К маю 1964 года в заговор с целью смещения Хрущева были уже вовлечены десятки людей, в том числе и некоторые руководители республик. В частности, среди заговорщиков оказались 1-е секретари ЦК КП Армении и Грузии Заробян и Мжаванадзе. Однако они не были ни кандидатами, ни членами Президиума ЦК КПСС, в то время как Шараф Рашидов был. Поэтому вполне вероятно предположить, что Рашидов наверняка мог быть посвящен в этот заговор, тем более что он, как мы помним, в последнее время чуть ли не в открытую конфликтовал с Хрущевым (взять, к примеру, ту же историю с писателем Овечкиным). Можно предположить, что посвятил Рашидова в заговор Брежнев, у которого с ним были давние связи — еще со второй половины 50-х, когда Леонид Ильич занимал пост 1-го секретаря ЦК КП Казахстана. Теперь же Брежнев был секретарем ЦК, на которого фактически замыкалась работа с руководителями республик и обкомов, что, естественно, облегчало ему общение с республиканскими лидерами.
Пока в Москве зрел заговор против Хрущева, в Узбекистане произошел ряд кадровых рокировок. Так, в декабре 1963 года Москва заменила председателя КГБ при Совете Министров УзССР: вместо Г. Наймушина в Ташкент прибыл С. Киселев. Отметим, что если Наймушин (как и предыдущие председатели КГБ) был кандидатом в члены Бюро ЦК КП Узбекистана, то Киселеву такая честь оказана не была, что явно указывало на то, что Хрущев продолжает держать госбезопасность на некотором расстоянии от партийных органов.
В середине марта 1964 года произошли кадровые изменения в составе другого силового ведомства — МВД. Там Рашидов поменял министра внутренних дел, заменив кадрового милиционера Т. Джалилова кадровым чекистом Хайдаром Яхъяевым. Отметим, что последний был на десять лет моложе Рашидова и являлся его земляком — самаркандцем.
В 1945 году, когда Рашидов работал секретарем Самаркандского обкома по кадрам, он короткое время занимал должность заведующего общим отделом Самаркандского райисполкома. Оттуда его перевели на работу в органы государственной безопасности. Чуть позже Яхъяев заочно окончил филологический факультет Самаркандского госуниверситета (как мы помним, в этом же вузе, но чуть раньше, учился и Рашидов). В 1961 году Яхъяев возглавил УКГБ по Сурхандарьинской области, а три года спустя Рашидов назначил его министром внутренних дел.
Между тем заговор против Хрущева сохранить в тайне не удалось. О нем узнал сотрудник 9-го управления КГБ СССР (охрана высокопоставленных деятелей) Василий Голюков и попытался дать знать об этом Хрущеву. Но тот ему не поверил. И продолжил отдых в Крыму, вместо того, чтобы вернуться в Москву и попытаться нейтрализовать заговорщиков. В итоге те за его спиной назначили Пленум ЦК КПСС и вызвали Хрущева в Москву.
Что касается Рашидова, то он в дни накануне Пленума находился в Узбекистане. 29 сентября он устроил в Ташкенте прием в честь участников Всемирного форума молодежи, а б октября принял делегацию руководящих работников Компартии Норвегии. И только в десятых числах вылетел в Москву. 13 октября он уже присутствовал на заседании Президиума ЦК КПСС, где весь его состав выразил вотум недоверия Хрущеву. Говорят, особенно жестко на том заседании вел себя член Президиума, Председатель Совета Министров РСФСР Геннадий Воронов, который на реплику Хрущева «Ведь все мы здесь друзья», ответил: «У вас здесь нет друзей!» Воронов был прав, причем в широком смысле: в политике никогда друзей не бывает — есть лишь соратники.
На том заседании высказались все присутствующие, в том числе и Рашидов. К сожалению, в стенограмме того заседания его речь дана лишь тезисно. Поэтому приведу только некоторые пункты из этого выступления: «В вашем характере — противоречивость: в выступлениях — одно, а в действиях — другое»; «Надоели ваши реорганизации»; «Товарищей унижаете»; «Все с вашим именем связывают». В конце выступления Рашидов согласился с мнением большинства — Хрущева надо отправить в отставку. На следующий день состоялся Пленум ЦК КПСС, который это решение утвердил. Хрущев одновременно лишился постов Первого секретаря ЦК КПСС (им стал Леонид Брежнев) и Председателя Совета Министров СССР (на этот пост был назначен Алексей Косыгин), с этого момента превратившись в пенсионера союзного значения.
