Ромодановский в отсутствие царя должен был заниматься не одним разбором ссоры Скляева с Преображенскими солдатами. Тотчас по отъезде Петра в Воронеж по Москве пошли слухи, что начались тайные сборища недовольных; гонец, отправленный ночью к царю с письмами и дорогими инструментами, был схвачен на Каменном мосту и ограблен; письма нашли на другой день разбросанными по мосту, но инструменты и сам гонец пропали. В конце 1698 года царь возвратился в Москву и на Рождестве тешился одною из любимых своих забав: переряженный, с большою свитою на 80 санях ездил славить Христа; хозяева домов, куда приезжали славильщики, должны были давать им деньги; богач князь Черкасский был щедрее всех; но один купец дал на всю компанию только 12 рублей; Петр рассердился, набрал на улице сотню мужиков и привел к скупому купцу, который должен был теперь дать каждому мужику по рублю. В январе опять 10 застенков в Преображенском для оставшихся стрельцов; в феврале снова казни сотнями и опять упражнения самого царя с помощию Плещеева. В конце февраля начали вывозить трупы из Москвы: более тысячи было вывезено за заставы и там несколько времени лежали кучами, пока наконец зарыты в землю.
За несколько дней пред казнями был пир у Адама Вейде, но царь сидел погруженный в мрачную думу. Лефорт истощал свою изобретательность, чтоб развлечь его. Великолепный дом, построенный для адмирала на казенные деньги, был отстроен; назначено было большое торжество для открытия или посвящения этого храма Бахусу; шутовская процессия тянулась в Лефортов дворец из дома полковника Лимы: шествовал всешутейший Зотов, украшенный изображениями Бахуса, Купидона и Венеры, за ним вся компания: одни несли чаши, наполненные хмельными напитками, другие несли сосуды с курящимися табачными листьями.
Стрельцы, бунтовавшие в Торопце и Азове, были переказнены: все остальные московские и азовские стрельцы были распущены их было запрещено принимать в солдаты, запрещено жить в Москве им и женам их. Но дело не было исключительно стрелецкое, борьба разгоралась все более и более и кровь вызывала на новую кровь, пресбургский король в Преображенском не мог оставаться в бездействии. Когда стрельцов толпами начали сводить в Москву для розысков, то в народе пошел слух, что по них будут стрелять из пушек; возбудилось сочувствие, и в Преображенское был подан донос на жену стряпчего конюха Аксинью, которая говорила своему крепостному человеку Гавриле: «Видишь, он стрельцов не любит, стал их переводить, уж он всех их переведет», а Гаврила говорил: «Чего хотеть от басурмана, он обасурманился, в среду и пятницу мясо ест; коли стал стрельцов переводить, переведет и всех, уж ожидовел и без того жить не может, чтоб в который день крови не пить». Аксинья прибавила с ругательством: «Кадошевцев от Покровских ворот до Яузких велел бить кнутом, и как их били, и он за ними сам шел». Аксинью и Гаврилу казнили смертию. Стрелец Петрушка Кривой в вологодской тюрьме кричал: «Ныне нашу братью стрельцов прирубили, а остальных посылают в Сибирь: только нашей братии во всех сторонах и в Сибири осталось много; а кто их заставил рубить, и у того голова его чуть на нитке держится; собрався, все будем на Москве, и самому ему торчать у нас на коле; на Москве зубы у нас есть, будет у нас и тот в руках, кто нас пытал и вешал». В Преображенском Кривой не запирался и говорил: «Как я из Сибири ушел и мне было с своею братьею, ссылочными и беглыми, и с теми, которые в полках, и которые стрельцы из полков написались в города, в посады, с иными видеться, а с иными списываться, за ту свою обиду и за стрелецкую казнь идти к Москве и, учиня бунт, государя и бояр побить». Как обыкновенно бывает, недовольные настоящим искали утешения в будущем; недовольные Петром обращались с надеждою к наследнику, царевичу Алексею, который не будет похож на отца. Когда одна партия стрельцов сидела за караулом в Симонове монастыре, то монастырский конюх Никита Кузьмин говорил им: «Стрельцы, которые были в Новоспасском монастыре и которые монастырские служки и. крестьяне везли их на пушечный двор, говорили: не одни стрельцы пропадают, плачут и царские семена, и стрелецкие жены говорили: царевна Татьяна Михайловна жаловалась царевичу на боярина Тихона Никитича Стрешнева, что он их (царевен) поморил с голоду, если б-де не монастыри нас кормили, мы бы давно с голоду померли, и царевич ей сказал: дай-де мне сроку, я-де их переберу. Стрельчихи говорили: государь свою царицу послал в Суздаль, и везли ее одну, только с постельницею да с девицею, мимо их стрелецких слобод в худой карете и на худых лошадях. Как постельница из Суздаля приехала, и царевич хватился матери и стал тосковать и плакать, и царевича государь уговаривал, чтоб не плакал. И после государя царевич из хором своих вышел на перила, а за ним вышел Лев Кириллович Нарышкин, и царевич ему говорил: для чего ты за мною гоняешься, никуда не уйду. Намутила на царицу царевна Наталья Алексеевна; государь царице говорил: моли ты бога за того, кто меня от тебя осудил. Государь немец любит, а царевич немец не любит; приходил к нему немчин и говорил неведомо какие слова, и царевич на том немчине платье сжег и его опалил. Немчин жаловался государю, и тот сказал: „Для чего ты к нему ходишь, покаместь я жив, потаместь и вы“. Кузьмин объявил, что все это он слышал от Хлебенного дворца стряпчего Василья Костюрина. Стрелецкие казни произвели особенно сильное впечатление на женщин, которые говорили: „Государь с молодых лет бараны рубил, и ныне руку ту натвердил над стрельцами. Которого дня государь и князь Федор Юрьевич Ромодановский крови изопьют, того дня в те часы они веселы, а которого дня не изопьют, и того дня им и хлеб не естся“.
