Избавившись от осады, Шуйский, по совету с патриархом Гермогеном, пригласил в Москву бывшего патриарха Иова. 20 февраля 1607 года последний разрешил народ от клятвы, наложенной им за нарушение крестного целования Борису. Еще прежде того Шуйский приказал перевезти тела Бориса, его жены и сына и похоронить в Троицко-Сергиевом монастыре. Этими поступками хотел Шуйский примириться с прошлым и тем придать своей власти более законности. Но с наступлением лета силы Болотникова опять начали увеличиваться пришедшими казаками. Явился новый самозванец, родом муромец, незаконный сын «посадской женки», Илейка, ходивший прежде в бурлаках по Волге. Он назвал себя царевичем Петром, небывалым сыном царя Федора; с волжскими казаками пристал он к Болотникову. После нескольких битв, Шуйский осадил Болотникова и названого Петра в Туле. Какой-то муромец Мешок Кравков сделал гать через реку Упу и наводнил всю Тулу: осажденные сдались. Шуйский, обещавши Болотникову пощаду, приказал ему выколоть глаза, а потом утопить. Названого Петра повесили; простых пленников бросали сотнями в воду, но бояр, князей Телятевского и Шаховского, бывших с Болотниковым, оставили в живых.
Воротившись в Москву, Шуйский думал, что теперь для него наступила пора успокоиться, и женился на княжне Марье Петровне Буйносовой-Ростовской, с которой обручился еще при жизни названого царя Димитрия. Новые тревоги не давали ему отдохнуть: вместо повешенного названого Петра явилось несколько царевичей. В Астрахани явился царевич Август, называвший себя небывалым сыном царя Ивана Васильевича от жены Анны Колтовской; потом там же явился царевич Лаврентий, также небывалый сын убитого отцом царевича Ивана Ивановича. В украинских городах явилось восемь царевичей, называвших себя разными небывалыми сыновьями царя Федора (Федор, Ерофей, Клементий, Савелий, Семен, Василий, Гаврило, Мартын). Все эти царевичи исчезли так же быстро, как появились. Но в северской земле явился наконец долгожданный Димитрий и, весной 1608 года, с польской вольницей и казаками двинулся на Москву. Дело его шло успешно. Ратные люди изменяли Шуйскому и бежали с поля битвы. Новый самозванец, в начале июля 1608 года, заложил свой табор в Тушине, от чего и получил у противников своих название Тушинского вора, оставшееся за ним в истории. Города и земли русские одни за другими признавали его. Полчище его увеличивалось с каждым часом.
Переговоры Шуйского с Польшей должны были решить, чего нужно было Московскому государству ждать от польского правительства. Переговоры эти шли очень медленно. Задержавши в 1606 году польских послов Олесницкого и Гонсевского, Василий отправил князя Григория Волконского с объяснениями. Волконский пробыл в Польше больше года и натерпелся там всяких упреков и оскорблений. Вслед за тем, в октябре 1607 года, прибыли новые польские послы (Друцкий-Соколинский и Витовский) в Москву. Переговоры с ними шли до июля 1608 года и наконец кончились тем, что обе стороны заключили перемирие на три года и одиннадцать месяцев, а в продолжение этого времени Польша обязалась не помогать никаким самозванцам и запретить всем полякам поддерживать Тушинского вора. Со своей стороны, царь Василий отпускал всех задержанных поляков, с условием, чтобы они не сносились с теми из своих соотечественников, которые находились в тушинском таборе; Марина не именовала бы себя царицей, а Мнишек не называл бы своим зятем Тушинского вора.
Но в противность этим условиям, Мнишек с Мариной и другими поляками очутились в тушинском таборе. Марина всенародно признала вора своим мужем, большая часть русских городов и земель опять отпала от Шуйского и провозгласила Димитрия. В таких печальных обстоятельствах Шуйский обратился за помощью к шведам. Положение царя Василия в Москве было самое жалкое. Никто не уважал его. Им играли, как ребенком, по выражению современников. Шуйский то обращался к церкви и к молитвам, то призывал волшебниц и гадальщиц, то казнил изменников, но только незнатных, то объявлял москвичам: «Кто мне хочет служить, пусть служит, а кто не хочет служить — пусть идет: я никого не насилую». Москвичи уверяли своего царя в верности, а потом многие перебегали в Тушино; побывавши в Тушине, ворочались в Москву: поживши в Москве, опять бежали в Тушино; беглец, явившийся в Тушино, целовал крест Димитрию и получал от него жалованье, а вернувшись в Москву, целовал крест Василию и от него получал также жалованье. Чтобы отвадить народ от вора, Шуйский постановил давать свободу тем холопам, которые уйдут из Тушина, но выходило, что многие холопы из Москвы бежали в Тушино, чтобы после, вернувшись, получить от царя свободу. Московские торговцы без зазрения совести возили в Тушино всякие товары, разживались и копили копейку про черный день, не пускали своих денег в оборот и от этого в Москве делался недостаток: он стал особенно чувствителен зимой, когда тушинцы отрезали путь из Рязани в Москву.
