Только весною 1763 года в Москве узнали или начали думать о просьбе Ломоносова. 23 апреля императрица писала Олсуфьеву: «Я чаю Ломоносов беден; сговоритесь с гетманом, неможно ль ему пенсион дать, и скажи мне ответ». 2 мая дан был именной указ Сенату о вечной отставке Ломоносова с оставлением по смерть половинного жалованья и с производством в статские советники, но 13 мая указ был вытребован назад из Сената, по каким побуждениям — неизвестно. Быть может, успели внушить, что причиною просьбы Ломоносова об отставке была не болезнь, но неудовольствие, обида, что нельзя жертвовать Ломоносовым какому-нибудь Тауберту. Трудно было не поразиться мыслию, что в Академии уже не будет более Ломоносова; употреблялись все усилия, чтоб вызвать знаменитых иностранных ученых в Академию, и в то же время лишали Академию своей признанной знаменитости! У современников была привычка дурно отзываться об Академии, говорить, что она наполнена иностранцами, бесполезна для России; повторяли обыкновенно слова Ломоносова и забывали о самом Ломоносове, забывали, что в Академии находится русский ученый, который один стоит многих и многих других и которого знаменитая деятельность тесно, неразрывно была соединена с Академиею. Ломоносов без Академии, Академия без Ломоносова были немыслимы. Ломоносова оставили в Академии и в конце года дали ему чин статского советника и назначили жалованья 1875 рублей.
В это время Академия спешила изданием в свет «Древней российской истории» Ломоносова, заказанной ему, как мы видели, Шуваловым. Понятно, что Шувалов и современные ему лучшие русские люди хотели иметь русскую историю, написанную достойным образом, и при этом не могли не обратить взоров на первого писателя времени, с таким успехом испробовавшего свои силы на разных поприщах. Ломоносов не родился историком, не был приготовлен к занятию историею как наукою вообще, тем менее к занятию русскою историею, которая и для него, как для всех его современников, была доступна менее всех других знаний. Историческая наука была только в зародыше на Западе. В России задачу историка поставили, по-видимому, просто, разумея красноречивое описание деяний предков. Ломоносов говорит: «Всяк, кто увидит в российских преданиях равные дела и героев, греческим и римским подобных, унижать нас пред оными причины иметь не будет; но только вину полагать должен на бывший наш недостаток в искусстве, каковым греческие и латинские писатели своих героев в полной славе предали вечности». Не сознавалось, что историческое изложение находится в полной зависимости от научного, философского и политического понимания описываемого как у историка, так и у целого народа в зависимости от научного и политического развития этого народа, от его характера и способностей, от всего строя его жизни; хотели (и долго потом продолжали хотеть и даже теперь хотят) отделить от всего этого так называемое красноречивое, художественное изложение, которое само по себе имело будто бы возможность дать жизнь и красоту историческим лицам и событиям, и получали пышную, ходульную и мертвую фразу, в которой не было ни образа, ни подобия древней жизни.
Не имея возможности изучить вполне русскую историю, Ломоносов, разумеется, не мог уяснить себе ее хода, характера главных явлений, определяющих эпохи; поэтому он не мог представить никакой системы и удовольствовался, как выражается сам, «некоторым общим подобием в порядке деяний российских с римскими, где находит владение первых королей, соответствующее числом лет и государей самодержавству первых самовластных великих князей российских; гражданское в Риме правление подобно разделению нашему на разные княжения и на вольные городы, некоторым образом гражданскую власть составляющему; потом единоначальство кесарей представляет согласным самодержавству государей московских».
Но ясность смысла, какою обладал отец русской науки, видна и в самом слабом его сочинении, именно в решении некоторых частных приготовительных вопросов. Например, он говорит: «Славяне и чудь по нашим, сарматы и скифы по внешним писателям были древние обитатели в России. Единородство славян с сарматами, чуди со скифами для многих ясных доказательств неоспоримо. Имя „скиф“ по старому греческому произношению со словом „чудь“ весьма согласно; не происходит от греческого и, без сомнения, от славян взято». О составлении народов встречаем следующее замечание: «Сих народов, положивших по разной мере участие свое в составлении россиян, должно приобрести обстоятельное по возможности знание, дабы увидать оных древность и сколь много их дела до наших предков и до нас касаются. Рассуждая о разных племенах, составивших Россию, никто не может почесть ей в уничижение. Ибо ни о едином языке утвердить невозможно, чтоб он сначала стоял сам собою без всякого примешения. Большую часть оных видим военными неспокойствами, преселениями и странствованиями в таком между собою сплетении, что рассмотреть почти невозможно, коему народу дать вящшее преимущество».
