По причине исключительного стратегического положения территорий, контролируемых Байракдаром Мустафа-пашой, на нем лежала большая ответственность и он получал щедрые вознаграждения. В конце кампании 1807 года несколько государственных деятелей высокого ранга, которые в момент низвержения Селима находились на Дунайском фронте, решили не возвращаться в Стамбул, а остаться вместе с Байракдаром Мустафой в Руссе. Будучи сторонниками «нового порядка», они планировали возобновить преобразования, предпринятые низверженным султаном. Когда Байракдар Мустафа услышал о том, что соперничавшие с ним дунайские аристократы приглашены вернувшимся с войны великим визирем Челеби Мустафа-пашой в Эдирне, он выступил в направлении этого города с десятитысячным войском. Подобная демонстрация силы нагнала страх не только на местное население, но и на жителей Стамбула. Благодаря одному своему стороннику, выступившему в роли посредника, он достиг взаимопонимания с великим визирем, который, надеясь разрядить эту потенциально опасную ситуацию, выслал соперников Байракдара Мустафы из Эдирне, а его самого пригласил в город под предлогом обсуждения состояния армии. Султан Мустафа не ожидал таких действий от Челеби Мустафы и не давал ему на них разрешение. Он не мог понять, почему в разгар войны с Россией Байракдар Мустафа перестал выполнять свои обязанности на фронте (хотя в августе 1807 года после Тильзитского договора было заключено перемирие на русско-турецком фронте).
На самом деле Байракдару Мустафа-паше было что сказать о положении дел в Дунайской армии. В неутешительном докладе, направленном заместителю великого визиря в Стамбуле 4 июля 1808 года, он жаловался на нехватку войск (как и во время предыдущей войны, на службу прибыла лишь часть затребованных войск) и плохое снабжение: когда закончились имевшиеся на месте запасы продовольствия, а потом и те, которые были направлены из других районов Балкан, армия стала испытывать такую нехватку провизии, что ему, чтобы накормить своих солдат, пришлось воспользоваться сельскохозяйственной продукцией из своих собственных поместий. Более того, за свой счет (и немалый!) он закупил продукты у крестьян с северного берега Дуная. Он указывал на то, что турецкие крестьяне страдают от тех повинностей, которыми их облагают и, следуя примеру сербов (восстание которых тогда было в самом разгаре), отказываются обеспечивать армию продуктами и фуражом. Без войск, провизии и денег, утверждал он, невозможно вести войну с Россией. Он язвительно отзывался о многочисленных гражданских лицах, которые сопровождают армию, и особо жаловался на то, что 30 000—40 000 солдат считали для себя обязательным сопровождать священное знамя, «чтобы произвести впечатление на врага», причем все они требовали, чтобы их кормили. Еще за год до этого он предлагал или вообще не брать с собой священное знамя, или хотя бы оставить его в Эдирне, но все было тщетно. Солдаты, утверждал он, нужны для сражений.
В словах Байракдара Мустафа-паши явно ощущалось недовольство. Он подчеркивал, что не отправился бы в Эдирне, если бы не считал необходимым обсудить эти вопросы с великим визирем — каждый час, писал он, стоит ему денег. Его единственной целью является благоденствие государства и служение султану. И для русского, и для сербского фронтов ему нужны запасы продовольствия и войска (в том числе и ополчение, которое он считал важнейшим компонентом действующей армии), причем немедленно. Он полагал, что дисциплина является одной из главных проблем, препятствующих военным усилиям Османской империи, и рекомендовал назначить на все участки Дунайского фронта опытных визирей, чтобы координировать действия всех войск, которые находятся под его командованием. Ему нужны были надежные, боеспособные войска, а не тысячи тех, кого он считал никчемными бумагомарателями. Другой серьезной проблемой, указывал Байракдар Мустафа, является дезертирство, в особенности среди солдат из Анатолии.
Как и многие недовольные провинциалы до него, Мустафа-паша изъявил желание лично засвидетельствовать свое почтение султану. Даже если бы великий визирь и хотел этому воспрепятствовать, он не смог бы ничего сделать. Поэтому он написал письмо одному из ближайших доверенных лиц султана Мустафы, черному евнуху, в котором поведал о намерениях Байракдара Мустафы, но эти намерения уже стали свершившимся фактом. Пытаясь каким-либо способом задержать прибытие Байракдара Мустафы в Стамбул, шейх-уль-ислам Атаулла-эфенди и заместитель великого визиря предложили султану написать великому визирю письмо с напоминанием о том, какие традиционные обряды следует соблюдать, когда священное знамя вместе с армией возвращается в Стамбул. Независимо от своих личных мнений, они твердо решили не провоцировать конфронтацию, единственным результатом которой стало бы кровопролитие. Из ответа великому визирю стало ясно, что Байракдар Мустафа получил от султана разрешение вернуться в город.
