Эта грамота не достигла Константинополя: в Москву пришла весть, будто император греческий принял латинство и переселился в Рим; тогда великий князь велел возвратить послов с дороги. Скоро после того в Москве начались новые бедствия и смуты: плен великого князя Василия, сперва у татар, потом у Шемяки, не дал возможности думать о поставлении митрополита, и здесь мы должны также заметить, что это обстоятельство — отсутствие митрополита — имело важное влияние на ход событий: едва ли Шемяка и Можайский могли бы привести в исполнение свой замысел при митрополите. Когда Василий утвердился опять на столе великокняжеском, то поспешили поставлением митрополита: поставлен был своими епископами давно нареченный на митрополию Иона рязанский, уже успевший оказать важные услуги великому князю и его семейству.
Услуги, оказанные Ионою московскому правительству после поставления его в митрополиты, мы видели прежде, в своем месте, здесь же должны обратить внимание на отношения к Византии и Литовской Руси. После Ионина поставления великий князь отправил к императору Константину Палеологу грамоту, в которой писал: «После кончины Фотия митрополита мы, посоветовавшись с своею матерью, великою княгинею, и с нашею братьею, русскими князьями, великими и поместными, также и с государем Литовской земли, с святителями и со всем духовенством, с боярами и со всею землею Русскою, со всем православным христианством, избрали и отправили с нашим послом рязанского епископа Иону к вам в Константинополь для поставления; но прежде его прихода туда император и патриарх поставили на Киев, на всю Русь, митрополитом Исидора, Ионе же сказали: „Ступай на свой стол — Рязанскую епископию; если же Исидор умрет или что-нибудь другое с ним случится, то ты будь готов благословен на митрополичий престол всея Руси“. Так как в ваших благословенных державах произошло разногласие в церкви божией, путешественники в Константинополь претерпевают на дороге всякого рода затруднения, в наших странах неустройство всякое, нашествие безбожных агарян, междоусобные войны, мы сами не от чужих, но от братьев твоих претерпели страшное бедствие, то при такой великой нужде, собравши своих русских святителей согласно с правилами, поставили мы вышеупомянутого Иону на митрополию русскую, на Киев и на всю Русь. Мы поступили так по великой нужде, а не по гордости или дерзости; до скончания века пребудем мы в преданном нам православии; наша церковь всегда будет искать благословения церкви цареградской и во всем по древнему благочестию ей повиноваться; и отец наш, Иона митрополит, также просит благословения и соединения, кроме нынешних новых разногласий, и молим твое святое царство, будь благосклонен к отцу нашему Ионе митрополиту. Мы хотели обо всех этих делах церковных писать и к святейшему патриарху православному, требовать его благословения и молитвы; но не знаем, есть ли в вашем царствующем граде патриарх или нет? Если же, бог даст, будет у вас патриарх по древнему благочестию, то мы будем извещать его о всех наших положениях и просить благословения». В 1453 году Константинополь был взят турками; в Москве узнали об этом событии от бежавшего из плена грека Димитрия; митрополит Иона окружным посланием уведомил православных о падении Константинограда, о страшных бедствиях греческого народа и просил помочь означенному Димитрию выкупить семейство из турецкого плена. К патриарху Геннадию Иона писал, что просит его благословения и посылает дары, какие нашлись у него.
«Не погневайся, — пишет Иона, — за наши малые поминки (подарки), потому что и наша земля от поганства и междоусобных войн очень истощилась. Да покажи к нам, господин, духовную любовь, пришли к моему сыну, великому князю, честную свою грамоту к душевной пользе великому нашему православию; сколько у нас ни было грамот от прежних патриархов, мы все их держали за земскую честь, к своей душевной пользе; но все эти грамоты погибли от пожаров во время земских нестроений». Быть может, грамота от патриарха нужна была в Москве как доказательство, что поставление русского митрополита независимо от Константинополя не уничтожило единения с последним, что там не сердятся за эту перемену отношений.
Если московский князь и митрополит обязывались оставаться в единении с Византиею только под условием, чтоб там сохранялось древнее благочестие, если новизны Флорентийского собора, принесенные Исидором, нашли себе такой сильный отпор в Москве, и прежде всего со стороны самого правительства, то понятно, что иначе встречена была эта новизна от католических правителей Руси Литовской: в 1443 году польский король Владислав Ягеллович дал жалованную грамоту русскому духовенству, в которой объявлял, что церковь восточная — греческая и русская — приведена в давно жданное соединение с римскою, вследствие чего русское духовенство, терпевшее до сих пор некоторое утеснение, как выражается король, жалуется всеми томи правами и вольностями, которыми пользуется духовенство католическое. Но Исидор, принужденный бежать из Москвы, не остался нигде на Руси; король Владислав в следующем же 1444 году пал под Варною, преемник его Казимир находился в затруднительном положении между требованиями Польши и Литвы, что заставляло его прекратить неприязнь с Москвою, а мир мог быть всего скорее заключен под влиянием митрополита Ионы: литовский князь, желая мира с Москвою, должен был для этого приобресть расположение Ионы подчинением ему церкви литовско-русской; Иона с своей стороны должен был всеми силами стараться о мире между Казимиром и Василием, потому что только под условием этого мира могло сохраниться единство церковное. Так, мы видим, что когда по заключении мира встретились вновь какие-то недоразумения, то Казимир, отправляя своего посла в Москву, приказал ему попросить митрополита постараться, чтоб мир не был нарушен.
