследованиями. Он поддержал инициативу казачьего десятника Михаила Стадухина, который за свой счет организовал отряд из 16 чел. для похода на Индигирку. Через Верхоянск достигли этой реки, соединились с партией Дениса Ерилы и отправились на приток Индигирки — Оймякон. Здесь землепроходцы установили хорошие отношения с тунгусским родом князьца Чона, собирали ясак. А Андрея Горелова с несколькими казаками послали “на Ламутские вершины” — в горную страну к югу от Оймякона. Группа перевалила хребет Черского и попала в долину р. Охоты. И чуть-чуть разминулась с отрядом Москвитина, который в это время только еще возвращался с Тихоокеанского побережья.
Но Горелов до моря немного не дошел, был остановлен враждебными действиями местных эвенов. В стычках казаки взяли в аманаты их князьца Чюна, сообщившего ценные сведения о р. Охоте, которая “пала в море”, однако пленение вождя лишь подлило масла в огонь. Эвены собрали войско и навалились всеми силами. Горелову пришлось отступать, отражая атаки. Противники не отставали, шли по пятам. И когда группа вернулась на Оймякон к отряду Стадухина, войско эвенов было тут как тут. Обрушилось на русских и осадило их в острожке. Как потом доносили казаки царю, “и мы, холопи твои, с ними бились, из оружия стреляли”. Стадухинцам пришлось туго. Тучи неприятельских стрел убили почти всех коней, а все люди были ранены, иные по несколько раз. Держались уже из последних сил. Выручили их ясачные союзники. В критический момент подошли якуты тойона Удая — в доспехах, с луками и пальмами (мечами на древках), а князец Чон привел своих вооруженных тунгусов. Разыгралось сражение, в котором погиб Удай, полегло немало ясачных, но эвенов отбили. Они ушли обратно на Охоту, а по пути мстили, разоряя становища и угоняя оленей. Легко раненных Дениса Ерилу и Ивана Кислого Стадухин послал в Якутск с донесением и “казной”, а сам остался на Оймяконе.
А экспедиция Дмитрия Зыряна, перебравшись с Яны на Индигирку, совершила в это время поход на Алазею. Тоже не без приключений. На нее напали юкагиры-алазеи, окружили и теснили. В бою удалось убить местного князьца Невгоча, и юкагиры отступили. Но когда русские поставили свой острожек, приехал алазейский шаман Омоганей и начал поносить пришельцев (очевидно, с целью навлечь на них проклятие здешних духов). Казаки по отношению к духам оказались людьми не трусливыми, шамана схватили “за невежество” и посадили в аманатскую избу. Юкагиров это возмутило, и они нахлынули снова. Штурмовали, “ломились в острожек”, их отбивали ружейными залпами. И лишь после второго поражения алазеи согласилось платить ясак.