Шуйский притворяется верным слугою Димитрия, склоняется перед ним так же, как склонялся перед Годуновым, и кто знает, как долго оставался бы он в этом положении, если бы сам Димитрий своею крайнею неосторожностью не подал ему повода составить заговор. Не обладая способностью давать почин важному делу, Шуйский составил заговор потому, что уже чересчур было легко его составить. Приезд поляков, наглое поведение пришельцев и чересчур явное нарушение обычного хода жизни в Москве, соблазнившее строго благочестивых людей, естественно образовали кружок недовольных. Старым боярам не нравилось стремление царя к нововведениям и к иноземным обычаям, при котором им, детям старой Руси, не представлялось играть первой роли. Торговые, зажиточные люди свыклись со своим образом жизни; их беспокоило то, что делалось перед их глазами и грозило нарушить вековой застой; притом же, в их домах поставили «нечестивую Литву», которая нахально садилась им на шею. Наконец, можно было найти недовольных и между служилыми, которых пугала предпринимаемая война с турками и татарами. Шуйскому легко было собрать их к себе, когда над его действиями не только не было надзора, но даже запрещалось иметь его. Голос Шуйского не мог остаться без внимания, когда он говорил собранным у него гостям то, что у них самих шевелилось на душе. Знатность его рода, как старейшей отрасли св. Александра Невского, содействовала уважению к его речам, так же как и достоинство боярина, старого по летам и по службе. При всем том, однако, он нашел очень мало соумышленников; видно, что находились между ними и такие, которые тогда же думали предать его с заговорщиками. За недостатком соумышленников Шуйский выпустил из тюрем преступников: подобные товарищи естественно готовы были исполнять всякое дело. Малейшее внимание царя к тому, что делалось вокруг него, уничтожило бы все замыслы Шуйского. Разделавшись с Димитрием, Шуйский бросился усмирять народ, возмущенный им же против поляков во имя царя, но москвичи успели уже перебить до четырехсот человек пришельцев, сопровождая свое убийство самыми неистовыми варварствами, нападали на сонных и безоружных и не только убивали, но мучили: отсекали руки и ноги, выкалывали глаза, обрезали уши и носы, ругались над женщинами, обнажали их, гоняли по городу в таком виде и били. С большим трудом Шуйский и бояре остановили кровопролитие и всякие неистовства. Народ в этот день до того перепился, что не мог долго дать себе отчета в происходившем. Волей-неволей народ сделался участником убийства названого Димитрия. Возвратить потерянного уже нельзя было. Народ молчал в каком-то оцепенении. Через три дня бояре согласились выбрать Шуйского в цари, с тем что он будет править не иначе как с согласия бояр. Созвали народ на площадь звоном колокола. Приверженцы Шуйского немедленно «выкрикнули» его царем. Некоторые заявили, что следует разослать во все московские города грамоты, чтобы съехались выборные люди для избрания царя; но бояре решили, что этого не нужно, и сейчас же повели Василия в церковь, где он дал присягу управлять согласно боярским приговорам, никого не казнить без воли бояр, не отнимать у родственников осужденных служилых людей вотчин, а у гостей и торговых людей лавок и домов и не слушать ложных доносов. После произнесения Шуйским этой присяги, бояре сами присягнули ему в верности.
Немедленно разослана была по всем городам грамота, извещавшая, будто, по приговору всех людей Московского государства, и духовных и светских, избран на престол князь Василий Иванович Шуйский, по степени прародителей происходящий от св. Александра Невского и суздальских князей. О бывшем царе сообщалось, что богоотступник, еретик, чернокнижник, сякой-такой сын Гришка Отрепьев, прельстивши московских людей, хотел, в соумышлении с папой, Польшей и Литвой, попрать православную веру, ввести латинскую и лютерскую и вместе с поляками намеревался перебить бояр и думных людей. Одновременно разослана была грамота от имени царицы Марфы, извещавшая о том, что ее сын убит в Угличе, а она признала вора сыном поневоле, потому что он угрожал ей и всему ее роду смертным убийством. В заключение вдовствующая царица объявляла, что она вместе с другими била Василию челом о принятии царского сана. До какой степени на самом деле уважал царь Василий мать Димитрия, показывает ее просьба к польскому королю, писанная по низложении Шуйского, в которой инокиня Марфа жалуется, что Шуйский держал ее в неволе и даже не кормил как следует.