Иона, называя себя общим богомольцем, отвечал Казимиру, что он говорил великому князю Василию о мире с благословением и мольбою и что Василий хочет с королем братства и любви. «Благодарю твое господство, — пишет Иона, — за доброе расположение и благословляю тебя на любовь с братом твоим великим князем Василием Васильевичем, который желает того же; я же ваш общий богомолец, по своему святительскому долгу рад бога молить и стараться о мире между вами; за великое ваше жалованье и поминки благодарю и благословляю». Мы знаем, в чем состояло это великое жалованье, за которое Иона благодарит Казимира: последний обещал восстановить единство русской церкви по старине и прислать Ионе решительный ответ по возвращении своем из Польши в Литву. Король сдержал слово и подчинил юго-западную русскую церковь Ионе, которого видим в Литве в 1451 году.
Но опасные следствия Флорентийского собора не могли ограничиться для Юго-Западной Руси одною попыткою Исидора: папы не любили отказываться от того, что раз каким бы то ни было образом попадало в их руки, а литовский князь, католик, не мог препятствовать намерениям главы католицизма. В 1458 году отъехавший в Рим константинопольский патриарх Григорий Мамма поставил Григория, ученика Исидорова, в митрополиты на Русь. В Москву дали знать об этом немедленно, и еще до прихода Григория в Литву великий князь Василий послал сказать королю Казимиру, чтоб тот не принимал митрополита из Рима, на общего отца. Иону, но вводил новизны, не нарушал старины. «Старина же наша, — писал Василий, — которая ведется со времен прародителя нашего Владимира, крестившего Русскую землю, состоит в том, что выбор митрополита принадлежал всегда нашим прародителям, великим князьям русским, и теперь принадлежит нам, а не великим князьям литовским; кто будет нам люб, тот и будет у нас на всей Руси, а от Рима митрополиту у нас не бывать, такой мне по надобен; и ты, брат, ни под каким видом не принимай его, если же примешь, то ты церковь божию разделишь, а не мы».
Иона, не могший сам отправиться в Литву по причине старости и болезней, отправил туда двух архимандритов с посланием к православным епископам, князьям, панам и боярам, чтоб стояли за православную веру твердо, помня древнее законоположение, установленное на седми соборах. В Москве созван был собор из владык Северной Руси, рукоположенных митрополитом Ионою: владыки дали здесь обещание — от святой церкви соборной Московской и от господина и отца своего Ионы митрополита всея Руси быть неотступными и повиноваться во всем ему и преемнику его, кто будет поставлен по избранию св. духа, по правилам апостолов и св. отцов, по повелению господина великого князя Василия Васильевича, русского самодержца, в соборной церкви св. Богородицы, на Москве, у гроба св. Петра митрополита, русского чудотворца; к самозванцу же Григорию, ученику Исидорову, от которого произошло разделение московской соборной церкви с киевскою церковию, не приступать, грамот от него никаких не принимать и совета с ним ни о чем не иметь. Это обещание, обнародованное в соборной грамоте, важно для нас в том отношении, что здесь впервые указано на Москву как на престольный город русской митрополии: владыки клянутся не отступать от московской соборной церкви св. Богородицы; до сих пор митрополит назывался киевскими всея Руси, в этой же грамоте он называется просто митрополитом всея Руси, или русским; потом в этой грамоте определен и на будущее время образ поставления митрополита русского: законный митрополит русский отныне есть тот, который будет поставлен без всякого отношения к Византии в Москве по повелению московского князя. Владыки северные, бывшие на соборе, — ростовский, суздальский, коломенский, сарайский, пермский — отправили также грамоту к литовским — черниговскому, полоцкому, смоленскому, туровскому и луцкому — с увещанием не принимать митрополита от латин; Иона послал от своего имени окружное послание к литовским епископам в том же смысле, писал и отдельно епископам черниговскому и смоленскому, увещевая не принимать Григория, в случае принуждения приглашал их в Москву как в безопасное убежище от латинских насилий; в противном случае грозил великою тягостию церковною; наконец, писал и всему остальному православному народонаселению литовско-русских областей; обещался посетить свою литовскую паству, как только получит облегчение от болезни, увещевал не принимать Григория, не слушать его учения, которое подобно Македониеву, страдать за православие даже и до смерти, потому что таким страдальцам готов венец мученический. Но все эти меры остались тщетными: Казимир не мог не принять митрополита из Рима; он даже присылал уговаривать и великого князя Василия признать Григория общим митрополитом по той причине, что Иона уже устарел. Московский князь, разумеется, не согласился, и митрополия русская разделилась окончательно. Иона не долго пережил это печальное для него событие: он умер в 1461 году, назначив себе преемником Феодосия, архиепископа ростовского, который и был поставлен, по новому обычаю, в Москве собором северных русских владык.