Многие исследователи определяют учение Эскрива как католический вариант кальвинизма. Вместе с тем некоторые еврейские источники указывают на его близость к иудаизму. Это, например, утверждает Анхель Крейман, бывший главный раввин Чили и вице-президент Всемирного совета синагог, являющийся сотрудником "Опус Деи". В своем выступлении на посвященном Эскрива конгрессе, состоявшемся в Риме в 2002 г., он, в частности заявил: "Многие идеи Хосе-марии Эскрива вызывают в памяти талмудические традиции и демонстрируют его глубокое знание мира евреев, а также его страстную любовь, о которой он открыто говорил, к двум евреям - Иисусу и Марии... Более всего его учение уподобляется иудаизму в призыве к людям служить Богу своей созидательной работой, каждый день совершенствовать мироздание (в каббалистической доктрине - Tikkun Olam - "восстановление мира" путем совершенствования работы").
В связи с этой близостью орденского учения к талмудической традиции оппоненты Эскрива иногда критиковали его и "Опус Деи" за "тайный иудизм". Боле того, в 1994 г. колумбийское издательство Orion Publications выпустило книгу "Opus Judei" (автор взял псевдоним Хосе Мария Эскрива), в которой прослеживаются связи между финансовыми операциями "Опус Деи" и "международным сионизмом" и утверждается, что символика и терминология ордена по большей части заимствована из иудейских кабалистических обычаев.
Другая особенность "Опус Деи", обеспечивающая крайнюю эффективность его работы, заключается в том, что он создан по модели секты, в которой жесткая структура управления, централизованное иерархическое устройство и железная полувоенная дисциплина (полное подчинение духовному руководству) сочетаются с сетевым типом организации. Орден основан на строго клерикальной и иерархичной конституции, в которой священники, объединенные в Священническое общество Святого Креста, играют определяющую роль и заняты просвещением мирян. Дисциплина выражается в строгом подчинении своему начальнику, в соответствии с указаниями Эскрива: "Миряне могут быть только учениками", "если ты хочешь спастись, подчиняйся", "повинуйся, как повинуется инструмент в руках артиста, не останавливающийся перед тем, чтобы размышлять". В результате члены "Опус Деи" оказываются в закрытом, замкнутом мире, будучи абсолютно уверены, что именно здесь они достигают полной свободы самореализации. Характерно, что когда в 1986 г. Святой престол опубликовал материал "Сектантский феномен или новые религиозные движения: вызов священникам", посвященный анализу протестантских евангелических организаций, Американская ассоциация бывших членов "Опус Деи" (ODAN) заявила, что критерии, установленные Ватиканом для определения сект, полностью применимы к ордену Эскрива. В некоторых европейских государствах, парламентарии также рассматривают "Опус Деи" как секту (в частности, в Бельгии).
Все члены общества подразделяются на Три ступени: нумерарии (священники и миряне) - штатные, являющиеся полными членами организации и выполняющие руководящие функции, обладающие университетским образованием, живущие в целибате, соблюдающие все обеты и правила, отдающие весь заработок в пользу организации ордена (20% членов); аггрегати - штатные члены, которые также холосты и отчисляют часть своего заработка (25%); супарнумерарии - сверхштатные, могущие состоять в браке (50%). Наконец, в ордене существует также категория "сотрудников", которые официально не являются членами организации, а числятся ее сторонниками (как Анхель Крейман). В 1950 г. орден получил согласие Ватикана на то, чтобы в списки этих "сотрудников" включались не только нехристиане, но даже неверующие, что резко расширяет круг его охвата.
В соответствии с этой структурой строится вся деятельность ордена, представляющая собой также трехуровневую систему. Главную роль играют официальные центры и учреждения, представляющие духовную прелатуру. Несмотря на то, что число священников не превышает 2,1% членов, они играют определяющую роль и выполняют главные управленческие функции.
Затем идут организации, создаваемые правоверными мирянами, как членами, так и сочувствующими и симпатизирующими ордену. К ним относятся университетские центры, центры профессионального обучения, часто регистрируемые как фонды, культурные центры, ассоциации, институты, где и происходит рекрутирование основной массы молодежи. В названиях этих организаций не присутствует название "Опус Деи", но они связаны с ним теснейшим образом на религиозном уровне. Часто "Опус Деи" берет на себя ответственность за духовные аспекты их деятельности, что указывается в соответствующих проспектах этих организаций ("духовное воспитание доверено "Опус Деи", личной прелатуре Церкви").