Как скоро начало ослабевать впечатление стрелецкого розыска, начались выходки против бритья бород. Духовенство и в челе его патриарх находились теперь в самом затруднительном положении: они провозглашали, что брадобритие есть богоненавистное дело, и вдруг царь своим примером и приказом вводит это богоненавистное дело: оставалось или продолжать высказывать прежнее мнение, т.е. идти против верховной власти, или замолчать; предпочли, разумеется, последнее и навлекли на себя сильные укоры со стороны ревнителей отеческих преданий. В июле 1699 года знаменский архимандрит Иоасаф подал следующее извещение: «Был я на погребении у посадского человека, у церкви Зачатия в Углу, и на том погребении, видя соблазн Нагого Ивашки и с ним других в волосяницах, с которыми он по рядам и по церквам ходил и деньги обманом сбирал, велел его, Ивашка Нагого, и волосяничника Ивашка Калинина и старца своего Герасима Босого взять за тот соблазн и посадить в цепь, а Ивашка Нагого велел взять к себе в келью, потому что он безмолвствовал и ни с кем не говорил при многих людях, и стал я ему говорить, что он по рядам и по погребениям ходит и деньги сбирает; и он сказал: в том-де вины нет, а дают мне ради моей святости, и в том мне будет мзда от бога, что я брал и раздаю нищим же, и иному бы и не дали, и я-де хочу и не то делать, идти в Преображенское царя обличать, что бороды бреет и с немцами водится и вера стала немецкая. Я ему сказал: проклятый сатана нагой бес! Что ты видел или от ума отошел? У нас св. патриарх глава и образ божий носит на себе, а никакого соблазну от него, государя, не слыхал. Нагой отвечал: „А какой де он патриарх? Живет из куска, спать бы ему да есть, да бережет де мантии, да клобука белова, за тем де он и не обличает, а вы де власти все накупные“. Нагой в Преображенском признался, что его зовут не Иваном, а Парамоном; на пытке объявил, что про царя слышал, как читали в прологе в церквах, о патриархе сказал с проста ума, дьявол научил. Сжен огнем и с огня говорил прежние речи; приговорен к кнуту и ссылке в Азов на каторги.
Мы видели, что при царе Михаиле табак был запрещен, а в начале царствования Алексея был в употреблении и продавался от казны; но табак, испытавший повсюду такое сильное сопротивление при своем введении, испытал его и в России: ревнители отеческих преданий опять вооружились против проклятой неизвестно кем травы и вынудили у правительства самые строгие против нее меры. Петр еще до поездки за границу позволил продажу табаку; сбор пошлин с этой продажи был отдан торговому человеку гостиной сотни Мартыну Орленку; а потом, будучи в Англии, царь предоставил право исключительной торговли табаком в России маркизу Кармартену за 20000 фунтов стерлингов (48000 рублей) с уплатою всей суммы вперед. Это позволение употреблять табак, разумеется, усилило негодование ревнителей отеческих преданий. «Какой то ныне государь, что пустил такую проклятую табаку в мир. — говорили они, — нынешние попы волки и церкви божией обругатели, а антидор против нынешней табаки, потому что попы и иных чинов люди табак пьют и принимают антидор».
Усиливалась борьба, раздражение с обеих сторон, усиливались выражения неудовольствия на царя и его дела, усиливались доносы и розыски в Преображенском. Но, кроме того. нашлись люди, которые хотели воспользоваться обстоятельствами, и начали являться ложные доносы. Монахи, напившись, поехали ночью по Москве, крича встречным: «Дай дорогу, убьем!» Навстречу попался царь, который не обратил на них никакого внимания, сказавши: «Это пьяные». Но через несколько времени явился донос, что монахи хотели убить государя: донос шел от монахов же. Нельзя стало строгому игумену смирить безнравственно живущего монаха: сейчас донос на игумена в непристойных словах или замыслах. Ложных доносчиков наказывали жестоко, но это мало помогало.