Ночь была бурная: шел сильный дождь и бушевал сильный ветер. Казаки причалили ладьи к берегу Иртыша и крепко заснули, не выставив никакой охраны. Кучум, скрываясь оврагами, все время следовал за казаками и подошел к их лагерю. Чтобы разведать бдительность казаков, Кучум послал приговоренного к смертной казни татарина в стан казаков. Татарин пробился в лагерь казаков, благополучно возвратился и донес Кучуму, что казаки спят и никакой охраны нет. Кучум, не доверяя сведениям, послал его еще раз и приказал принести какие-либо вещественные доказательства. Татарин снова отправился и захватил две пищали и лядунку. После того Кучум решил переправляться через Иртыш и напал на спящих казаков. Татары стали избивать спящих: казаков. Ермак, видя «дружину побиваему, и никое надежды мошно имети для животу своему, побеже в струг, и не може дойти, понеже бо вдали расстояние, и ту ввержеся в реку и утопе…».
С Ермаком погибло до 300 человек. В Сибири с частью казаков оставался атаман Мещеряк и воевода Глухов. Получив сведении о гибели отряда Ермака и его лично, Мещеряк и Глухов покинули Сибирь и направились в сторону России. Воевода Глухов с отрядом своей дружины пошел Угорьской дорогой и, перевалив Урал, вышел на Печору и оттуда прибыл в Москву. Атаман Мещеряк с казаками, отделившись от Глухова, отошел к устью р. Туры и остановился в Тюмени.
После ухода русских: из Сибири, Кучум послал для занятия своей столицы сына Алии, но вскоре из Яржекенда, центра «Белой орды» в Средней Азии, появился князь клана теигубитов, Сейдяк, изгнал Алии и основался в Сибири.
В это время из Москвы возвращался Иван Гроза, шел и отряд под начальством кн. Мансурова. Не зная о происшедших событиях в Сибири и гибели Ермака, Иван Гроза и кн. Мансуров, прибыв в устье р. Туры, встретили атамана Мещеряка. Ознакомившись с положением, Мансуров решил возвращаться в Россию и двинулся в обратный путь, вслед за Глуховым. Иван Гроза решил выдвинуться в устье Иртыша и с казаками вышел в район Искера и недалеко от него, на берегу Оби, построил острожек, названный по татарски Руси-Ваш или русский городок. Иван Гроза решил восстановить утерянное положение и стал подчинить своей власти ближайшие области. Сейдяк поднял войну против казаков, и осадил их острожек. Казаки разогнали остяков, и вскоре многие племена заявили о своей покорности казакам. Иван Гроза и Мещеряк постепенно продолжали покорение утерянных областей, и оставались совершенно отрезанными от московских владений.
За время владычества Ермака колонизация осуществлялась в Сибири со стороны Строгановых владений. Были построены укрепленные городки на Пелыме, Тавде и Тоболе и заселены добровольными поселенцами. В течение двух лет Иван Гроза и Мещеряк с казаками самостоятельно занимали часть Сибири и поддерживали свою власть среди окружающих племен. В 1586 году из Москвы были присланы воевода Сукин и Месной Иван с отрядом в 300 человек. В то же время в Сибирь возвратился с Дона Александр Черкасс, посланный Ермаком, и привел с собою «ермаковых людей». Количество войск в Сибири насчитывалось с этого времени 700 человек, из них 400 казаков и 300 ратных людей, прибывших с Сукиным, которые и обосновались в Тюмени.
О времени смерти Ивана Грозы сведений в летописях не сохранилось и, вероятно, в 1587 году его в живых уже не было и атаманом казаков в это время был Матвей Мещеряк.
В 1587 году в Сибирь прибыл воевода Глухов с отрядом и ему было приказано выдвинуться из Тюмени вперед в сторону Сибири. Он двинулся в устье Тобола и устроился в новом городке Тобол. Хан Сейдяк занимал Сибирь, Карачи в устье Иртыша владел землями вогуличей. Кучум по-прежнему кочевал в степях Ишима. Татары в 1587 году сделали нападение на Тобол. Нападение было отбито, в этом бою был убит последний атаман, ближайший сподвижник Ермака, Матвей Мещеряк.
В 1587 году Сейдяк и Карачи поехали на соколиную охоту и расположились на лугу у Тобольска. Воевода Чулков пригласил Сейдяка и Карачи к себе на пир. Они въехали в крепость с сотней татар. Сейдяк и Карачи были связаны и взяты в плен. Татары были перебиты, а оставшиеся на лугу разбежались, и Сибирь оказалась покинутой. С этого времени Искер, или Сибирь, запустела и центром Сибири стал Тобольск.