Первым делом Шуйского, после рассылки грамот, было перевезти тело царевича Димитрия в Москву. За этим телом в Углич поехал митрополит Филарет Никитич с двумя архимандритами, двое Нагих – Григорий и Андрей, князь Иван Михайлович Воротынский и Петр Никитич Шереметев. 1 июня Василий венчался на царство, а 3 июня перевезены мощи Димитрия и поставлены в Архангельском соборе. В грамоте, разосланной по поводу явления нового святого, было сказано, что царица Марфа всенародно каялась в том, что поневоле признавала вора Гришку сыном, а смерть царевича Димитрия прямо приписана была Борису Годунову. Для большего убеждения народа на лобном месте показывали родных Гришки Отрепьева. Но всему этому не верили тогда в Московском государстве, и в день открытия мощей народ чуть было не взбунтовался и не убил каменьями Шуйского. Даже те, которые сомневались в подлинности бывшего царя Димитрия, не верили, чтоб он был Гришка, а считали его поляком, которого подготовили иезуиты, научили по-русски и пустили играть роль Димитрия. На патриаршеский престол, вместо низверженного Игнатия, был поставлен казанский митрополит Гермоген, отличавшийся в противоположность прежнему патриарху фанатической ненавистью ко всему иноверному. Страшась мести со стороны Польши за перебитых в Москве поляков, Шуйский с боярами рассудили, что лучше всего задержать у себя всех поляков и даже послов Сигизмунда, Олесницкого и Гонсевского, а между тем послать своих послов в Польшу и выведать там, что намерены делать поляки.
Не долго Шуйскому пришлось утешаться безопасностью. В Москве происходили волнения; 15 июня, в воскресенье, сделался шум и бунт. Шуйский подозревал, что это происходит от козней знатных лиц, созвал в Кремль думных людей и стал спрашивать: «Кто это из вас волнует народ? Зачем вымышляете разные коварства? Коли я вам нелюб, я оставлю престол, возьмите мой царский посох и шапку, выбирайте, кого хотите». Думные люди уверяли, что они верны в своем крестном целовании. «Так наказывайте виновных», – сказал Шуйский. Думные люди вышли на площадь и уговорили народ разойтись. Пятерых крикунов схватили, высекли кнутом и сослали.
Но то было только начало смуты. Через два месяца на юге разнесся слух, что Димитрий жив и убежал в Польшу. Вся Северская земля, Белгород, Оскол, Елец провозгласили Димитрия. Ратные люди, собранные под Ельцом прежним царем, не хотели повиноваться Шуйскому, избрали предводителем Истому Пашкова и присягнули все до единого стоять за законного царя Димитрия. В Комарницкой волости Болотников возвестил, что он сам видел Димитрия и Димитрий нарек его главным воеводой. Болотников был взят еще в детстве в плен татарами, продан туркам, освобожден венецианцами, жил несколько времени в Венеции и, возвращаясь в отечество через Польшу, виделся с Молчановым, который уверил его, что он Димитрий. Болотников, никогда не видавший царя Димитрия, действовал с полной уверенностью, что стоит за законного государя. Он начал возбуждать боярских людей против владельцев, подчиненных против начальствующих, безродных против родовитых, бедных против богатых. Его грамоты произвели мятеж, охвативший Московское государство подобно пожару. В Веневе, Туле, Кашире, Алексине, Калуге, Рузе, Можайске, Орле, Дорогобуже, в Зубцове, Ржеве, Старице провозгласили Димитрия. Дворяне Ляпуновы подняли именем Димитрия всю Рязанскую землю. Возмутился город Владимир со всей своей землей. Во многих поволжских городах и в отдаленной Астрахани провозгласили Димитрия. Только Казань и Нижний Новгород еще держались кое-как за Шуйского. В пермской земле отказали Василию давать ратных людей, служили молебны о спасении Димитрия и пили чаши за его здоровье. Новгород и Псков оставались пока верными Шуйскому, но псковские пригороды стояли за Димитрия. Если бы в это время на самом деле явился человек с именем Димитрия, то вся Русская земля пошла бы за ним. Но он не являлся, и многие сомневались в справедливости слухов об его спасении, а потому и не решались открыто отпасть от царствовавшего в Москве государя. Тем не менее к Болотникову стеклась огромная толпа. Он из Северской земли двинулся к Москве: города сдавались за городами. 2 декабря Болотников был уже в селе Коломенском. К счастью Шуйского, в полчище Болотникова сделалось раздвоение. Дворяне и дети боярские, недовольные тем, что холопы и крестьяне хотят быть равными им, не видя притом Димитрия, который бы мог разрешить между ними споры, стали убеждаться, что Болотников их обманывает, и начали отступать от него. Братья Ляпуновы первые подали этому отступлению пример, прибыли в Москву и поклонились Шуйскому, хотя не терпели его. Болотников был отбит Скопиным-Шуйским и ушел в Калугу.