В течение поста 1497 г. Савонарола произнес несколько речей, в которых объявлял, что служители Бога должны очистить и реформировать Церковь; те, кто возьмет на себя эту задачу, должны с радостью принять даже отлучение от Церкви. Александр попытался использовать против Савонаролы традиционную вражду францисканцев. Правда, Плаксы избрали 1 января 1497 г. гонфалоньером Франческо Валори, который попытался запретить францисканцам проповедь, но они объявили Савонаролу наглым обманщиком. В это время был страшный голод и угрожала чума. Синьория, состоявшая тогда из Аррабиати, воспользовалась этим предлогом, чтобы положить конец войне проповедей, которая угрожала спокойствию города. 3 мая были запрещены все проповеди начиная с Вознесения (4 мая). Компоньацци криками прервали последнюю проповедь Савонаролы. Александр 13 мая приказал францисканцам объявить, что Савонарола, как подозреваемый в ереси, отлучается от Церкви и что с ним запрещены всякие сношения. После обнародования отлучения Савонарола стал доказывать его недействительность. Плаксы так мало обращали внимания на отлучение, что 17 сентября подали синьории петицию детей Флоренции, просивших, чтобы было разрешено проповедовать их горячо любимому брату Савонароле.
Савонарола, не признавая наложенных папой наказаний, считал себя покорным сыном Церкви. В течение лета он написал книгу, в которой доказывал, что папство есть верховная власть и что всякий, кто отделяется от единства с Римской Церковью и от ее учения, сам отсекает себя от Церкви Христа.
В январе 1498 г. правление перешло в руки синьории, состоявшей из горячих сторонников Савонаролы, которые все были недовольны, что на него было наложено молчание. Выборы новой синьории предстояли в марте; народ начал менее повиноваться Савонароле, и необходимо было, чтобы его красноречие обеспечило ему безопасность и сохранило власть в руках Плакс. Вследствие этого 11 февраля он снова начал проповедовать.
Последние проповеди Савонаролы были более резки, чем все прежние. Он доказывал, что анафема, произнесенная папой, не имеет значения в таких выражениях, которые вызвали в Риме самое сильное негодование. 26 февраля синьории было послано бреве, в котором приказывалось под угрозой интердикта арестовать Савонаролу и выслать его в Рим. Но 1 марта власть перешла к синьории, состоявшей в большинстве из Аррабиати, во главе которых, в качестве гонфалоньера, стоял один из самых ожесточенных врагов Брата, Петр Пополески. 4 марта синьория просила папу извинить ее неповиновение его указам и призывала милость Св. Отца на Савонаролу, труды которого были так полезны и в котором население Флоренции видело высшее существо. Папа ответил, что Флоренция избежит интердикта, если город пошлет в Рим своего чудовищного идола или лишит его всякого сношения с людьми. Но Савонарола не будет осужден на вечное молчанье; когда он смирится как следует, то ему будет разрешено проповедовать. Это послание было получено во Флоренции 13 марта и вызвало горячие споры. Интердикт, наложенный папой, для людей коммерческих грозил полным разорением. Папа угрожал предоставить имущество флорентийских купцов на разграбление. Но влияние Савонаролы было еще настолько сильно, что синьория только 17 марта решила послать к нему ночью пять граждан умолять его перестать проповедовать. Говоря, что он отказывается повиноваться приказаниям папы, Савонарола обещал уважать желание светской власти.
Савонарола 13 марта открыто пригласил Александра получше беречься, так как отныне между ними мир невозможен; после этого он обратился ко всем властителям христианского мира с грамотами, которые, как говорил он, были написаны по особому приказанию и от имени Бога: в них он побуждал князей созвать Вселенский собор, который дал бы Церкви реформу. Александр VI — не папа и не может быть избран в папы, во-первых, ввиду симонии, ценой которой он купил тиару, и ввиду своей испорченности; а во-вторых, потому что он не христианин и не верит в Бога.
Один экземпляр этого письма случайно попал в руки миланского герцога — врага Савонаролы, который переслал его папе. Гнев Александра привел к попытке созвать собор, которого после соборов Констанца и Базеля всегда желали реформаторы и боялось папство. Савонарола совершенно один не мог заставить князей созвать собор, но он направил свой удар в самое чувствительное место папства, и завязалась беспощадная борьба.
