Не поладив с новым новгородским архиереем, Корнилий возвращается в Москву, где патриарх Иосиф даёт ему, простому иноку, не совсем обычную службу в Архангельском соборе Кремля: надсматривать над священниками и диаконами, «ковать и смирять за некоторыя погрешения». Другому подобное назначение вскружило бы голову. Однако эта служба оказалась Корнилию «не по охоте, но и весьма противна», так что вскоре он её оставляет и поселяется в Чудовом монастыре. В ту пору Корнилий знакомится с боголюбцами: царским духовником Стефаном Внифантьевым, протопопом Иваном Нероновым, юрьевецким протопопом Аввакумом и др. Тогда в Чудовом монастыре некоему старцу Симеону было видение в ночи: «змий великий пестрый и страшный зело и обогнувся около царских полат, главу и хобот имеющь в полате, и шепчет во ухо цареви». Проснувшись, старец поведал о своём видении соборной братии. Как выяснилось впоследствии, именно в эту ночь царь Алексей Михайлович тайно беседовал с Никоном — судя по всему, о будущей церковной реформе. Тогда вспомнили и о предсказании патриарха Феофана Иерусалимского…
Вскоре скончался последний благочестивый патриарх Иосиф, и началась никоновская церковная смута. Стоя ночью по своему обыкновению на молитве со многими слезами, Корнилий в тонком сне сподобился видения. Он узрел в Успенском соборе двух человек спорящих: один — благообразен, другой — тёмнообразен. У благообразного в руках был православный восьмиконечный крест, а у тёмнообразного — четвероконечный «крыж латынский». Благообразный говорил: «Сей есть истинный крест Христов!» Тёмнообразный же отвечал ему: «Но сего знамения ныне подобает почитати, а не того». Через некоторое время на праздник Благовещения Корнилий пришел в Успенский собор, где уже наяву мог наблюдать такую сцену: двое (видимо, поп и головщик) спорили о том, как нужно служить. Один другому говорил: «Пой по-новому!» А тот ему отвечал: «Не поем по-новому, но по-старому! Как учились, так и поем. А по-новому не умеем и не поем». Тогда первый снова сказал: «Как-нибудь пой, токмо не по-старому, но по-новому». И долго они ещё спорили между собой…
С началом никоновских репрессий против сторонников старой веры Корнилий ушёл вместе с игуменом Досифеем на Дон. Прожив там три года, он снова возвратился в Москву. Но в Москве было неспокойно — повсюду активно насаждались новые порядки, да и слишком уж хорошо его здесь знали. Корнилий переезжает в Кириллов монастырь, где оставалось много иноков, преданных старой вере, а оттуда уходит в ещё более глухие места — в знаменитую Нилову пустынь. Здесь он прожил целых 12 лет, имея редкую по тем временам возможность открыто участвовать в богослужениях по старому чину. Иноки Ниловой пустыни продолжали служить по древним книгам и по тому уставу, который был составлен самим основателем обители преподобным Нилом Сорским.
Однако присланные властями соглядатаи обнаружили, что служба в Ниловом скиту ведётся, как до Никона, и приказали попу служить по-новому. Тот отказался и не стал служить. Тогда его попросту заменили новым попом. После этого, повествует Житие Корнилия, «согласившеся, скитскии отцы возбранили служити по-новому. Корнилий тогда пономарь бе. Глаголаху ему скитскии отцы: “Егда же новый поп начнет служити по-новому, покажи дерзновение, возбрани ему, мы тебя не под дадим”. Поп же начал по-новому служить. Корнилий глагола попу: “Престани бредить”. Глагола поп: “Пономарь, знай свое дело, не указывай нам”. И до трижды глаголаху друг ко другу. Корнилий же, имея в руках своих кадило со углием разженым, удари попа по главе и разби кадило о попову главу. Скочиша отступницы, принята Корнилия за власы, удариша о мост (помост. — К.К.) церковной и бита его вельми крепко, яко и крове тещи в церкви. Старцы же скитскии мужество показаша — бишася с ними до пролития крове»[53].
После этого столкновения Корнилий вынужден был бежать из Нилова скита. Ища пустынного места, дошёл он до Олонецкого уезда, до Пудожской волости. Здесь, близ Водлы-реки, поставил он себе келию («с трех сторон каменныя стены самородны, на четвертая страны — дверь и окно»), в которой прожил три года, помышляя идти в Соловецкий монастырь.
В то время пришёл к нему соловецкий инок Епифаний (тот самый, что позже будет сожжён с Аввакумом в Пустозерске), и вместе построили они себе келию на Кяткозере. Прожили два года с небольшим в крайней скудости — не было даже хлеба, так что ели осиновую кору: выварив её в трёх водах и высушив, толкли и месили по ржаному раствору, благодаря Бога. Однажды Епифаний сказал: «Пойдем, брате, приспе время благочестия ради страдати, не останемся от братии наших». И положили поститься шесть недель. По истечении срока Епифаний сподобился благословения свыше пострадать за старую веру, Корнилию же был глас: «Не у тебе время на муки идти, мнози бо тобою спасутся и в познание истины прийти будут. И будеши отец и наставник многим ко спасению». Епифаний простился с Корнилием и отправился в Москву с челобитной к царю.