Стоит отметить, что новость о смене руководства страной была воспринята большинством населения с удивительным спокойствием. Что неудивительно, поскольку к тому времени авторитет Хрущева в народе уже находился на самой нижней отметке и поддерживался по сути искусственно — благодаря средствам массовой информации. Поэтому его уход с политической арены не вызвал у большинства людей даже намека на какое-либо сочувствие.
Вернувшись на родину, Рашидов практически сразу включился в работу: 19 октября он уже выступал на партийном активе в Аккургане, где хвалил местное руководство и население за выполнение плана заготовок хлопка. Впрочем, и в целом по республике этот план был в том году выполнен на 106,4 %: было собрано 3 миллиона 670,7 тысяч тонн хлопка. Отметим, что впервые в истории хлопководства план хлопкозаготовок был выполнен и перевыполнен всеми областями республики и Каракалпакской АССР, почти всеми районами и большинством хлопкосеющих хозяйств. Это был своеобразный подарок хлопкоробов Узбекистана своей республике, которая в ноябре отметила 40-летие. По этому поводу 20 ноября в Доме искусств в Ташкенте состоялось торжественное заседание ЦК КП Узбекистана и Верховного Совета УзССР, где с приветственной речью к собравшимся обратился новоиспеченный руководитель партии Леонид Брежнев. Его приезд в Ташкент наглядно сигнализировал о том, что Узбекистан на хорошем счету у Москвы, а Рашидов — лично у Брежнева.
В своей речи высокий гость из Москвы привел некоторые факты того, как Узбекистан активно участвует в политическом, экономическом и культурном развитии страны. Например, Брежнев сообщил, что в Узбекистане имеются свыше 100 отраслей промышленности и республика экспортирует свою продукцию в 58 зарубежных стран. Узбекские заводы выпускают больше сельскохозяйственных машин, чем все страны Ближнего и Среднего Востока вместе взятые.
23 ноября был проведен Пленум ЦК КП Узбекистана, который, выполняя установки Москвы, утвержденные на ноябрьском Пленуме ЦК КПСС, ликвидировал хрущевские начинания: вновь объединил промышленные и сельские областные, краевые парторганизации. В республике были созданы единые областные партийные организации, а партийные комитеты производственных колхозно-совхозных управлений были реорганизованы в районные комитеты партии. Были также упразднены промышленно-производственные (зональные) партийные комитеты, а в руководстве ЦК КП Узбекистана ликвидировали два Бюро: по руководству промышленностью и строительством и по сельскому хозяйству. Соответственно были выведены из Бюро ЦК и оба их руководителя: Н. Мартынов и Н. Худайбердыев (последнего назначат министром сельского хозяйства УзССР).
Тем временем даже приезд в Узбекистан нового руководителя союзного ЦК не смог уберечь Рашидова от серьезного испытания — именно тогда кресло под ним серьезно зашаталось. Причем случилось это практически сразу после ноябрьских торжеств и отъезда Брежнева в Москву. Что вполне закономерно. Как станет известно чуть позже из многочисленных воспоминаний деятелей тогдашнего советского руководства, назначение Брежнева 1-м секретарем союзного ЦК было компромиссным решением различных властных группировок в Кремле. И для большинства руководящих партийных деятелей в стране не было секретом, что Брежнев является временной фигурой, а поэтому не может обладать всей полнотой власти в кремлевских верхах. Отсюда его приезд в Узбекистан и выказанная поддержка хозяину республики не стали поводом к тому, чтобы недоброжелатели Рашидова отставили в сторону планы по его смещению.
Судя по всему, оппозиция главным образом рассчитывала на то, что падение Хрущева вызовет «принцип домино» — то есть автоматическую смену большинства руководителей в республиках. Причем без оглядки на то, какие отношения связывали каждого из них с низложенным Первым секретарем (как мы помним, в последнее время отношения Хрущева и Рашидова были натянутыми). Думать так у оппозиционеров причины были: спустя месяц после низложения Хрущева в соседнем Казахстане сменилось руководство: вместо Исмаила Юсупова в кресло 1-го секретаря сел Динмухамед Кунаев.
Был ли влиятельный сторонник (или сторонники) в Москве у узбекских оппозиционеров, сказать трудно. Хотя, учитывая, что у Рашидова имелись реальные недоброжелатели как в ЦК КПСС, так и в высшем партийном ареопаге, сбрасывать эту версию со счетов не стоит. С другой стороны противники Рашидова, видимо, рассчитывали на то, что Москва в тот момент слишком занята дележкой власти в Кремле, поэтому не станет вмешиваться в процесс смены руководства в Узбекистане.