Награды для победителей были весьма щедры. Гудович получил орден Св. Георгия 2-й степени, а также шпагу, украшенную алмазами и изумрудами в виде лаврового венка. Четыре старших начальника удостоились ордена Св. Георгия 3-й степени, 6 человек — этого же ордена 4-й степени, еще 4 получили золотые шпаги, ряд офицеров стали кавалерами ордена Св. Владимира 3-й и 4-й степеней. «Остальные получили одобрительные листы, что не умаляет заслуг особенно отличившихся, так как одни из них уже были георгиевскими или владимирскими кавалерами, а другие, находясь в малых чинах, имели впереди много возможностей для дальнейших отличий и наград. Всем же вообще участникам знаменитого штурма было объявлено в высочайшем рескрипте на имя генерал-аншефа Гудовича монаршее благоволение».
В числе немногочисленных плененных защитников оказался и Шейх-Мансур. С четырьмя своими сподвижниками он был отправлен в Петербург, а затем сослан пожизненно в Соловецкий монастырь, где и умер в 1798 году. Последнее его письмо, обнаруженное в архивах профессором Оттино, было помечено «Соловец, 15 сентября 1798 года» и подписано «Джованни Батист Боэтти, проповедник».
Чеченские сподвижники Шейх-Мансура Хаджи-Гасан, Чагелезгин-Сулейман и едишкулец Пейдже-Али были сопровождены в Симферополь к генерал-аншефу М.В. Каховскому. Там было по их делу проведено следствие, «так как по сделанным допросам они не признались и не обличены ни в каком злом умысле, то Ее Императорское Величество, следуя всегдашнему ее в подобных случаях правилу — лучше даровать прощение преступнику, нежели наказать невинного, высочайше повелеть соизволила водворить их в Тавриде между людьми испытанной верности и, отыскав, доставить женатым их жен и детей».
После взятия Анапы русские войска некоторое время оставались в лагере, расположенном в окрестностях города. Вскоре Гудовичу стало известно, что противник без боя оставил крепость Суджук-кале. Направленные туда казаки подтвердили это. Они нашли крепость пустой и сожженной с 30 брошенными на валах орудиями. Заклепав пушки и сбросив их в море, русские оставили эту крепость и вернулись в главный лагерь.
4 июля 1791 года на рейде Анапы показался турецкий флот, состоявший из 52 судов. Но, убедившись, что крепость пала, флот ушел в открытое море. Но русское правительство и высшее командование видимо плохо знали обстановку. Из Петербурга поступило указание уничтожить Анапскую крепость. Следуя ему, Гудович приказал срыть укрепления до основания, а сам город предать огню. 11 июля русские войска начали обратное движение и спустя два месяца вернулись на свою территорию. После этого Кубанский корпус по приказу Г.А. Потемкина-Таврического был переведен в Екатеринославскую губернию и передан в состав армии генерал-аншефа Каховского.
После покорения Анапы Гудович занялся внутренними делами в подчиненном ему крае. 7 ноября он представил императрице всеподданнейший отчет, в котором достаточно четко оценил политическое состояние края и проживающих на его территории народов.
В середине января 1792 года от кавказского командующего в Петербург было доставлено донесение, в котором он излагал свои мысли об учреждении линии на Северном Кавказе после заключения мира с Турцией. В нем он подробно описал наличие и состояние всех крепостей, укреплений, редутов и селений, имевшихся на линии от Черного моря до Каспийского. Сделав оценку всем оборонительным сооружениям, Гудович, с учетом проводимой Россией на Кавказе военной политики, предложил некоторые из них упразднить, а другие усилить.
В конце февраля 1792 года последовал указ, согласно которому войска Кавказского корпуса стали подчиняться непосредственно Военной коллегии, а спустя два дня — об усилении Терской линии. В связи с последним Кубанский корпус вновь был возвращен в подчинение Гудовичу.
С целью быстрого обустройства линии в июне 1792 года Гудович также был назначен вместо П.С. Потемкина кавказским генерал-губернатором, впервые совместив военное и гражданское управление всем подчиненным России краем.
В том же году Гудович вышел к правительству с предложением: «Дабы сделать границу на Кубани надежной, чтобы оная самим населением была защищаема, то перевести оттуда (с Дона) три полка казаков, которых поселить вниз по Кубани от крепости Прочного Окопа до устья Лабы».