После ухода Епифания Корнилий перешёл на Ниг-озеро, где поставил Никольскую часовню. Оттуда часто ходил он к отцу Досифею в Куржецкую обитель. Между тем гонения приближались и к этим глухим краям. Не раз приходилось Корнилию менять своё местопребывание: жил на Водлозере, на Немозере, на Мангозере… Когда переселился на Мангозеро, «чинил прение» с двумя никонианскими монахами, присланными властями из Москвы ради подкрепления никонианского учения. Монахи были в споре побеждены, но тронуть Корнилия не посмели, поскольку среди посадских было много сочувствующих старой вере. Позже Корнилий поселился на Гавушозере, куда к нему стали стекаться приверженцы древлего благочестия — старец Иринарх, Анфиса, Пахомий (впоследствии келейник Корнилия и списатель его жития). Корнилий всех их поучал от Евангелия и от Апостола, и от святоотеческих писаний. Пели ирмосы Иоанна Дамаскина, применяя древние слова к нынешнему своему состоянию: «Жалость приимите, людие ненаказании, законопреступницы рустии».
Наконец, пришёл к Корнилию старец Сергий, упрашивая его жить вместе с ним на Выге-реке. Корнилий согласился и поставил себе на Выге келию. «Сей покой мой, — пророчески изрёк старец. — В век века зде вселюся, яко Бог изволи. Последнюю келию Корнилий строит». Как сказал, так и сбылось. Благословил и других строить на Выге келии.
А через пять лет пришёл к Корнилию старец Виталий, и Корнилий благословил его жить вместе с собой. «Виталий же имея птичие житие: любя странничество, преходя от келии до келии; аще кто представляше ему трапезу, то со благодарением вкушаше, аще ли два или три дни не позываху, то не прошаху ясти». Виталий был строгим молчальником, так что люди несведущие принимали его и вовсе за немого. Имел обыкновение и Псалтырь читать про себя, «молком». Всего же имущества имел одну суму, а ведь когда-то был знатным боярином на Москве! Некогда «великой служитель у прежних царей», «поединщик и храброй воин» (имел на себе раны), Виталий оставил мир, утаился и принял постриг по древлеправославному чину как раз при начале никоновской смуты. Некоторое время жил на Суне-реке у старца Кирилла. Прожив с Корнилием два года, Виталий, «мало болев», скончался. «Свят муж был житием», — говорит о нем Пахомий.
Поселившись на Выге, Корнилий широко развернул проповедь старой веры. «Аще и книг мало имея, но сам весь книга бяше». «Учаше о спасении души, и о Страшном Суде, и о будущих муках», «наипаче же всего заповедал и учаше опасение от новых отступников никониянских, называя их явными бесовскими и антихристовыми слугами». Многие после его проповедей принимали крещение, а иные даже и иноческий постриг.
Где бы ни приходилось жить отцу Корнилию, везде он вёл подвижнический образ жизни. В юных летах, будучи томим плотскою бранью, приучил себя к молитве и посту, причем «скоро наполняющее и скоро попадающее брашно ядяше», преимущественно ржаной кисель. Спал он очень мало, истомляя свою плоть бодрствованием и земными поклонами. В одно только свое келейное правило полагал он тысячу поклонов. И это кроме молитв и церковного устава (а молился он по Часослову и Псалтырю весь церковный круг — вечерню, павечерницу, полунощницу, утреню и часы). До глубокой старости любил трудиться преподобный Корнилий (в основном приходилось рубить лес). Хотя и говорили ему иные, что, мол, можно монаху и без того обойтись, мудрый старец отвечал: «Писано есть: праздный да не яст и проклят тунеядец». Никто не видел его праздношатающимся — или Псалтырь читал, или поклоны клал, или творил молитву Исусову. В разрешённые дни вкушал немного коровьего масла, а в прочие — только постную пищу: мелко натерев редьку, ел её с солью и квасом. Рыбу же — только в указанные Уставом дни.
Со столь высокими духовными подвигами соединялось у отца Корнилия удивительное смирение. «По многих же трудех и подвизех иночества своего, по многих гонениях и скорбех, бедах и разграблениях, и досадах пребываше во всем непреклонен душею, яко твердый адамант. Ни оскорбися, ни потужи, ни умом смятеся, но с радостию ко Господу глаголаше: “Терпя, потерпех Господа. И внят ми, и услыша молитву мою: возведе мя от рова страстей и постави на камени Твоея веры нозе мои”».
