Когда земское ополчение приближалось к Москве и в Коломне казалось небезопасным, Заруцкий с Мариною ограбили город, убежали в Михайлов и там оставались несколько месяцев.
В октябре 1612 года Москва была освобождена от поляков. В феврале 1613 года съехавшиеся в Москву для избрания царя выборные люди прежде всего заявили единодушно, чтобы отнюдь не выбирать законопреступного сына Марины. На престол был избран Михаил Федорович Романов: Заруцкий и Марина между тем рассылали грамоты, требуя присяги малолетнему сыну Марины, Ивану Димитриевичу. Великорусские казаки в большинстве обращались к новоизбранному землею Михаилу; но но московской земле бродило тогда много черкас (малорусских казаков): они были чужды Московскому государству и готовились терзать его. Они теперь составили силу Заруцкого.
Еще с дороги, едучи из Костромы в Москву, новый царь назначил против Заруцкого главным воеводою князя Ивана Никитича Одоевского и приказал сходиться к нему из разных городов воеводам с их силами. Заруцкий с Мариною перешли из Михайлова в Лебедянь. Одоевский двинулся против него с войском. Заруцкий со своею неизменною спутницею бежали в Воронеж, Одоевский погнался за ними. Под Воронежем, в конце 1613 года, произошла кровопролитная битва, продолжавшаяся два дня. Воровское полчище было разбито, потеряло весь свой обоз и знамена. Заруцкий с Мариною убежали за Дон. Одоевский не преследовал их и сделал тем большую ошибку.
Заруцкий с Мариною убежали в Астрахань; там нашли они последний притон. Они убили астраханского воеводу Хворостинина, склонили на свою сторону нагайских татар и затевали широкое дело: вооружить против Руси персидского шаха Аббаса, втянуть в войну и Турцию, поднять волжских казаков, возбудить всех удальцов на Руси, привыкших к смутам и потому недовольных восстановлявшимся порядком. С этой целью они разослали так называемые «прелестные письма» к волжским и донским казакам. Но донские казаки решительно не поддались их увещаниям. Из волжских пришли к ним только два атамана, для которых, по их собственным словам, было все равно куда ни идти, лишь бы зипуны наживать. Другие выманивали у них деньги, давали обещания, но не думали исполнять обещаний. Всю зиму Заруцкий готовил лошадей и запасы, намереваясь весною идти вверх по Волге. Марина жила в каменном городе (кремле) в постоянном страхе: она не приказывала звонить рано к заутрени, под предлогом, чтобы ее сын не пугался звона, а на самом деле боялась набата.
В марте снаряжено было большое войско, под начальством того же князя Одоевского, а в товарищи ему придан был окольничий Семен Головин, шурин и сподвижник Михаила Скопина-Шуйского. Но перед началом решительных действий царь отправил к Заруцкому грамоту, в которой исчислил преступления его и Марины, и в заключение говорил:
«Вспомни Бога и душу свою и нашу православную христианскую веру; сам видишь Божью милость на нас, великом государе, и на всем великом государстве и над врагами нашими победу и одоление, отстань от своих непригожих дел, не учиняй кровопролития в наших государствах, не губи души и тела своего, добей челом и принеси вину свою нам, великому государю, а мы, государь, по своему царскому милостивому нраву, тебя пожалуем, вины свои все тебе простим и покроем нашим царским милосердием; и вперед вины твои никогда помянуты не будут; а вот тебе и наша царская опасная грамота!» Такая же грамота послана была Заруцкому от собора, где подробнее исчислялись вины Заруцкого, а в заключение все духовенство ручалось за истину царского слова. Без сомнения, писавшие были уверены, что эти увещания ни к чему не послужат, а потому, в то же время, послали грамоты донским и волжским казакам и жителям Астрахани, с убеждением отстать от Заруцкого и Марины, которую называли «главною заводчицею» всего зла, нанесенного русской земле.
Но прежде чем снаряженному войску пришлось укрощать Заруцкого в Астрахани, на страстной неделе в 1614 году произошло междоусобие между волжскими казаками, пришедшими служить сыну Марины, и астраханцами. Астраханцы отступились от «воровства» и провозгласили царем Михаила Федоровича. Заруцкий с 800 человек заперся в каменном городе. Город Терск, приставший было также к Марине, отступил от нее, и тамошний воевода Головин отправил астраханцам на помощь стрельцов, под начальством Василия Хохлова. Заруцкий, сообразивши, что ему не сдобровать, перед прибытием Хохлова прорвался ночью, вместе с Мариною, из каменного города, сел на струги и поплыл из Астрахани вверх по Волге, потому что снизу плыл в Астрахань Хохлов. 13 мая, утром, Хохлов прибыл в Астрахань, и все жители, при звоне колоколов, целовали крест царю Михаилу. 14 мая, на заре, Заруцкий с Мариною думали проскользнуть по Волге мимо Астрахани и убежать в море; но Хохлов вместе с астраханцами и стрельцами ударил на них; бывшие с Заруцким воровские казаки разбежались по камышам: многие попались в плен; тогда взяли также польку Варвару Казановскую, подругу Марины, но Заруцкого и Марины не успели схватить; они воспользовались извилистым руслом Волги, и стрельцы не могли скоро сообразить, куда они скрылись.