Императрица одобрила это предложение и приказала атаману Иловайскому населить 12 станиц донскими казаками, выслав для этого три тысячи семей с Дона. В это время на Кубани находилось шесть донских полков, заканчивавших трехлетний срок службы на линии. Было решено их оставить на месте, переселив к ним семьи.
Казаки заволновались. Три полка без начальников покинули Кавказ, прибыли в Новочеркасск и потребовали от атамана объяснений. Иловайский выехал в Петербург и убедил Екатерину отменить приказ. После этого мятежные полки вернулись на линию для окончания срока службы.
В августе на Дон из Петербурга пришла новая грамота с требованием выслать на линию три тысячи семейств, но уже по решению войскового командования. Иловайский потребовал от каждой станицы выделить определенное количество семей по выбору станичных сборов. Так в число переселенцев попало 800 семей малороссиян, приписанных в казаки. Некоторые станицы вообще отказались выполнять приказ атамана и начали укрепляться. Для усмирения непокорных на Дон были введены регулярные войска. Только с их помощью удалось к концу года выселить на Кубань тысячу семейств, которые образовали Линейное войско в нижнем течении этой реки, примкнув его правым флангом к Черноморскому казачьему войску.
Определенное внимание было обращено и на Каспийскую эскадру. Она состояла из 9 судов со 108 пушками. Но исправными были только три судна, которые постоянно несли службу у персидских берегов. На их командиров была возложена задача «доставлять по команде сведения обо всех явлениях, происходящих в мусульманских провинциях и в особенности в Персии». Для этого корабли направлялись в персидские порты, где становились на рейд «для охраны русских подданных купцов», но реально — для ведения разведки. Так, в конце декабря 1791 года в порт Энзели прибыл фрегат «Астрахань», приведя за собой два пушечных бота с командами Кавказского и Нижегородского мушкетерских полков.
По сведениям, поступившим от командира фрегата капитан-лейтенанта Аклечеева, центральная власть на территории Персии и в вассальных ей землях Восточного Кавказа была сильно ослаблена. Власть в стране принадлежала двум правителям: Ага-Магомет-хан-сардар владел лишь средней частью персидского государства, называемой Ираном. Остальная территория принадлежала Лютф-Али-хану. Номинально подвластный Персии дагестанский владелец-шамхал не подчинялся ни одному из этих ханов. Карабах и разделенный на части Ширван также имели своих правителей. Следовательно, рассчитывать на единство действий всех этих правителей в случае войны не приходилось. Более того, раздираемые противоречиями, они легко могли стать врагами и начать служить тому, кто окажется сильнее.
Каспийский поход графа В.А. Зубова
В начале 80-х годов XVIII века персидский шах Али-Мурад повел откровенно-агрессивную политику против грузинского царя Ираклия II. Грузинский правитель, оказавшись один на один перед лицом грозного врага, обратился за помощью к российской императрице Екатерине II. 5 августа 1783 года в крепости Георгиевск (ныне город Георгиевск на юге Ставропольского края) был подписан трактат. В соответствии с этим документом Россия принимала под свое покровительство Картли-Кахетинское царство (Восточную Грузию), гарантируя ему защиту и автономию.
15 октября 1783 года два русских пехотных батальона с четырьмя полевыми орудиями под командованием генерал-поручика П.С. Потемкина (родственника светлейшего князя Г.А. Потемкина-Таврического) вступили в город Тифлис. На пути следования отряда была заложена крепость Владикавказ, которая впоследствии цепью полевых укреплений была связана с крепостью Моздок. Кроме того, в результате движения отряда было положено начало первой дороге через Главный Кавказский хребет. Древняя караванная тропа через Дарьяльское ущелье была преобразована в подобие дороги, по которой могли двигаться не только отдельные всадники, но и телеги с имуществом, орудия. Так было положено начало строительства будущей Военно-Грузинской дороги, которая на многие столетия стала главной артерией для подпитки Грузии сырьем и товарами первой необходимости с территории России.
Приход русских войск в Тифлис, а также известие о подписании Георгиевского трактата между Грузией и Россией заставили персидского шаха отказаться от агрессии. Цель демонстративной экспедиции была достигнута. В феврале 1784 года русский отряд покинул Восточную Грузию и вернулся на старую пограничную линию.