Так как брат Савонарола был осужден на молчание, его заменил Доминик да Пешиа. Доминик 27 или 28 марта велел прибить на главных дверях церкви Св. Креста объявление, что он предлагает подтвердить доказательствами или чудом следующие положение: 1) Церковь Господня нуждается в реформе; 2) Церковь должна понести наказание; 3) Церковь будет реформирована; 4) после наказания во Флоренции будут произведены реформы, и она будет благоденствовать; 5) неверные будут обращены; 6) отлучение брата Джироламо не имеет значения; 7) не грешно не обращать внимания на отлучение. Францисканец брат Франческо делла Пулья ответил, что согласен пройти через огонь вместе с братом Домиником; хотя он был уверен, что сгорит, но соглашался на эту жертву, чтобы освободить флорентийцев от их ложного идола. Чтобы помешать кровавой распре партий, синьория вызвала обоих противников и заставила их 30 марта подписать письменное обязательство подвергнуться испытанию, несмотря на то, что Латеранский собор 1215 г. запретил ордалии.
Брат Франческо объявил, что у него нет никакого спора с Домиником, что если Савонарола согласен подвергнуться испытанию, то он готов сопровождать его, но если вопрос идет о ком-либо другом, то он выставит заместителя; им согласился стать знатный флорентиец, монах его ордена. С другой стороны, все монахи монастыря Св. Марка, числом около трехсот, подписались под обязательством принять участие в ордалии, а Савонарола заявил, что в данном случае первый встречный может рискнуть, ничего не боясь.
В условиях, предложенных синьорией, говорилось, что если представитель доминиканцев погибнет один или вместе со своим противником, то Савонарола должен покинуть город, пока его не призовут обратно; если падет один только францисканец, то брат Франческо подвергнется изгнанию; то же наказание было определено той из двух партий, которая в последнюю минуту уклонится от ордалии.
Синьория направила десять граждан председательствовать на испытании, назначенном на 6 апреля, а затем отложенном на один день в надежде, что от папы, к которому обратились за разрешением, будет получен запрет; он действительно пришел, но слишком поздно. 7 апреля на площади Синьории воздвигли огромный костер, который должны были поджечь после того, как в него войдут противники.
Францисканцы прибыли первыми на место испытания. Затем явились около двухсот доминиканцев. Стороны опасались колдовства и требовали выполнения разных условий. В это время синьория объявила, что ордалии не будет, францисканцы удалились, а за ними и доминиканцы. Толпа, терпеливо ожидавшая под проливным дождем и грозой, пришла в ярость, что обещанное зрелище не состоялось. Жители увидели в этом торжество францисканцев; но Савонарола обещал чудо; его сторонники непреклонно верили в его предсказание, так что это нерешенное испытание было в их глазах поражением; это было знамение, что Савонарола не мог рассчитывать на вмешательство Бога. Вера учеников в их пророка поколебалась. На другой день, в Вербное Воскресенье, во время вечерни доминиканец хотел произнести проповедь в кафедральном соборе, но Компаньацци прервали проповедника. Все бросились к Св. Марку. Когда прибыла толпа из собора, то молящиеся с трудом спаслись монастырскими переходами. Дома, принадлежавшие сторонникам Савонаролы, были разграблены и сожжены.
Среди этого волнения синьория выпустила одно за другим четыре объявления; в них приказывалось Савонароле до истечения двадцати часов покинуть флорентийскую область, а всем мирянам не позже чем через час очистить церковь Св. Марка, которая подверглась осаде противников Савонаролы. Наконец, синьория послала стражу схватить Савонаролу и его главных соратников, Доминика и Сальвестро, с обещанием, что им не будет сделано ничего плохого. Сопротивление прекратилось; Савонарола и Доминик были найдены в монастырской библиотеке, но Сальвестро спрятался и был арестован только на другой день. Пленникам надели цепи на руки и на ноги и повели по улицам, их не могли защитить от ударов ногами и кулаками разъяренной толпы.
В тот же день назначили трибунал из семнадцати членов, набранных среди главных врагов Савонаролы. Этот трибунал принялся за дело уже 10 апреля, хотя акт назначения, разрешавший применять пытку, был опубликован только 11 апреля. У папы было испрошено разрешение нарушить неприкосновенность узников, как лиц духовного звания; но дело начали, не дождавшись благоприятного ответа. К членам трибунала присоединились два папских комиссара. Савонарола и его спутники в цепях были приведены в Барджелло. Так как Савонарола не сознавался, ему пригрозили пыткой; угроза не подействовала, и его подвергли пытке на дыбе. Уже первое применение пытки вырвало у Савонаролы полное признание. Он просил прекратить пытку, обещая сказать все, что знал. Допрос его длился до 18 апреля.
