1738 год для Татищева начался очень неприятно: воровские башкирцы разоряли деревни верных башкирцев, а денег на жалованье войску и покупку провианта Татищев не получал: «Я пришел в крайнюю печаль и вижу, что мне из сего не иначе как конечная погибель воспоследует, понеже без денег, провианта, нужной амуниции, припасов и без довольства людей выступить невозможно». С другой стороны, занимало его тяжелое следственное дело о непорядках уфимского воеводы Шемякина, который, пришедши однажды в дом к Татищеву с великим невежеством, хотел с ним браниться, чтоб иметь причину отвести его от следствия, но Татищев сдержался и спокойно велел ему уйти; тогда Шемякин объявил, что знает за Татищевым важные интересные дела, и требовал, чтоб для их объявления его отправили в Сенат или к казанскому губернатору: «Я знаю за ним такие важные дела, что или мне, или ему голову отрубят». Из Петербурга прислали указ наведаться обстоятельно о турецких посланцах к киргиз-кайсакам и бдительно смотреть за казанскими татарами, всюду разъезжавшими по торговым делам. Татищев отвечал, что посланцы всего удобнее могли проехать чрез Астрахань и Яик, а письмо легко переслать чрез казанских и уфимских татар; Татищев давал знать, что на Яике между козаками много некрещеных татар, которые на Дон ездят с торгами, и усмотреть за ними атаману нельзя, потому что правление их беспорядочное и своевольное. Синод дал знать в Кабинет о жалобе протопопа при Оренбургской комиссии и ректора Антипы Мартинианова, которого Татищев в Самаре без объявления вины, презрев власть св. Синода, посадил с утра на цепь, водил по улице, как бы напоказ бывшим тогда в Оренбурге киргиз-кайсацким посланцам, и, приведши в канцелярию, держал на цепи до вечерен. Синод представлял, что Татищеву этого чинить весьма не надлежало, и требовал сатисфакции. Татищев по этому случаю писал императрице: «На оное я никакого пред вашим и. в-ством извинения принести не могу, но, признав меня виновна, предаюсь во всевластное вашего и. в-ства наказание, ибо я оное сам признаю, что учинил противно, но при сем и обстоятельства того не ко оправданию моему, но токмо ко известию всеподданнейше доношу. Как я весьма болен был, пришед ко мне хозяин оного протопопа, бил челом, что протопоп противно запрещения велел баню в доме его затопить и, зажегши оную, разломал, по которому я к нему послал адъютанта и велел говорить, что он учинил непристойно и чтоб ту баню починил. Назавтра пришел оный хозяин, жаловался паки, что протопоп жену его обидел непристойными словами и поступками, по которому я, его, протопопа, призвав, пристойными словами представлял, чтоб он вел себя, как его чести пристойно, ведая, что я таким продерзостям терпеть не буду, при котором он жаловался на хозяина, яко бы его бранит непристойно, и потом оный протопоп, пришед в дом свой, хозяйку оную бил запоркою, которая ко мне с матерью прибежала разбитая, и сие привело меня в сердце, что я, видя, еже судить его некому, велел его призвать к себе, и, покричав, велел посадить в канцелярии на цепь, доколе проспится, ибо было после обеда, и был держан часа два или три, но потом, его свободя, хозяина отослал к воеводе и велел за брань того протопопа достойно наказать, но, чтоб впредь ту причину пресечь, велел его, протопопа, перевесть на иной двор, по котором он, протопоп, пришед ко мне, просил прощения и чтоб я в Синод не доносил, и я для избежания впредь ему поношения о жалобе хозяйкиной не токмо в Синод не доносил, но и в канцелярии записать не велел. Потом его неоднократно просил, чтоб он ходил ко мне чаще обедать, и всегда, когда придет, давал ему стул, с которого он, по-видимому, содержал себя изрядно, и я его употребил себе в духовника, но потом просил он меня, чтоб я здешним попам приходским запретил к офицерам и другим порученной мне команды людям с потребою ходить, в котором я ему, яко непристойном, отказал, и сие привело его на меня жаловаться; он же объявил несколько попов пришлых с собою, желающих служить при комиссии, и требовал на них за треть жалованья, но так как из оных некоторые ни ставленных, ни свидетельства о себе не имели и приняты без моего известия, то я, ни словом его не оскорбя, велел тех попов допросить и в жалованье отказать. Апреля 5 числа пришел он, протопоп, пьян в избу хозяина своего, ударил капрала в щеку, по которому козаки, не утерпя, довольно его, протопопа, побили. Понеже оный протопоп хотя и не часто пьян бывает, но когда напьется, то редко без драки проходит, о чем здесь всем известно, но за страх довольно того берегся, ныне же если дать волю, то опасно большого между чужестранцы стыда; по артикулу же положено для смирения отсылать их к духовному суду, но здесь никоего духовного суда в близости нет, на что всеподданнейше прошу повеления, как повелите в таких случаях с ними впредь поступать».