И, наконец, третий уровень включает в себя различные финансовые, политические и идеологические учреждения, также создаваемые людьми "Опус Деи", но не связанные с орденом на религиозном уровне. К ним относятся личные фонды, работающие на международном уровне и связанные с банками и промышленными предприятиями, политические клубы и семейные ассоциации. Эти учреждения, создаваемые и в тех странах, где "Опус Деи" не имеет своего представительства, настолько скрытно внедрены в структуру ордена, что их очень трудно распознать. Руководители этих организаций действуют как частные лица, и орден не несет никакой ответственности за их действия. Так что когда "Опус Деи" утверждает, что он служит лишь духовным целям, то с формально-юридической точки зрения это так, хотя на практике дело обстоит иначе". Данная система позволяет ордену проникать в различные сферы и вовлекать в свою деятельность широкий круг людей. По данным самого ордена, в настоящее время если число его членов достигает более 88 тысяч, то в деятельности связанных с ним организаций участвует около 900 тысяч человек.
Уникальная религиозная и организационная дисциплина ордена и его методы "мобилизации" мирян сделали его незаменимым в условиях перехода церкви к "новой евангелизации" в целях преодоления того состояния глубокого внутреннего разъединения и брожения, в котором оказалась церковь в результате либеральных реформ II Ватиканского собора. Речь шла о том, чтобы обеспечить наличие твердого католического ядра, которое гарантировало бы сохранение системы папской власти и ее связей с элитой западного общества в условиях расширяющейся экуменической открытости церкви.
Что касается отношения самого Эскрива к решениям собора, то оно было сугубо положительным. В апреле 1967 г. в интервью нью-йоркскому "Time" он отмечал: "Мы рады услышать, что собор торжественно заявил, что церковь не отметает тот мир, в котором она живет, ни его прогресс, ни его развитие, но что она его понимает и любит". "Что меня также в большой степени порадовало, так это то, что II Ватиканский собор совершенно ясно заявил о божественном призвании мирян. Без всяких претензий я хотел бы сказать, что собор ... подтвердил то, что с Божьей милостью мы практикуем и преподаем в течение стольких лет...". Эскрива не только не препятствовал формально работе Ватикана, но с его ведома и при его поддержке два священника ордена - Портильо и Эрранс - работали в комиссии собора По подготовке документов (Портильо был секретарем подготовительной комиссии по делам мирян и консультантом в некоторых других комиссиях).
Большинство членов "Опус Деи" настойчиво утверждают, что Эскрива опередил "аджорнаменто" и "всеобщий призыв к святости", заявив, что святость не является прерогативой религиозной элиты еще за несколько десятилетий до того, как собор сформулировал это в качестве религиозной доктрины. Эту же мысль высказал и папа Иоанн Павел II, заявив в своем приветственном обращении к студентам в августе 1979 г., что откровение Эскрива "предвосхитило ту теологию мирян, которая характеризовала церковь во время проведения собора и в постсоборный период". Последователи Лефевра в связи с этим позже напишут: "Это не столько "Опус Деи" продолжает дело II Ватиканского собора, сколько наоборот". Еще более красноречиво оценил роль Эскрива не очень благоволивший ему кардинал Джованни Бенелли, правая рука Павла VI, заявивший: "Чем Игнатий Лойола был для собора в Тренте, тем же Хосемария Эскрива был для последнего экуменического собора. Он был рожден для того, чтобы постановления Второго Ватиканского собора стали неотъемлемой частью церковной жизни".
С энтузиазмом восприняв послание собора, Эскрива вместе с тем негативно отнесся к тем вольным интерпретациям, которые, как он считал, извратили принятые решения и восприняли их как возможность разрыва с традицией, что положило начало "периоду безумия". Именно за отказ воспринимать решения собора как право на разрыв с традицией, а никак не в силу его антиреформаторской позиции членов "Опус Деи" в прессе стали называть "консерваторами". Однако Эскрива признавался немецкому кардиналу Иозефу Хеффнеру: "Все это меня не пугает. Так же, как и кризис идентичности, который поразил священников и религиозных людей... Господь и Святой Дух живут и действуют в церкви". Именно свой орден Эскрива рассматривал как настоящую церковь, реально воплощавшую соборные решения и сохранявшую верность католицизму и папе.