В 1588 году Чулков отправил в Москву Сейдяка и Карачи. Кучум продолжал кочевать по р. Ишиму. Со стороны русских шло постепенное продвижение в глубь сибирских пространств. На линии р. Оби были построены крепости: Березов, Сургут, Нарым. В Тобольске в 1590 году собрано было 700 казаков и стрельцов.
ПОЛОЖЕНИЕ НА ЗАПАДНОМ ФРОНТЕ И ДНЕПРОВСКИЕ КАЗАКИ
С окончанием Ливонской войны днепровские и запорожские казаки стали делать нападения на Крым и турецкие владении, чем создали угрозу войны с Турцией. Казаки эти были подданными польской короны, ответственность за их побеги ложилась на Польшу. Король Сигиэмунд принял решительные меры против казаков, благодаря чему ему удалось заключить вечный мир с Турцией. Меры, принятые королем против набегав на Крым и турецкие владении, привели к тому, что казаки с 1591 года начали войну против Польши. «Вечный мир» с Турцией, заключенный польским королем, стоял в полном противоречии в отношении общеевропейской политики. В это время австрийский император был занят идеей изгнании турок из Европы. Идея эта разделялась правительствами Италии, Испании и Германии, и между ними был заключен союз, к которому они решили привлечь Польшу, Молдавию и даже Россию. Московскому царю, за участие в войне против Турции, обещаны были Крым и даже столица Турции — Константинополь. В борьбе против Турции коалиция решила использовать казаков. В Москву в 1594 году император Рудольф послал на имя царя Федора Иоанновича грамоту с просьбой, набрать 8–9 тысяч казаков, «выносливых в голоде, полезных для захвата добычи, для опустошении неприятельской страны и для внезапных набегов…». Австрийский император обращался к московскому царю с просьбой о днепровских казаках, считая их подданными в то время московскому царю, сами запорожцы и приднепровцы также не хотели служить императору без царской воли.
Одной из главных причин враждебных отношений со стороны днепровских казаков в отношении Польши была начавшаяся религиозная борьба католичества против русского населении, составлявшего часть Польши. В 1569 году была проведена реформа, или «Унии», т. е., слияние католической и восточной церквей, в результате которой духовенство и церкви восточного исповедании должны были признать власть папы и подчиняться его администрации. Католики стали проводить насильственно эти меры, несогласное духовенство отрешалось от исполнении церковных служб и церкви закрывались. Население, не признавшее Унию, лишалось права на занятие служебных положений в Польском королевстве. Последняя мера, главным образом, касалась русской знати, и ставила их в положение: или принятие католичества или же начинать борьбу против правительства. Что же касалось низших классов населении восточного вероисповедания, то для ник единственным выходом было поднимать вооруженное восстание для зашиты своих религиозных прав. Центром начинавшейся борьбы становилось казачество.
Первым гетманом приднепровских казаков, поднявшим восстание против Польши, был Хрищтовт Косинский. Численность казаков у Косинского была в 5 000 человек, но к ним присоединились и «негербованные» и бездомные шляхтичи, называвшиеся в актах «брайцами и сбегами», панские подданные и оседялые холопы. Первыми пунктами нападения казаков были владении кн. Отрожского; потом казаки заняли Белую Церковь и Киев.
Везде казаками вводился «казачий присуд». Против Косинского с казаками были посланы значительные силы польских войск. Казаки были разбиты и Косинский сдался. Он присягнул королю, но вскоре изменил присяге, снова выступив против Польши, но в 1593 году был разбит, взят в плен и казнен. После гибели Косинского гетманом приднепром ских казаков стал Наливайко. Он происходил из мелкой польской шляхты, отец его был убит польским помещиком Келиновским, захватившим его земли. Сын Наливайко в это время был в польских войсках, сражавшихся против казаков Косинского. После смерти отца Наливайко решил бежать в Запорожье, и чтобы заслужить доверие казаков, он послал им 1 500 лошадей, в которых казаки имели большую нужду. Kaзаки были довольны подарком Наливайко и избрали его гетманом. Наливайко с казаками поднялся против Польши и с 2 500 казаков, прежде всего бросился на владения Калиновского, произвел разгром, отомстив за смерть отца, потом пошел на турецкие владении по нижнему Бугу и Пруту; сжег более 500 турецких и татарских селений, захватил до 4 000 обоего пола ясыря (пленных). Но на обратном пути наткнулся на переправе на 7-тысячный отряд молдавского господаря, потерял в бою с ним большую часть добычи и несколько казаков, за что поклялся отомстить. В 1594 году казаки предприняли поход в Молдавию, — в составе 2 000 человек. Они разбили молдавского господаря, прошли всю страну, захватили Яссы, сожгли и ограбили город и возвратились к себе. Возвратясь из Молдавии, Наливайко снова начал действовать против Польши. Король послал против казаков отряд в 2 000 человек, но полякам пришлось не только отказаться от войны с казаками, но и просиггь их помощи против Турции.