15 июля Мустафа во главе янычар начал штурм Сан-Сан-Анжело то время как алжирские и триполитанские пираты устремились на штурм форта св. Михаила Благодаря мужеству и упорству защитников крепости штурм провалился. Следующая попытка была предпринята 7 августа, но и она закончилась провалом. После этого Мустафа посылал свои войска на штурм с обречённым постоянством. В конечном итоге даже янычары разуверились в возможности захвата мальтийских укреплений и лишь понукаемые угрозами шли на штурм. Попытки осуществить подкоп под крепость и взорвать стены не увенчались успехом — крепость стояла на скале, и турецкие инженеры не смогли пробиться сквозь толщу скальной породы.
Чем дольше турецкая армия находилась на Мальте, тем быстрее приближался период штормов. Мустафа был готов провести зиму на острове, надеясь взять осаждённых измором, но против этого выступил Пиали-паша Он заявил, что флот не может находиться в ненадёжных гаванях острова, а самая удобная бухта острова простреливается рыцарями из крепости. Таким образом, перед главнокомандующим встал выбор — или остаться на острове на свой страх и риск, без поддержки флота, или эвакуироваться.
Последний штурм Мустафа назначил на 7 сентября. К тому времени защитники крепости были настолько истощены бесконечными штурмами, что могли и не выдержать решительного натиска турок Однако 5 сентября стало известно, что им на помощь спешит девятитысячная армия вице-короля Сицилии. Защитники крепости внезапно воспряли духом и готовились с новой силой бороться с врагом.
Несмотря на то что турецкая армия всё равно была больше испанской, одного известия о приближении к осаждённым свежих подкреплений было достаточно, чтобы посеять панику среди турецких солдат. В конечном итоге Мустафа отдал приказ возвращаться домой, и турецкая армия, погрузившись на корабли, отплыла с острова.
Великая осада Мальты дорого обошлась туркам — четверть турецкой армии полегла на поле битвы. Однако и для Мальтийского ордена это было великое испытание: 250 рыцарей — цвет европейского дворянства — пали под турецкими ятаганами, от многих укреплений остались только развалины. Но главная цель была достигнута — турецкой армии был дан хороший урок Череда бесконечных побед была закончена, и отныне турки были вынуждены перейти к обороне, ограничиваясь, как прежде, лишь разбойными набегами на христианские владения.
Гибель Драгута при осаде Мальты привела к очередным перестановкам в североафриканских владениях Османской империи. Когда в 1568 году, после смерти сына Хайреддина Хасана, освободилась должность бейлербея Алжира, Пиали-паша предложил султану кандидатуру Улуджа-Али. К тому времени этот бывший протеже Драгута уже был достаточно известен среди мусульманских пиратов. Итальянец по происхождению, настоящее имя которого Джованни Диониги Галени, должен был стать священником, однако в 1536 году попал в плен к Али-Ахмеду, одному из капитанов Хайреддина Благоразумный юноша после нескольких лет на галерах осознал, что смена религии даст ему свободу, поэтому сменил католицизм на ислам, а заодно и получил новое имя Улудж-Али. Занявшись морским разбоем среди алжирских пиратов, он быстро продвигался по карьерной лестнице, пока не стал капитаном собственной галеры и одним из самых безжалостных капитанов алжирского флота После смерти Хайреддина он перешёл под командование Драгута, участвуя в его рейдах на итальянское и испанское побережье. В 1565 году он получил титул бейлербея Александрии и участвовал в осаде Мальты. Именно ему выпала честь доставить тело своего командира в Триполи и предать его земле. Поскольку титул триполитанского паши оказался вакантен, Улудж-Али с позволения султана занял его и в течение нескольких лет руководил набегами пиратов на побережье Сицилии, Калабрии и Неаполя.
Обширный послужной список и множество побед сделали Улуджу-Али преемником Хайреддина и Драгута, поэтому султан Селим II недолго колебался при выборе нового правителя Алжира Чтобы оправдать выбор своей кандидатуры, новый бейлербей решил по примеру своих предшественников попытать счастья при захвате Туниса Правивший там Хамид не был любим народом за то, что признавал себя испанским вассалом. Улудж-Али решил воспользоваться этим и с пятитысячной армией вторгся в Тунис Хамид не смог организовать сопротивление и сбежал в Испанию, в поисках поддержки у Филиппа II.