Наконец, обнаружилась опасность и со стороны киргизов. Воры-башкирцы, видя, что не могут бороться с русскими собственными силами, обратились к киргизскому хану Абул-Хаиру, признавая его своим главою. Абул-Хаир прельстился этою честию, женился на башкирке и начал обнаруживать враждебные намерения относительно России. В конце апреля он привел с собою к Оренбургу немалое число воров-башкирцев, но челобитью которых забрал много верных башкирцев, правил на них скот и на себя заставлял платить штраф. Начальствовавший в Оренбурге майор Останков послал ему сказать, чтоб он не судил по челобитью воров, но хан, вынув саблю, отвечал: «Город мой и для меня построен, а кто не послушает, тому голову отрублю». 9 мая Татищев писал императрице: «О успокоении башкирцев паче всякого чаяния весь мой должный труд уничтожился, и они начали новые нападения чинить. Так как многие их старшины пишут, что все покорится, если штрафных лошадей сложить, то я писал к генералу Соймонову обнадежить, что штраф снимется, если они пришлют знатных людей и будут о том просить, а между тем нет способа силою их к покорности принудить. По посланному от меня ордеру майор Останков бывших при Абул-Хаир-хане из главных воровских старшин Кусяпа да Ахмата-муллу, да посланных от Абул-Хаир-хана в Кайсаки четырех башкирцев схватил и содержит под крепким караулом, и хотя они показали, что Абул-Хаир не только их не успокоил, но возмущал, штрафа платить не велел и сына своего в Башкирии ханом хотел сделать, однако я, опасаясь, чтоб он, хан, осердясь или испугавшись, не отъехал и больше пакости не сделал, писал к нему наскоро, что будто бы майор тех старшин схватил без указа, и обещал наказать виноватого, а к майору писал, чтоб их крепко содержал и хана более прежнего довольствовал. Хотя Абул-Хаир-хан свою присягу нарушил, однако я, взирая на глупую их дикость и опасаясь, чтоб других их салтанов и ханов жестокостью не остращать, намерен с ним ласково обойтиться и о погрешностях его разговором выговорить. Хотя я, невзирая на великие во всем недостатки и будучи болен, крайне прилежу, чтоб скорее в поход выступить и сим воров к покорности принудить, но большое препятствие в том, что офицеров и рядовых очень много больных, чему причиною воздух и здешние серные воды».
На все эти донесения Татищев получил грозный указ: «Мы с великим удивлением и неудовольствием усмотрели, коим образом от бунтующих башкирцев новые замешания начались, а наипаче что и хан Абул-Хаир с ними соединился и имеют злое намерение атаковать Оренбург, чего мы никогда не надеялись, ибо вы в прежних своих доношениях именно обнадеживали весь башкирский народ добрым способом в усмирение и должное покорение привести и что уже многие с повинными приходят и штрафных лошадей приводят. Башкирцев в такое своевольство привело и Абул-Хаир-хан к их стороне стал быть преклонен оттого, что как вы, так и генерал-майор Соймонов в удобное время, когда еще у башкирцев лошади были не накормлены, нималого поиску над ними не учинили и таким своим мешканием дали им повод новые беспокойства заводить. Что же доносите, якобы ваш поход остановился за неприсылкою денег, то когда провиант и ружья есть, то хотя б в прочем и недостаток был, за тем останавливаться и времени терять не надлежало, а вам известно, какой важности сие дело есть. Сим нашим указом вам наикрепчайше подтверждаем, что всемерно надлежит вам со всею своею командою к Оренбургу поспешать без всякого отлагательства, а ежели над оным городом учинится гибель или людям урон, то особливо вы в том пред нами дадите ответ, ибо мы оную крепость отнюдь потерять не хотим».
Татищев поспешил походом, застал в Оренбурге все благополучно, свиделся с Абул-Хаиром, заставил его подтвердить свое подданство России, хотя хан долго не соглашался подписываться рабом. Абул-Хаир говорил: «Человек живет в свете и детьми память о себе оставляет, но сия память и скоту равна есть, а честь, приобретенная человеку, вовеки не умирает, и я тем ныне наиболее должен радоваться, что мое имя в так великом и славном государстве известно». Татищев сказал на это: «Не только у нас, но и во всей Европе будет известно, потому что у нас такие дела напечатают и всюду разошлют». Киргизы подрались за подарки, данные им Татищевым, Абул-Хаир сказал при этом: «Пожалуй, не осуди, что этот дикий народ так бесчинен, а мне очень приятно, что они теперь тем хвастают, чему прежде смеялись и ругались». Татищев писал кабинет-министрам: «Сей народ столько глуп, что без стыда просят и за столом наставленные конфекты, собирая, в платки вяжут, а тарелки, ложки, ножи серебряные класть пред ними нельзя, и хотя некоторые из знатных тут их бранят, но мало помогает; да и хан, которому я быков, баранов, круп и прочего посылал, не постыдился все это прислать продавать и у меня опять просить, и я принужден вареное и жареное мясо ежедневно посылать. Хан, по-видимому, великое усердие и покорность имеет, ибо его в том польза, но очень непостоянен, его же мало и слушают, а более всех силы имеют Средней орды Жанибек-батырь да Чурек, а в Меньшой — Букей-бай-батырь, которых я, как казенным, так и моим довольно одаря, отпустил. По прибытии моем здешнюю крепость нашел я в ужасном состоянии: оплетена была хворостом, и ров полтора аршина ширины, а сажен на 50 и рва небыло, так что зимою волки в городе лошадей поедали. Ныне, сколько время допустило, поправил, ров выкопал 5 аршин ширины, 3 глубины и едва невесь вал снаружи дерном заклал; только с сожалением вижу, как у нас инженерные офицеры в практике искусства и рассуждения не имеют. В заключение принужден донести, что денег при комиссии ничего нет и солдаты без жалованья целый год претерпевают крайнюю нужду, также провиантским подрядчикам заплатить нечем».