После таких любопытных и правильных замечаний тем неприятнее для читателя перейти к рассказу Ломоносова о событиях русской истории. В расположении известий оставлена нетронутою бессвязность летописца; но простота и характеристические черты времени, отличающие летописный рассказ, исчезли под цветами новейшего красноречия, под странными определениями и объяснениями; некоторые известия летописца вследствие ходульной постановки совершенно затемнены. По поводу призвания троих князей-братьев и занятия ими трех разных областей Ломоносов говорит: «Таким образом, по единой крови и по общей пользе согласные между собою государи, в разных местах утвердясь, шатающиеся разномысленных народов члены крепким союзом единодушного правления связали. Роптать приобыкшие новгородцы страшились Синеусова вспоможения Рюрику, ибо он обладал сильным белозерским чудским народом, называемым весью. Трувор, пребывая в близости прежнего жилища, скоро мог поднять варягов к собственному и братий своих защищению. И так, имея отовсюду взаимную подпору, неспокойных голов, которые на избрание Рюриково не соглашались, принудили к молчанию и к оказанию совершенной покорности, так что хотя Синеус по двулетном княжении скончался и Трувор после того жил недолго, однако Рюрик в Великий Новгород преселился и над Волховым обновил город».
Битва Ольгина войска с древлянами, в которой маленький Святослав начал дело, описывается так: «Для вящшего ободрения своих войск приемлет (Ольга) в участие военачальства сына своего Святослава, младостию и бодростию процветающего. Пришедших на Искорость встретили древляне вооруженною рукою; и, как обеих сторон полки сошлись к сражению, Святослав кинул копье в неприятеля и пробил тем коня сквозь уши» (в летописи: «Сунул копьем Святослав на древлян, и копье пролетело между ушами коня, ударило в ноги коню, потому что Святослав был ребенок»). Рассказ о крещении Владимира начинается словами: «Приметили во Владимире окрестные народы богопочитательный дух древнего законодавца римского Нумы». Ломоносов довел свою российскую историю до смерти Ярослава I.
Но во время печатания «Российской истории» Ломоносов издал «Первые основания металлургии или рудных дел» и чрезвычайно усердно занимался предприятием, которое постоянно лежало у него на сердце и от которого он ждал великой славы и пользы для России. В день рождения великого князя Павла Петровича, 20 сентября 1763 года, Ломоносов поднес ему как генерал-адмиралу сочинение свое «Краткое описание разных путешествий по северным морям и показание возможного проходу Сибирским океаном в Восточную Индию». В посвящении Ломоносов говорил: «Северный океан есть пространное поле, где под вашего императорского высочества правлением усугубиться может российская слава, соединенная с беспримерною пользою, чрез изобретение восточно-северного мореплавания в Индию и Америку». Сочинение достигло цели: в мае 1764 года состоялось высочайшее повеление о снаряжении экспедиции, как видно, вследствие особенного старания графа Ивана Чернышева, патриотизмом которого так восхищался Порошин. Несмотря на двукратную неудачу экспедиции, отправлявшейся уже по смерти Ломоносова, вопрос воскресает в наше время и вместе воскресает память о горячем участии в нем знаменитого помора.
В 1764 году заметно вообще особенно милостивое расположение императрицы к Ломоносову: может быть, это явление совпадает с неловким положением при дворе Разумовского вследствие известных малороссийских событий. В 48-м нумере «С.-Петербургских Ведомостей» читали следующее известие: «Монаршее благоволение к наукам и художествам есть некоторое Божественное одушевление оных. Снисхождение величества подобно живительной силе, которую благорастворенный воздух вливает в животные и произрастающие от недр земных творения. Таковым несравненным и в самых издавна благоустановленных народах редко слыханным примерам предшествовал в России бессмертныя памяти государь Петр Великий, посещая не токмо знатные ученые общества, но и приватные домы в науках и художествах людей искусных и рачительных. Таковым прехвальным подражанием ему последует достойная дел его преемница всемилостивейшая самодержица наша». После этого вступления следует известие, что 7 июня в четвертом часу пополудни императрица приезжала в дом к Ломоносову с некоторыми знатнейшими придворными особами, смотрела производимые Ломоносовым работы мозаичного художества для монумента Петра Великого, также и новоизобретенные им физические инструменты и некоторые физические и химические опыты. Екатерина уехала в конце шестого часа.