Как раз когда Байракдар Мустафа подходил к Стамбулу, был пойман и убит Кабакчи Мустафа (неясно, кто отдал приказ его казнить: то ли Байракдар Мустафа, то ли султан Мустафа). 19 июля 1808 года шейх-уль-ислам и заместитель великого визиря вместе со свитой выехали из Стамбула, чтобы сыграть свою роль в церемонии приема священного знамени у возвращающейся армии. Султан Мустафа направился к традиционному месту проведения церемонии, расположенному западнее Стамбула, неподалеку от плаца Дауд-паши, и официально принял знамя от великого визиря Челеби Мустафа-паши. Передав его знаменосцу, он вернулся во дворец, прежде чем там появился Челеби Мустафа. Хотя Байракдар Мустафа тоже прибыл к этому месту, он оставался в своем шатре и не наблюдал за ходом церемонии.
Несмотря на задержку, случившуюся благодаря церемонии приема священного знамени у возвращавшейся армии, султану и его советникам все же не хватило времени выработать план противостояния Байракдару Мустафе-паше. Спустя два дня Байракдар Мустафа вошел в город, жители которого с замиранием сердца ожидали, что же произойдет. Сначала он направился в канцелярию великого визиря и там отстранил от должности Челеби Мустафа-пашу за то, что он нарушил пакт, который они заключили в Эдирне с целью восстановления на троне султана Селима. Байракдар Мустафа все время умело использовал Челеби Мустафу в своих целях, и в конце концов он его перехитрил. По приказу Байракдара Мустафы шейх-уль-ислам Атуалла-эфенди и другие священнослужители высокого сана были смещены и отправлены в ссылку. Затем Байракдар Мустафа направился со своими солдатами во дворец и потребовал предъявить бывшего султана. Придворные султана Мустафы хорошо понимали, чем это может закончиться, и сообщили своему владыке то, о чем он уже знал: пока Селим жив, его собственное положение будет шатким. Желая заставить Селима предстать перед султаном Мустафой, его люди проникли в покои смещенного султана, и, когда тот отказался выйти, они его убили. Войдя во дворец, Байракдар Мустафа понял, что он опаздал. Он спросил нового шейх-уль-ислама, можно ли по-прежнему считать законным правителем султана Мустафу, который является убийцей невинного. Получив вполне предсказуемый ответ, он привел брата Мустафы, находившегося в своих покоях Махмуда. Байракдар Мустафа и все высшие государственные деятели принесли клятву верности новому султану, Махмуду И, который предложил Байракдару Мустафе забрать у Челеби Мустафы-паши должностную печать великого визиря. После некоторых колебаний тот согласился принять награду. Чиновников, которые несли ответственность за убийство Селима, казнили, а их головы выставили у наружных ворот дворца, причем у каждой из этих голов находилась табличка, уведомляющая о том, что это «вероотступники и государственные изменники, посмевшие замучить султана Селима». Еще одной жертвой восхождения Байракдара Мустафы стал Тайяр Махмуд-паша. Его стремительный взлет во время правления Мустафы оказался непродолжительным. Султан Мустафа отправил его в ссылку во Фракию, но вскоре назначил комендантом крепости Варна, расположенной на берегу Черного моря, южнее Дуная. Его казнили после того, как султан был низвергнут.
Всех удивило внезапное смещение Мустафы IV и восхождение на трон двадцатитрехлетнего принца Махмуда, который стал султаном 28 июля 1808 года. Он не располагал естественными союзниками и был лишь пешкой в руках Байракдара Мустафа-паши, который прибыл в Стамбул, чтобы вновь сделать Селима султаном. Через два месяца после того, как Махмуд вступил на престол, Байракдар Мустафа председательствовал на необычном собрании, участниками которого стали члены правительства, в том числе командиры султанских полков и шейх-уль-ислам, а также некоторые из влиятельных провинциальных аристократов, каким некогда был и сам Байракдар Мустафа. Всего на этом собрании присутствовало 25 человек.