Летом 1570 года султан призвал Улуджа-Али в Константинополь для участия в совместной экспедиции против испанцев. Выполняя волю повелителя, алжирский бейлербей собрал свою эскадру и направился в столицу. По пути, возле мыса Пассаро, он встретил четыре мальтийских галеры под командованием Франциско де Сент-Климента, капитан-генерала Мальтийского ордена Они перевозили большую денежную казну и стали настоящим подарком для пиратов.
Силы двух сторон были неравны, и три галеры стали добычей Улуджа. Шестьдесят рыцарей попали в плен, что стало настоящей катастрофой для сил Ордена Сам Сент-Климент избежал плена и на оставшейся галере благополучно вернулся на Мальту. Слухи о поражении вызвали гаев толпы, и Сент-Клименту с трудом удалось спастись от линчевания. Однако магистр был вынужден передать его суду. За малодушие и предательство он был приговорён к смертной казни. Его тайно задушили в камере, тело зашили в кожаный мешок и бросили в море.
Между тем победа у мыса Пассаро заставила Улуджа-Али изменить свои планы. Он взял обратный курс на Алжир, чтобы с размахом отпраздновать свою победу.
Впрочем, далеко не всем нравилось правление нового бейлербея. Задержки с денежными выплатами заставили янычар из алжирского гарнизона поднять мятеж. Улудж-Али не стал наказывать янычар, на ятаганах которых держалась его власть, а поступил в свойственной для него манере. Он передал янычарам свои галеры и позволил им грабить всех, кого они встретят на своём пути, в качестве платы за службу.
Подавив сопротивление в своих владениях, он был вынужден подчиниться приказу султана и отправился к берегам Морей для объединения сил с флотом Али-паши, который готовился сокрушить последние очаги сопротивления в Греции. Объединённый флот направился к самой крупной из колоний Венеции — Кипру. Султан давно хотел завоевать этот остров и вскоре нашёл повод для объявления войны. Улудж-Али участвовал в переправке турецкой армии. 3 июля 1571 года турки высадились на Кипре и вскоре осадили Никосию — главный административный центр острова.
Ещё до захвата Кипра папа римский Пий V обратился к европейским монархам с просьбой о помощи. На призыв откликнулся испанский король Филипп II. Он снарядил большой флот под командованием Джованни Дориа. Свой контингент предоставили и некоторые итальянские государства во главе с неаполитанским Великим констеблем Марко Антонио Колонной. К испанскому флоту присоединился венецианский, во главе с Джовани Зане. В общей сложности объединенная армада насчитывала 206 кораблей, из которых 12 были галеасами, а все остальные боевыми галерами. Они должны были перевезти 48 тысяч солдат для оказания помощи венецианцам, сражавшимся на Кипре. Если бы среди руководителей этой экспедиции было хоть какое-то единство, они могли бы сокрушить турок, но единства не было. Пока союзники пререкались, турки получили подкрепления, и 9 сентября Никосия пала. Однако сопротивление продолжала Фамагуста, где укрепился шеститысячный венецианский гарнизон под командованием Марко Антонио Брагадино. Турецкая стотысячная армия начала бесконечные штурмы этой крепости. Видя бесперспективность сопротивления, 31 июля Брагадино согласился на капитуляцию.
Брагадино сдал крепость на обычных для того времени условиях. Поскольку турки не смогли взять крепость штурмом, венецианцам должны были позволить беспрепятственно покинуть город и отплыть на Крит. Однако в реальности всё пошло не так, как намечалось. Когда командующий турок Мустафа-паша принимал капитуляцию, он внезапно начал обвинять венецианцев в убийстве турецких военнопленных, а затем выхватил нож и отрезал венецианцу ухо. Это был условный сигнал, после которого слуги Мустафы-паши схватили венецианца и отрезали ему другое ухо и нос Одновременно началось избиение христиан в городе. Брагадино же сначала бросили в тюрьму на две недели, где он должен был с гноящими ранами носить на спине мешки с землёй и камнями. Затем его привязали к стулу и подвесили на рее флагманского корабля турецкого флота, на посмешище матросам. В конечном итоге его привели на место казни — главную площадь Фамагусты, где с него живьём содрали кожу. После казни кожу набили соломой, зашили и повесили для развлечения толпы, а затем в качестве подарка отправили султану. Отрубленные головы других венецианских офицеров были развешены на реях венецианских кораблей.