29 мая один стрелец, бывший на рыбном учуге, известил, что видел Заруцкого с Мариною. По этому известию Хохлов отправил на указанное место погоню, но узнал, что беглецы, выплывши в море, повернули в Яик. 1 июня прибыл в Астрахань Одоевский и тотчас отправил самого Хохлова с вестью в Москву, а 7 июня выслал на Яик отряд под начальством стрелецких голов: Гордея Пальчикова и Се-вастьяна Онучина. Посланные, плывя вверх по Яику, нападали на след, где останавливались Заруцкий с Мариной, и 24 июня наткнулись на воровской табор: он стоял на Медвежьем острове, посреди лесистых берегов Яика. С Заруцким и Мариною было до 600 волжских казаков. Они сделали на острове острог. Всем заправлял атаман Треня Ус, ни в чем не давал никакой воли Заруцкому и Марине; он даже отнял у последней сына и держал при себе.
Стрельцы осадили воров. Казаки не ожидали гостей, не вступили в битву со стрельцами, на другой же день связали Заруцкого и Марину и выдали с сыном да с каким-то чернецом Николаем, а сами объявили, что целуют крест царю Михаилу Федоровичу. Треня Ус убежал и несколько времени после того разбойничал.
Пленников привезли в Астрахань, а 13 июля Одоевский отправил их поодиночке вверх по Волге. Марину с сыном вез стрелецкий голова Михайло Соловцов с 500 человек самарских стрельцов. Марину везли связанною. В наказе, данном Соловцову, приказано было убить ее вместе с сыном, если нападут на них воровские люди, с целью отбить преступницу. В таком виде прибыла Марина в Москву, куда восемь лет тому назад въезжала с таким великолепием в первый раз в жизни, надеясь там царствовать и принимать поклонение.
Четырехлетнего сына Марины повесили всенародно за Серпуховскими воротами; Заруцкого посадили на кол. По известию русских, сообщенному поляками при размене пленных, Марина умерла в Москве, в тюрьме, от болезни и «с тоски по своей воле». В народной памяти она до сих пор живет под именем «Маринки безбожницы, еретицы». Народ воображает ее свирепою разбойницею и колдуньей, которая умела, при случае, обращаться в сороку.
Печальные обстоятельства предшествующей истории наложили на великорусское общество характер азиатского застоя, тупой приверженности к старому обычаю, страх всякой новизны, равнодушие к улучшению своего духовного и материального быта и отвращение ко всему иноземному. Но было бы клеветою на русский народ утверждать, что в нем совершенно исчезла та духовная подвижность, которая составляет отличительное качество европейских племен, и думать, что русские в описываемое нами время неспособны были вовсе откликнуться на голос, вызывающий их на путь новой жизни. Умные люди чувствовали тягость невежества; лица, строго хранившие благочестивую старину, сознавали, однако, потребность просвещения, по их понятиям, главным образом религиозно-нравственного; думали о заведении школ и распространении грамотности. Люди, с более смелым умом, обращались прямо к иноземному, чувствуя, что собственные средства для расширения круга сведений слишком скудны. Несмотря на гнет того благочестия, которое отплевывалось от всего иноземного, как от дьявола, в Москве, по известию иностранцев, находились лица, у которых стремление к познаниям и просвещению было так велико, что они выучивались иностранным языкам с большими затруднениями, происходившими как от недостатка руководств и руководителей, так и от преследования со стороны тех, которые готовы были заподозрить в этом ересь и измену отечеству. Так, Федор Никитич Романов, нареченный по пострижении Филаретом, учился по-латыни; поляки в Москве видели людей, выучившихся тайком иностранным языкам и с жадностью хватавшихся за чтение. Афанасий Власов, рассмешивший поляков своими простодушными выходками, в то же время удивил их чистым латинским произношением, показывавшим, что язык латинский был ему знаком. О многих из Ивановых жертв Курбский говорит как о людях ученых и начитанных по своему времени, и сам Курбский своим собственным примером доказывает, что московские люди XVI-го века не оставались совершенно неспособными понять пользу просвещения и необходимость сближения с иноземцами. У нас думали, что названый царь Димитрий вооружил против себя русский народ своей привязанностью к иноземцам, пренебрежением к русским обычаям и равнодушием к требованиям тогдашнего благочестия. Но вглядываясь ближе в смысл событий, увидим не то: поведение Димитрия действительно не могло нравиться строгим блюстителям неподвижности, но никак не большинству, не массе народа; так же, как и впоследствии великий преобразователь Руси, хотя и встретил против себя сильное, упорное и продолжительное противодействие, но никак не от всех, а, напротив, нашел немало искренних сторонников и ревнителей своих преобразовательных планов: иначе бы, конечно, он и не успел. Гибель названого Димитрия была делом не русского народа, а только заговорщиков, воспользовавшихся оплошностью жертвы; это доказывается тем, что народ русский тотчас же обольстился вестью, что царь его, спасенный раз в детстве в Угличе, спасся в другой раз в Москве; народ русский почти весь последовал за тенью Димитрия, до тех пор, пока не убедился, что его обманывали и Димитрия нет на свете. Самый способ убийства показывает, что народ был далек от того, чтоб погубить своего царя за его приемы, несогласные с приемами прежних царей. Шуйский вооружил народ против поляков именем того же царя и таким обманом отвлек его внимание от Кремля. Число участников Шуйского не могло быть велико; оттого-то Шуйский накануне убийства поспешил удалить из сотни караульных семьдесят человек: очевидно, он боялся не сладить с целой сотней. Таким образом, убийство Димитрия было вовсе не народным делом.