17-го февраля 1609 года толпа, под начальством князя Романа Гагарина, Григория Сумбулова, бросилась в Кремль; она состояла из многих служилых людей разных городов и, обратившись к боярам, кричала: «Надобно переменить царя! Василий сел самовольством, не всей землей выбран». Некоторые бояре уже были не в ладах с Шуйским, особенно Голицыны, так как князь Василий Васильевич Голицын сам помышлял о престоле. Но они не решились стать заодно с мятежниками, потому что за Шуйского был патриарх Гермоген. Замечательно, что патриарх сам постоянно не ладил с царем, но из чувства законности стоял за него, как уже за существующую верховную власть. Толпа мятежников вышла из Кремля на Красную площадь. Ударили в набат. Явился патриарх.
«Князь Василий Шуйский нелюб нам на царстве, — кричала толпа. — Он тайно убивает и сажает нашу братию в воду!» «А кого же казнил Шуйский?» — спросил патриарх. Мятежники не назвали имен, но кричали:
«Из-за Василия кровь льется, и земля не умирится, пока он будет на царстве. Его одна Москва выбрала, а мы хотим избрать иного царя!» Патриарх на это сказал:
«До сих пор Москва всем городам указывала, а ни Новгород, ни Псков, ни Астрахань и никакой другой другой город не указывал Москве; а что кровь льется, то это делается по воле Божьей, а не по хотению вашего царя».
Убеждения патриарха спасли на этот раз Василия; но дороговизна увеличилась; в апреле боярин Крюк-Колычев составил заговор убить Василия. Умысел был открыт. Зачинщика казнили. Положение царя становилось все ужаснее: до него доходили слухи, что его убьют то на Николин день, то на Вознесенье. Народ врывался к нему во дворец и кричал: «Чего еще нам дожидаться! Разве голодной смертью помирать?» Царь обнадеживал москвичей скорым прибытием Скопина со шведскими людьми и убеждал купцов не поднимать цены на хлеб. Но московские купцы поступали так же, как некогда при Борисе: припрятывали хлеб, чтобы продавать его по дорогой цене. На счастье Василию в это время дела Тушинского вора пошли неудачно. Города, прежде признававшие его, выведенные из терпения бесчинством поляков и русских воров, один за другим отпадали и признавали царя Василия. Крестьяне собирались шайками, били и топили шатавшихся тушинцев. Сапега ничего не мог сделать с Троицким монастырем. Он беспрестанно палил по его стенам из 90 орудий; монастырь не сдавался, несмотря на то, что начальствующие в монастыре воеводы Долгорукий-Роща и Голохвастов были во вражде между собой, а осажденные, при большой тесноте и недостатке, умирали от цинги. Ратные люди, оборонявшие монастырь, делали частые вылазки и наносили неприятелю много вреда. Наконец, и попытки тушинцев овладеть Москвою не имели успех. 25 июня москвичи отбили их нападение на Ходынку и взяли в плен двести человек. Прокопий Ляпунов очистил от воров рязанские города. Стоявший под Коломной отряд тушинцев ушел оттуда. Но более всего поправились дела Василия после успехов Скопина. Зимой тушинский лагерь пришел в совершенное расстройство. 12 января 1610 года Сапега отступил от Троицы; в феврале убежал вор в Калугу, а в начале марта Тушино совершенно опустело. Почти вся Русь покорилась Василию; но с запада на него наступала беда: Сигизмунд стоял под Смоленском, а русские, бывшие в Тушине, явились к польскому государю просить на Московское царство Владислава. Судьба, казалось, не давала Василию ни минуты отдыха. Одна беда проходила, другая, погрознее, наступала. В конце апреля скоропостижно скончался Скопин, и это приблизило падение Василия. Народная молва считала царя участником его смерти. Уже поляки и запорожцы забирали южные города: Стародуб, Почеп, Чернигов взяты были приступом и ограблены. Новгород-Северский и Рославль целовали крест Владиславу.
Вместо Скопина царь назначил главным предводителем войска своего брата Димитрия, но русские не терпели его, а жену его Екатерину считали убийцей Скопина. Шведский полководец Делагарди презирал Димитрия Шуйского за неспособность. Московские пленники сообщили под Смоленском полякам, что народ не любит Василия, что войско не захочет за него биться и вся Русь охотно признает Владислава царем. По этим известиям, Сигизмунд отправил к Москве войско под начальством коронного гетмана Жолкевского. Войско Шуйского, тысяч в тридцать, двинулось к Можайску; с ним шел и Делагарди со своей ратью, состоящей из людей разных наций. В московском войске было много новобранцев, в первый раз шедших на бой. Охоты защищать царя Василия не было ни у кого. Враги встретились 23 июня между Москвой и Можайском, при деревне Клушино. От первого напора поляков побежала московская конница, смяла пехоту: иноземцы, бывшие под начальством Делагарди, взбунтовались и стали передаваться неприятелю. Тогда начальники московского войска, Димитрий Шуйский, Голицын, Мезецкий, убежали в лес, а за ними и все бросились врассыпную. Жолкевскому досталась карета Димитрия Шуйского, его сабля, булава, знамя, много денег и мехов, которые Димитрий намеревался раздать войску Делагарди, но не успел. Делагарди, оставленный своими подчиненными, изъявил желание переговорить с гетманом Жолкевским, и когда гетман приехал к нему, то Делагарди выговорил у него согласие уйти беспрепятственно из пределов Московского государства. «Наша неудача, — сказал Делагарди, — происходит от неспособности русских и вероломства моих наемных воинов. Не то было бы с теми же русскими, если бы ими начальствовал доблестный Скопин. Но его извели, и счастье изменило московским людям».